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洪承畴辞官丁忧守制，一年后，感觉天下大势不可收拾的多尔衮召回了洪承畴。第二年，加封少傅兼太子太傅，令其参与机密政务，并对洪承畴言听计从。
多尔衮这么着急请回洪承畴是为了什么呢？那当然有大事了。大清版图越来越大，人口越来越多，该怎么管呢？
学大辽搞南北面官？不太合适。学元朝放任？也不太行。多尔衮当然不希望大清不足百年就回东北去，还得请教洪承畴。
洪承畴一看，这是你主动问我的啊，不是我设计你。洪承畴是当过大明封疆大吏的人，地方上怎么玩，他是专家。于是，洪承畴制定了地方省府县制度，在明朝的基础上，稍加改动。
督师这种职务就不设立了，原本明朝省一级设三司，到清朝改两司，巡抚之下只有布政使司和按察使司。明朝的指挥使司没有存在的必要了，清朝地方军政分开，军队由提督、总兵分驻地方。重要的地区设总督，总管军政。县以下实行保甲制度自治，用保甲连坐法约束他们。
洪承畴再度出山，把清朝的统治机器完善了。官民有了分立之后，在统一的制度下，从法律上杜绝了元朝四等人出现的可能性。这一套体系确定了，那么维持这套体系的关键就是科举制度。那个时候，科举是中华正统的体现。满族人想当官，也得通过科举才行。
在洪承畴制定各种制度之余，大批前明士大夫开始填补到各级衙门中。这一手防的是什么呢？防的是出现蒙古人占据要职的情况。
问题来了，为什么防蒙古人？要不怎么说洪承畴读过书就是不一样呢？清朝新立，汉人属于满洲人的手下败将，蒙古人是满洲人的盟友。很明显，蒙古人将受到大肆封赏。倘若如此，清朝将会是元朝的翻版。在元朝，打算同化蒙古人的汉族士大夫第一步就输给了蒙古人的盟友色目人，等到忽必烈的太子真金倒台，汉族士大夫及儒家文明就在朝中立不起来了。
洪承畴不能让这种事情重演，在他制定的制度中，只能任用汉族士大夫，蒙古人靠边站。想加入也可以，请先回去读书。
在洪承畴眼中，反对清朝的人可以放过，但是反对清朝汉化的人都是敌人。所以在选人、用人、拉盟友、打政敌的活动中，洪承畴只任用能帮他汉化清朝的人。至于此人节操如何，那不在考虑范围内。
很快，又出事了。随着多尔衮在顺治七年（1650年）暴毙，顺治帝开始亲政。过去汉族士大夫集团顺着前明党争的思路，多攀附多尔衮。多尔衮死了，这些人要划清界限，要打击同僚表忠心，洪承畴这个多尔衮倚重的人，当然难以独善其身。
顺治八年（1651年），太常寺卿张煊发扬了前明党争的传统，上书弹劾洪承畴用人不公，而且谋反。谋反这个罪名大了，其实张煊就是不服洪承畴的人事安排。说他谋反，总不能只有他一个人参与吧。张煊举报说都察院左都御史洪承畴、吏部尚书陈名夏、礼部尚书陈之遴齐聚火神庙密议叛逃南明。而且，张煊指出，洪承畴曾开路条送自己的母亲回福建老家，这就是叛乱的前兆。
当时顺治帝不在北京，而是在外打猎，在朝理事的是礼亲王代善的儿子——巽亲王满达海。满达海见这事太大，牵扯到三位一品大员，于是马上召集大臣研究案情。最终，满达海认为吏部尚书陈名夏用人确实有问题，于是把陈名夏下狱，并快马把奏章送给顺治亲裁。
没想到，多尔衮的死党谭泰先一步去面见顺治帝，说张煊诬告。谭泰是个满人，也是个粗人，官拜吏部满尚书。他跟陈名夏这个汉尚书不仅是同事，还是死党。所以谭泰自认老资格，亲自为陈名夏辩护。谭泰也是心眼直，多尔衮都倒台了，他还这么高调。甚至在顺治帝回京召集大臣议事时候，谭泰还在用满族的老习惯，在朝堂上大声喧哗，振臂高呼。后来鳌拜也是这个德行，才被康熙帝给办了。
这要是在东北，倒也不算什么，但这是在北京，顺治帝是洪承畴等人精心汉化出来的皇帝，他能受这个气？这叫僭越，毫无人臣之礼！
谭泰的僭越，吓傻了在场所有大臣。大臣们静静地看谭泰表演，一言不发。只有洪承畴上奏，说他们火神庙集会是为了商议都察院御史的人选，送母回乡确实是没有请旨，但完全没有造反的事情。陈名夏也上书为自己辩护。顺治帝刚亲政，还不习惯亲自裁决，见其他大臣不说话，便误以为大臣们已经有了公论，派谭泰为代表讲述张煊的诬告事实。
因此顺治下旨，论张煊诬告，处死。
顺治是糊涂吗？那可不是。没多久，顺治再亲自为张煊翻案，说自己受了谭泰的蒙蔽。再加上鳌拜弹劾谭泰是多尔衮死党，顺治帝便给谭泰安了个构陷张煊的罪名处死，多尔衮一党再无实权人物。
那么问题来了，如果张煊是冤枉的，那洪承畴、陈名夏、陈之遴该怎么治罪？顺治帝聪明极了，他下诏说，火神庙集会虽然可疑，但没有实据，姑且勿论。洪承畴虽然送母回乡没请示上级，但是孝心可嘉，所以，下不为例喽。但是，任用官员舞弊的事情是有的，提出建议的洪承畴、陈之遴没罪，完全是有人事任免权的吏部两尚书谭泰、陈名夏滥用职权。谭泰负主要责任，已经被处死；陈名夏负次要责任，革职。
洪承畴又躲过了一劫。
第二年，洪承畴的母亲亡故，洪承畴打算再次回家丁忧守制，顺治帝不许，夺情让他继续在朝为官。
这个时候，又出了件大事，洪承畴以一己之力，为儒家文化扳回一局，雪了四百年前的耻辱。
故事得从元朝说起，元世祖忽必烈在位，开始倾心汉化。但是随着他接触到伊斯兰文化、基督教文化、藏传佛教文化，开始对儒家文化不感兴趣了。随着吐蕃国师八思巴的洗脑，忽必烈开始醉心于藏化，而不再加深汉化。忽必烈不仅全面接受藏传佛教的洗礼，还把蒙古文字改用藏文拼写，发明了八思巴字。
儒家士大夫集团以为靠着太子真金就能稳坐钓鱼台，但是儒家受到藏传佛教和西域色目人的双重挤压，太子倒台后，儒生们在元朝失势，再也没站起来。
之后藏传佛教厉害了，在明朝几乎红遍整个蒙古，和硕特、喀尔喀、准噶尔等部都受藏传佛教的洗礼。到了清初，藏区的和硕特蒙古玩不下去了，五世达赖完成了藏区的统一，形成了政教合一的地方政权。
蒙古各部大汗也得对五世达赖顶礼膜拜。早在顺治元年（1644年），多尔衮就请五世达赖到大清一叙。但是人家不去，五世达赖自认为高于蒙古各部大汗，与大清皇帝平起平坐。你让我去我就去，那我岂不是很没面子？大清皇帝也得入我教，成为我的弟子。
一直到了顺治九年（1652年），五世达赖才勉为其难地答应大清皇帝的邀请，将与大清皇帝在喀尔喀蒙古的驻地，也就是今天内蒙古一带与顺治帝会盟。
满洲亲贵大臣们接到消息，欢欣鼓舞。那感觉就是我们邀请了五世达赖这么多年，人家终于答应了，皇上你得去见他。为什么呢？蒙古各部都听五世达赖的，如果咱们和五世达赖搞好关系，那么蒙古各部还能不臣服我们大清？去，一定得去。
可万一去，中国就可能多了一个“教皇”。五世达赖能容得下孔子吗？那不可能。所以，一向“佛系”的洪承畴，收起了他的油滑，力陈顺治帝不可以去见五世达赖。
为什么呢？洪承畴说皇帝是天下之主，皇权要大于教权，去见他太掉身份，绝对不能去。
说是这么说，实际上呢，洪承畴真的没把握打败这个五世达赖，也很害怕儒家文化再次被佛教文化打败。
那怎么处理呢？洪承畴上奏，派一个大臣去宣旨，让五世达赖进京朝见大清皇帝。至于他的随从，不可入京，朝廷给予恩赏。
顺治帝当时更加倾向于满洲亲贵的说法，认为还是该亲自去见五世达赖，这样或许能利用五世达赖收服喀尔喀蒙古。顺治令大臣拟旨，宣告五世达赖会盟的时间。
洪承畴大惊，于是联合前明榜眼出身的礼部尚书陈之遴，要不惜一切代价阻止顺治帝出边会见五世达赖。
陈之遴见洪承畴急了，便劝他淡定。你总不能死谏吧？死了也没有用啊。那怎么办？皇帝不是不听咱劝吗？他得听天劝吧。他号称天子，得听老天爷的话。
于是，洪承畴再次展现了獾的油滑，与陈之遴操纵钦天监吓唬顺治帝，说“太白星与日争光，流星入紫微宫”，国家将有大灾，皇上不可轻动，留在北京为妙。至于五世达赖，派个大臣去怎么就不能体现皇恩浩荡？怎么就不能震慑喀尔喀蒙古？
顺治帝大为感动，这就是传说中的忠臣、直臣、诤臣啊。算了，朕不去见那位五世达赖了。顺治帝命索尼拟旨表彰洪承畴、陈之遴，斥责满洲亲贵大臣们乱出主意。
那五世达赖怎么办？顺治帝派出自己的亲哥哥铁帽子王庄亲王硕塞去迎接五世达赖，说服五世达赖到了京城，顺治帝出城迎接，给了丰厚的赏赐。
顺治十年（1653年），顺治帝派亲王硕塞等人护送五世达赖回喀尔喀。狠的在后面，抵达代噶时，觉罗朗球带着金册、金印赶到，宣读了顺治帝的圣旨，册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。
这一回在众目睽睽下，名分定了，五世达赖是大清皇帝册封的，膜拜五世达赖的蒙古诸王自然也是大清皇帝的臣子。
五世达赖也不含糊，也给了顺治皇帝一个尊号，叫“文殊皇帝”，也就是说，五世达赖宣布大清皇帝是文殊菩萨转世。此外，大清皇帝还有一个身份，是藏传佛教的转轮王。
那菩萨地位高，还是佛地位高？当然是佛地位高。大清皇帝能忍这个？能忍，因为皇帝还是转轮王。转轮王是当年阿育王的尊号，在佛教意味着统一世界，哦不，是统一宇宙的圣王。
也就是说，五世达赖承认大清皇帝是他们教派的二把手，却也是蒙藏地区的统治者。
此事对日后的影响是巨大的，藏传佛教虽然地位上成了清朝的正统宗教，但并不是统治思想。代表中国文化的儒家思想稳坐钓鱼台，洪承畴的汉化政策没有因此而中断，反而使西藏从法理上归附了清廷。这就是为什么在清朝设置驻藏大臣之前，西藏出现问题，康熙帝称之为叛军，道理就在这儿。
在后来的历史发展中，藏传佛教在清代的地位不断升高。到了乾隆年间，甚至乾隆帝都说“满洲”这个词源自“文殊”的音译“曼殊”。这当然是瞎扯，只不过是乾隆帝表示对藏传佛教的尊崇。当初有“满洲”这个词的时候，满洲人还信萨满教呢，都未必知道有文殊菩萨这尊神明。
不过这都不重要，重要的是当时信佛得永生，信孔圣人才能换顶戴花翎。可以说洪承畴对明朝的贡献不如他的同僚卢象升、孙传庭，但是洪承畴对儒家文化的贡献，则远远高于他们。
没多久，南明桂王势大，清朝西南不稳。原本正在主持编修《太宗实录》的洪承畴再度成为清朝的救火队员，被要求解决南明桂王政权的问题。面对桂王政权，洪承畴将何去何从呢？