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中医药古籍有双重含义：一是专指1911年以前刻印或抄录的中医药著作；二是泛指1911年以前撰写的中医药著作。这两种概念，因使用场合不同而异。一般来说前者侧重版本检索，后者侧重内容检索。检索中医药古籍的源流、存佚、版本、内容提要和学术价值，主要利用相关书目来检索；检索中医药古籍中对各种疾病的认识、方药的源流和先贤们的临证经验、典型医案等内容，主要利用相关类书来检索。此外，一些汇编性大部头的医学全书、中医药辞典以及史书、方志等也常用于检索中医药古籍。
书目是图书目录的简称，是以文献的出版单元为著录对象，系统揭示和报道图书的名称、著者、出版者、出版时间、收藏者及内容提要的检索工具。目指篇目，即一本书篇章或卷次的名称，将诸多篇章和书名汇集编排起来就叫作“目”；录是指“叙录”，又称“序录”“书录”，是对目的说明，即逐一介绍某书或某篇的内容提要、学术源流等。
1.揭示刊行情况，提供流传线索 各个历史时期的著述，基本上反映在各个历史时期的各类书目之中。通过书目，可以从宏观上了解和掌握一定历史时期文献的著述、刊行、流传、存佚等基本情况。例如，据估计，我国现存古籍可能在15万种左右，就是根据《四库全书总目》《中国丛书综录》《贩书偶记》《中国地方志综录》等书目加以统计的。又如，通过《全国总书目》，可以了解新中国成立以后历年医药图书的出版情况。
2.揭示图书特征，提供研究资料 书目著录了所收图书的书名、卷帙、撰者、版本、提要等，这些内容使人们得以了解每种书的撰述情况、著者生平、简要内容、书名异同、版本优劣、学术价值及进一步研究的线索等。这些资料也是人们阅读、校勘和考证等不可缺少的。例如《中国分省医籍考》对于各书的作者，凡是在方志中能查到的传记资料均予以全文载录，其内容往往比《中国医学人名志》还要详悉。
3.评价图书得失，指导读书门径 清代学者王鸣盛在《十七史商榷》中指出：“凡读书最切要者，目录之学。目录明，方可读书，不明，终是乱读。”书目通过对有关文献特征的集中反映，尤其是书目中的说明和提要，关于学术源流、类目条析和书籍内容的评价，对人们了解、选择和利用图书起着重要的指导作用。通过书目了解某一学科图书的全貌，了解某一图书在学科中的地位、价值和作用，也就是前人所说的“辨章学术、考镜源流”。
书目的种类很多，不同的划分标准构成不同的书目类型，国内外的划分方法尚不统一。我国学术界根据编撰方式和时间等方面的特点，一般将书目分成古典书目和现代书目两种。
1.古典书目 古典书目可概略地分为官修书目、史志书目、方志书目、私撰书目及专科书目等。
（1）官修书目 官修书目指封建王朝宫廷的藏书目录。此类书目由皇帝诏命大臣或知名学者专门修撰。西汉末年，刘向、刘歆父子等编撰了中国最早的综合性官修书目——《别录》《七略》。《别录》《七略》不仅反映了先秦以来的丰富古籍积累，还对当时学术界辨章学术、考镜源流起推动作用，奠定了我国目录学的基础，对两千多年来书目编制的原则、体例和方法产生了深远的影响。清乾隆年间（1781年）编撰的《四库全书总目》，是中国历史上规模最大、体例最完善的一部官修书目。
（2）史志书目 史志书目指史书里面记录图书的“艺文志”或“经籍志”。东汉班固编著《汉书》，依据刘歆《七略》改编而成“艺文志”，开创了根据官修书目编制正史艺文志的先例。《汉书·艺文志》是我国现存最早的一部古典书目。其他没有“艺文志”的史书，清代以来的学者纷纷补编，形成了一个史志书目的流派，连贯起来就成为中国古籍的总目，基本反映从古代至清末的著述情况。
（3）方志书目 方志书目指地方志中的图书目录。各省、州、府、县地方志，一般都编有“艺文志”或“经籍志”这一项，主要收录当地历代人士的著作，或内容与本地有关的书籍。方志目录收录图书的数量远远超过正史，一般以县志记载最为详备。如《河北医籍考》一书就是根据河北省91种地方志辑成，其中医籍大多数为历来公私书目所未载；《中国分省医籍考》著录了全国近3000种地方志中的医籍8000余种。
（4）私撰书目 私撰书目主要指个人编纂的目录和私人的藏书目录。这类目录大多出自藏书名家之手，有较高学术研究价值。现存最早、最负盛名的是宋代晁公武编的《郡斋读书志》。范行准先生《栖芬室架书目录》共计760种，7200余册。其中医书660多种，2100多册，内含善本290种，1500余册。善本中有宋、元、明三代刻本、写本90多种。
（5）专科书目 专科书目是指围绕某一学科系统全面地收集文献而编制的书目。明末殷仲春的《医藏书目》是现存最早的医学书目。
2.现代书目 现代书目可分为国家书目、综合性书目、馆藏目录、联合目录、书目之书目和专题书目（专科目录）等。
（1）国家书目 国家书目是揭示与报道一个国家在一定时期内出版的所有图书及其他出版物的目录，包括报道最近出版物的现行国家书目和反映一定时期内出版物的回溯性国家书目。如《中国国家书目》。
（2）综合性书目 综合性书目是将各个学科门类的图书汇总编成的一种图书目录。其内容广博、包罗万象，既有哲学社会科学方面的书，又包括自然科学和应用技术；层次也不同，既有普及性读物，也有学术性著作。国家书目也属于综合性书目。
（3）馆藏目录 馆藏目录是反映一个图书馆收藏的全部或部分文献的目录，主要供读者了解图书馆的收藏情况以及馆藏文献的内容。如《北京图书馆善本书目》《中国中医研究院图书馆馆藏中医线装书目》。
（4）联合目录 联合目录是揭示与报道多个文献收藏单位所藏文献的目录。联合目录能扩大读者检索和利用文献的范围，也便于图书馆藏书协调、馆际互借和实现图书馆资源共享。如《中国中医古籍总目》《全国中医图书联合目录》。
（5）书目之书目 收录各种书目、索引等二次文献的目录，又称书目指南。
（6）专题书目（专科目录） 按照特定专题（专科）以一定次序编排而成的一种目录。
类书是采辑多种古籍的内容，将其分门别类加以研究整理，重新编次排比从属于设定的类目之下，以便于读者阅览、检索和研究的一类图书。它是我国古代百科全书式的资料汇编，其内容之广泛、材料之丰富，列古代各类工具书之首。
中医药类书是我国名目繁多的类书群中，专门辑录中医学内容的专科性类书。它是将古书中有关医学的内容加以辑录，并按类汇编，便于检索，是查考中医药专题资料的首选工具书。在学习和研究中医药学的过程中，若需要整理有关阴阳五行学说的各家论述、收集消渴病的历代诊疗方法、筛选清热化痰类方剂的最佳配伍、总结古代名医的临证经验等，通常需要将分散在历代各类医学著作中的相关知识点加以挖掘和整理，助于中医药类书进行检索，可以大大提高检索效率，达到事半功倍的效果。
中医药类书按内容通常划分为综合性和专科性两种。综合性中医药类书如《古今医统大全》《古今图书集成医部全录》等，内容涉及阴阳五行、藏象经络、气血津液、病因病机、论治原则、五运六气、四诊、脉学等中医理论，还包括内外妇儿等各科疾病的诊治、方药、针灸、推拿、医案等内容。它既可以帮助读者系统地学习中医药知识，又方便读者对某一专题资料进行检索。专科性中医药类书如《本草纲目》《普济方》《针灸甲乙经》等，以中药学、方剂学、针灸等专科内容为主。
善本一词的最初概念，是指经过严格校勘，而无有或少有讹文脱字的书本。宋代叶梦得《石林燕语》卷八云：“唐以前，凡书籍皆写本，未有模印之法，人以藏书为贵。人不多有，而藏者精于雠对，故往往皆有善本。学者以传录之艰、故其诵读亦精详。”清末张之洞为了指导学生读书，曾总结前人经验，并结合自己的体会和认识，提出善本并非纸白版新之谓，而是经前辈精校细勘，不讹不缺之本。据此，他给善本提出了三条标准：一是“足本”，即内容完整之本；二是“精本”，即精校精注本；三是“旧本”，即旧刻旧抄本。张氏关于“足、精、旧”的善本三定义，归纳起来一是无缺残无删除，二是无讹脱，三是传世旧本，与古人关于善本的概念无本质的区别。
1990年李致忠在《古书版本学概论》里提出：“在现存古籍中，凡具备历史文物性、学术资料性、艺术代表性，或虽不全备而具备其中之一、二又流传较少者，均可视为善本。”
历史文物性，当有两个方面的含义：一是指古书版印、抄写的时代较早而具有历史文物价值；二是指古书可作为历史人物、历史事件的文献实物见证而具有某种纪念意义。
学术资料性，除了指经过精校细勘，文字上脱讹较少和经过前代学人精注精疏的稿本、写本、抄本、印本以外，还应包括古书中那些在学术上有独到见解，或有学派特点，或集众说较有系统，或在反映某一时期、某一领域、某一人物、某一事件的资料方面，比较集中、比较完善、比较少见的稿本、写本、抄本、印本。
艺术代表性，主要是指那些能反映我国古代各种印刷技术的发明、发展和成熟水平；或是在装帧上能反映我国古代书籍各种装帧形制的演变；或是用纸特异，印刷精良，能反映我国古代造纸工艺的进步和印刷技术水平的古书。
我国目前公藏善本书目的录用标准，是在“三性”原则之下进行取舍，凡符合“九条”其中之一者，即可视为善本，具体如下。
1.元代及元代以前刻印、抄写的图书（包括残本与散页）。
2.明代刻印、抄写的图书（包括具有特殊价值的残本与散页），但版印模糊、流传较多者不收。
3.清代乾隆以前流传较少的刻本、抄本。
4.太平天国及历代农民革命政权所刊行的图书。
5.辛亥革命前，在学术研究上有独到见解，或有学派特点，或集众说较成系统的稿本及流传很少的刻本、抄本。
6.辛亥革命前，反映某一时期、某一领域或某一事件资料方面的稿本及流传很少的刻本、抄本。
7.辛亥革命前的名人学者批校、题跋，或过录前人批校而有参考价值的印本、抄本。
8.在印刷技术上能反映我国古代印刷术发展，代表一定时期技术水平的各种活字印本、套印本，或有较精版画、插图的刻本。
9.印谱，明代的可全收。清代的集古印谱、名家篆刻印谱，有特色又系足本或有亲笔题记的可收，一般不收。
上海古籍出版社《中国善本书提要》是专以我国古籍善本为著录对象，并以反映版本特征为记述内容的善本书参考目录。该书收录善本书4400余种（包括补遗），其中详细介绍了子部医家类医经、本草、诊法、方论、内科、妇科、儿科、针灸、养生、兽医等善本书共121种，从善本书名、卷数、册数、版本、行数、字数、提要、牌记和序跋等多方面进行了详尽的介绍。
一部书之某一书本、未刻之手稿、碑帖之旧拓本，在现世间仅有一份流传者，均可称为孤本。中医古籍出版社《孤本医籍叙录集》以《孤本大全》内容提要为基础，收录了176种孤本古医籍，另收集了一部分海外回归孤本医籍的内容提要作补充，内容更为丰满、更具代表性，是中医古籍文献研究的重要参考书。书中阐发孤本医籍的学术和内容提要，从而表达原著的著者生平、编撰主旨、版本源流与学验特色。