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清末以来，我国的中医药人才培养模式仍兼顾师承教育和官办医学教育。师承教育在近代中医药教育史上仍发挥着重要作用；官办医学教育则受到社会背景、文化入侵等因素的影响，不能满足社会对医药类人才的需求。与此同时，近代中医药院校教育在这一时期也逐渐成形，并促进了中医药教育由传统走入近代，为现代中医药教育理论和实践，尤其是在教材和课程设置上提供了丰富的素材，也为现代高等中医药院校教育模式的创立和中医药事业的发展奠定了基础。
1840年鸦片战争爆发后，中国逐渐沦为半殖民地半封建社会。中国近代中医药教育史是半殖民地半封建社会时期的中医药教育史，也是帝国主义侵略中国和中国人民反侵略时期的教育史。在数十年时间里，西方医药开始输入中国并且迅速发展，为我国人民的防病治病和医药卫生事业的发展发挥了巨大作用。与此同时，统治阶级对中医药却采取了歧视、排斥和废除的态度，使得我国中医药的发展遇到了严重的阻力，甚至濒临灭亡的危险。中医药界一些追求进步的医药学家、教育家展开了不屈不挠的抗争，努力寻找发展中医药的道路。
师承教育在近代中医药教育史上发挥了重要作用，培养了众多中医药大家，推动了中医药学的发展。《中国医学百科全书·医学史》收载近代著名中医48位，其中有师承传授者32位。在我国江苏、上海、浙江、岭南、安徽等地区形成了一些著名的学术流派或医学世家，如江苏孟河医派、上海蔡氏妇科（名医七世）、浙江乌镇医派、安徽新安医学流派等。从学术流派、医学世家的传承来看，近代师承教育人才培养规模不断扩大，由一对一的师徒相授，转变为讲授性质的集体教学。如著名岭南医家丁甘仁，除家承学术外，又受业于马培之门下，并与费伯雄门人交好，故得三家所长。这表明近代中医界更注重学术交流，打破了师承教育人才培养中的门户之见，出现了一人多师、博采众长的情形。
19世纪60年代，清朝统治阶级中主张“自强求富”的封建官僚开办了京师同文馆，以教授外文为主，同时兼授医学。清同治五年（1866），御史胡庆源奏准整顿医官以正医学，太医院改立五科，即大方脉（伤寒科、妇人科并入）、小方脉、外科（即疮疡科）、眼科及口齿科，并于次年将太医院教习厅改名为医学馆。当时，医学馆的课程设置以《素问》《难经》《本草纲目》《濒湖脉学》《医宗金鉴》等为主要教材，中药学虽未单独设科，但属于医学生的必修科目之一。
清光绪七年（1881），直隶总督李鸿章在天津成立医学馆，后改名为北洋医学堂。北洋医学堂学制四年，不分科，教员多为英国人，并以英文医书为课本。适逢洋务运动时期，北洋医学堂的课程设置也受到了相应的影响，设有解剖、生理、内科、外科、妇产科、皮肤花柳科、公共卫生、眼耳鼻喉科、治疗化学、细菌学及动植物学等课程。
利济医学堂创立于清光绪十一年（1885），是乐清名医陈虬为推行改良维新主张所办的新式中医学堂。利济医学堂学生除学习医籍外，兼习以古今中外一切学术，所读书分为必读类21种、必阅类50种、必备类31种。利济医学堂办学近20年，所培养的陈葆善、蒋瑞麟、胡鑫、陈侠、程云济等皆有所造诣，颇有医名。
1898年创办的京师大学堂为全国第一所“国批国办”的大学，是中国教育近代化的标志。京师大学堂开设医学教育，但受限于教育质量不高，未有毕业生。1902年创办的江西医学堂是一所中西医结合的学校，学制三年。当时学校章程规定：“学医必先读医书，医书有二，曰中学、西学。中学之失传者，以西学还之，中学之未备者，以西学补之，务在中学驭西学，不以西学驾中学。”其教育思想已显示进步的倾向。
1902年，直隶总督兼北洋大臣袁世凯在天津创办北洋军医学堂（后更名为陆军军医学堂），学制四年，学习内容中西兼顾。1906年，陆军军医学堂开设药科，学制三年，开创了中国药学教育之先河。张鸣皋在《中国药学发展简史》中提到：“我国药学教育，自清光绪三十二年（1906）陆军军医学堂分设药科开始，到1949年全国解放，有40多年的历史。”由此可见，陆军军医学堂不仅是我国最早设立的陆军军医学校，也是目前药学教育独立于医学教育的最早记载。
辛亥革命后，北洋军阀和国民党政府歧视中医，禁止中医办学。中医界的许多仁人志士为拯救传统医学，冲破了重重阻力，在当时极困难的条件下，积极汲取西方教育的先进经验，先后创办了上海中医专门学校、浙江中医专门学校、兰溪中医专门学校、广东中医药专门学校、苏州国医专门学校等十余所具有现代教育模式的中医药学校。这些学校对保存和推广我国传统医药发挥了巨大作用，在海内外引起了巨大反响。1929年至1949年，我国中医药界在艰难困苦的历程中坚持学校教育，兴办学校，闯出了一条教育自立的道路。
民国时期，“改良中医药”“中医药科学化”“创立新中医”等口号风行一时，形成民国时期中医药学发展的一大特色。这一时期我国医学发展的总特点是中西医药并存。虽然国民党政府对中医药采取了不支持和歧视的政策，但中医药学以其顽强的生命力继续向前发展，并取得了不少成果。中药辞书的产生和发展是民国时期中药学发展的一项重要成就，其中成就和影响最大的当推陈存仁主编的《中国药学大辞典》。《中国药学大辞典》全书约200万字，收录词目4300条，既广罗古籍，又博采新说，且附有标本图册，受到药界推崇。随着中医药院校的出现，民国时期还涌现了一批适应教学和临床需要的中药学讲义，如兰溪中医专门学校张山雷编撰的《本草正义》、上海中医专门学校秦伯未编撰的《药物学》、浙江中医专门学校何廉臣编撰的《实验药物学》、天津国医函授学校张锡纯编撰的《药物讲义》等。其中，《本草正义》在分类上承唐宋旧例，对药物功效则根据作者实际观察到的情况及临证用药的具体疗效加以阐述，且对有关中药鉴别、炮制、煎煮方法等亦加以论述，目的在于让学生既会用药，又会识药、制药，掌握更多的中药学知识，颇具独到之处。
随着西方药学知识和化学、生物学、物理学等自然科学在我国的迅速传播和发展，中药学学科初步建立了以中药为主要研究对象的药用动物学、药用植物学、生药学、中药鉴定学、中药药理学等新的学科。在当时条件下，其成果集中在中药的生药、药理、化学分析、有效成分提取及临床验证等方面，对中药学的发展作出了重要贡献。
革命战争时期，革命根据地的医药卫生工作为保障军民健康发挥了重要作用，同时也为中华人民共和国成立以后医药卫生及医药教育事业的蓬勃发展提供了宝贵经验。抗日战争时期，革命根据地先后成立了晋察冀军区卫生学校、中国医科大学、新四军军医学校等，不仅讲授现代医学，也开展中医药教育，并在苏区、陕甘宁边区、晋察冀军区开办中医进修班、中医研究班和中医带徒培训，逐步扩大红军的医疗队伍。
革命战争时期，药学教育逐渐独立分科。1931年，在江西瑞金兴办的中国工农红军卫生学校成立了药剂班，每年招收学生30～50名，毕业后分到各军卫生机构任司药，历经红军长征、西安事变等重大时事影响，药剂班调整适应，坚持从江西第一期办到第九期。1939年，中国工农红军卫生学校改名为中国医科大学，并扩大招生，药剂班改为药学学科。1942年，中国医科大学药学学科并入延安药科学校。随着抗日战争形势的发展，延安药科学校于1946年迁校至黑龙江佳木斯，建立东北药科学校；1949年迁校至沈阳，接收沈阳医学院药学系，改称东北药学院。这是我国第一所独立的药学院。