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具有中药学学位授予权的单位，通常通过下设二级学科、依据研究方向设定培养方向的方式，有针对性地开展人才培养工作。中药学二级学科以中药化学、中药药剂学、中药药理学、中药炮制学、临床中药学、中药资源学、中药鉴定学、中药分析学等为代表，可见学科与研究方向相结合开展人才培养工作的灵活性。
中药化学是一门以传统中药及民族药物的民间应用经验为线索，以现代色谱、波谱技术和计算机辅助药物设计为手段，结合药理学筛选、评价和机制研究，实现传统药物来源的有效成分、有效部位的快速、导向发现，阐明传统药物药理作用的物质基础，为新药创制和中药现代化研究建立基础的学科。中药化学学科涉及的研究内容主要包括中药及民族药传统功效的化学物质基础研究，天然资源中新颖活性成分的发现研究，具有重要生物活性天然产物的活性优化、成药性优化和全合成研究，海洋生物资源的药物化学研究。
中药药剂学是一门在中医药理论指导下，采用现代科学技术，研究中药制剂的制剂理论、生产技术、质量控制与合理应用等内容的综合性应用技术学科。中药药剂学学科充分借鉴现代制剂学和生物药剂学的理论和技术方法，重点围绕中药及复方不同活性和靶向性的多组分物质基础，研究多组分的药物溶解、释放、渗透、代谢、药效、相互作用等特性，利用缓控释、纳米增溶、靶向递药、光热效应等现代化制剂技术建立中药多组分、多层次的制剂研究系统，形成、完善和突破一批具有推广应用价值的关键共性技术，建立多学科综合集成交叉的现代中药制剂学新体系，推动中药学学科的发展进步。
中药药理学是一门以传统中药为研究对象，在中药理论指导下，应用现代生物化学、分子生物学、细胞生物学相关的研究技术与手段，发现和研究中药单体、复方及其主要成分的生物活性与功能，探索中药与机体的相互作用及作用规律的学科。其最终目的是理解中药及其复方的作用机理，同时为基于中药活性成分的创新药物奠定理论基础。区别于化学药，中药单体、复方、中药有效成分等在作用机制和药效方面具有明显的多靶点、多效应的作用特点。针对这一特点，中药药理学学科从恶性肿瘤、神经退行性疾病、炎症、自身免疫性疾病、心血管疾病等多种危害人类健康的复杂性疾病出发，从整体、器官、组织、细胞和分子水平，以及系统基因组学、蛋白质组学、糖组学、肠道微生态调控等多个维度来研究传统中药的有效活性成分、中药的药效物质基础、有效活性成分的药效学、中药有效成分的作用机制、中药配伍规律、药物代谢动力学以及安全性评价等。
中药炮制学是一门依据中医临床辨证施治的用药需求和药物自身的性质，采取相应的制药技术，并对其进行深入研究的学科，主要涉及中药炮制理论、工艺、规格标准、历史沿革及其发展方向。中药炮制学主要研究探讨在一定工艺条件下，中药在炮制过程中产生的物理变化和化学变化，以及这些变化对药理作用的影响和临床意义。其研究内容包括各种炮制方法、工艺条件、辅料规格及用量等，以实现炮制工艺的规范化、机械化和现代化，同时结合传统经验与现代科学手段，从炮制品的性状、净度、水分、灰分、浸出物含量、有效成分和有毒成分的含量等方面制定饮片质量标准，确保临床用药的安全有效。
临床中药学是一门主要研究中药药代动力学和药效物质，从给药后中药的体内暴露切入，揭示决定中药药效和安全性的关键物质，研究这些物质共同作用时的相互作用关系及影响因素的学科。临床中药学涉及中医药学、药学、化学、生命科学、信息科学等多学科的集成与交叉，主要研究内容包括：研究给药后中药体内暴露物质的药代动力学特征及其与中药药效和安全性的关联；围绕体内暴露物质揭示中药的药效物质及中药多物质间的药效协同/互补关系；研究联合用药、基因多样性、疾病等因素对中药活性物质体内暴露及药效的影响；研究中药方剂配伍的科学内涵和发展新型复方中药；从肠道菌群的相互作用出发揭示中药药效物质及作用机制。
中药资源学是一门研究中药资源的种类、数量、分布、时空变化、合理开发利用和科学管理的学科。该学科以地方特色药材资源为研究对象，重点开展中药资源与生态环境、道地药材形成的机理及其质量评价、中药资源调查研究的方法与技术、中药材人工培育理论和技术、中药资源保护、中药资源综合开发与利用、中药资源管理和可持续利用、中药资源经济及寻找中药新品种、新资源等方面的研究工作，积极探索地方特色药材资源研究领域相关基础理论与关键技术的科技创新。
中药鉴定学是一门在继承祖国医药学遗产和传统中药鉴别经验基础上，运用现代自然科学的理论、知识、方法和技术，系统地整理和研究中药的历史、来源、品种、形态、性状、显微特征、理化鉴别、检查、含量测定等的应用学科。其研究内容包括通过形态学、化学、生物学等多种手段，确定中药的品种和来源；对中药的性状、显微特征、理化性质等进行全面分析，评价其质量优劣；根据研究结果，制定科学合理的中药质量标准，为中药的生产、流通和使用提供技术依据；通过全国性药源普查、生物亲缘关系研究、民族药和民间药研究等多种途径，寻找新药源。
中药分析学是在中医药理论指导下，运用化学、物理学、生物学、信息学等现代科学理论和技术，研究中药质量评价与控制的一门学科。该学科的任务是运用现代分析技术研究适合中药质量评价和质量控制的方法，测定有效物质，分析有毒有害成分，制定质量标准，分析药物体内过程，评价质量优劣，保证中药的有效性和安全性。中药分析学的研究内容涉及中药质量评价研究、中药质量控制体系研究、体内中药分析研究、中药生产过程质量分析研究、中药分析新技术与新方法的研究和中药标准物质研究等。
截至2025年，全国共有73所高校开展中药学硕士研究生招生（包括专业学位及学术学位硕士研究生），29所高校开展中药学博士研究生招生。各学位点通常通过下设不同的研究方向，以区分人才培养的侧重点与学术发展路径。中药学学术学位研究生的研究方向主要聚焦于中药学基础理论、中药药效物质基础、中药作用机制等前沿学术领域，旨在培养具备深厚学术素养，能够开展创新性科学研究的专业人才，为推动中药学学科理论的深化与拓展贡献力量；中药学专业学位研究生的研究则围绕中药制药工程、中药临床合理用药、中药质量控制等实践应用方向，强调将理论知识与实际生产、临床应用紧密结合，致力于培养精通中药生产工艺优化、药品质量管控及临床用药指导的复合型应用人才。研究方向具体可参见附表。
学术学位硕士研究生是我国学术研究的主力军，是建设创新型国家的重要储备力量。目前，我国招收中药学学术学位硕士研究生的学科门类有两个，分别为（07）理学和（10）医学，学科类别分别为（0781）中药学和（1008）中药学。在73个中药学硕士学术学位授予单位中，只有中国科学院大学招收（0781）中药学硕士研究生，其他招生单位均招收（1008）中药学硕士研究生。
我国中药学专业学位硕士研究生培养始于2010年。伴随中药现代化进程，传统学术型中药人才已经难以适应中药事业发展的需求，实践应用型高级中药人才的需求日益凸显。为适应中国中医药事业发展对中药学专门人才的迫切需求，完善中药学人才培养体系，创新中药学人才培养模式，提高中药学人才培养质量，2010年1月，国务院学位委员会第二十七次会议审议通过《中药学硕士专业学位设置方案》，特设置中药学硕士专业学位。同年，40家培养单位获批全国首批中药学硕士专业学位授予单位，并于2011年首次招收学科类别为（1056）中药的中药学硕士专业学位研究生，开启了中药学硕士研究生培养的新时代。截至2025年，我国共有63家中药学硕士专业学位授予单位。
博士研究生人才培养作为创新人才培养的重要组成部分，是国家创新驱动发展的基础和重要保障，也是国家核心竞争力的重要体现。中医药类博士研究生教育是我国中医药领域高等教育的最高层次，在中医药传承发展中起到至关重要的作用。
截至2025年，我国共有29家中药学博士学位授予单位，且以上学位授予单位均只招收中药学学术型博士研究生。中药学博士学术学位的学科门类为（10）医学，学科类别为（1008）中药学。