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北方大学在第四次校务会议上，明确了工学院、教育学院等五所学院及附设班的教育目标、专业设置和学制：
工学院—培养电气、机械、土木、水利、采矿等普通工程技术人才，使学员毕业后成为有一技之长、能为人民服务的技术人才，并且有更进一步的深造基础。年限：一班预科半年，本科二年；二班预科一年，本科二年。
教育学院—培养师资。一班：毕业后为中学师资，工作一个时期可任教导主任或县教育科科长。年限：预科半年，本科两年。二班：学习文化毕业后可转他院再学习一年。三班：学习文化毕业后转他院，年限暂未规定。
行政学院—教育目标是使学员从现在岗位提高一级，并有民、财、建、教中一技之长。第一年以文化工作要求分班提高文化，第二年以工作岗位等级与要求分班学习业务（民教一系、财建一系），目前仍叫预科。
财经学院—一班是培养边区财经建设专门人才，预科一年，本科二年。二班是培养财经建设技术人才，文化补习半年，业务学习半年。
医学院—面向部队，以培养部队医务人员，尤以战伤外科医务人员为主。本科三年，预科一年，速成科一年半，军医科二年；附属医院未成立以前，暂在白求恩国际和平医院附设诊疗所实习。
附设班—长期文化学习，培养成为初中毕业程度，年限为二年。今后不再招生。
北方大学迁至长治后，又先后成立了农学院、艺术学院、历史研究室和财经研究室，涵盖文教、财经、工学、农学、医学、艺术、行政等多学科领域，形成了比较规范的院系建制。如此学科体系齐全、院系设置完备的高校在解放区尚属首例。
学员刘忠谟的回忆很有代表性。他说教务长王振华有次在大会上讲道，范校长没到校前，对于究竟是把学校办成北大还是办成北中，还是办成北小，心里是没有底的。言外之意，不言自明。
范文澜校长到校后，按照和平建国的构想确定了北方大学办学的主体方向，组织机构和教学内容是根据修复战争创伤、全面建设一个新国家对于各方面专业人才的需求设置的。但是随着内战爆发以及与边区联系的不断深入，应该把北方大学办成什么样的学校？是短训班的性质还是正规化的大学？在办学方针的重大问题上，北方大学领导层出现了分歧和争论。
有人认为，由于眼前存在日益严重的战争危机，因此，北方大学应该以短期培训各种革命干部、人才为主；但也有人认为，北方大学的建设应该具有更长远的目光，着眼于光明的未来，尽可能地使学校建设向正规化方向发展。为此，北方大学提请边区政府召开专题会议，以进一步统一思想，明确工作方向。
1947年8月23日至9月中旬，范文澜校长率领副教务长曾毅及乐天宇、张宗麟、梁维直、刘和乙等校领导成员到晋冀鲁豫边区政府驻地三王村，向边区政府汇报工作并参加专题会议。参会人员除北方大学校领导外，还有边区政府主席杨秀峰及教育厅厅长晁哲甫、张磐石等。
会议由杨秀峰亲自主持。他开宗明义地指出会议任务是，“为使各方面与北大有很好联系，与实际结合”，“刘邓、陈谢大军南下，需要干部很多，本区干部也很缺乏，因此北大培养干部的要求更加迫切”，“需要开会谈谈”。会议主要分三个阶段，即：汇报，提出问题、讨论问题，总结。
会上，针对大学教育是为建设未来服务还是为边区服务、是坚持正规化还是短期化等问题进行了讨论。
在9月2日的发言中，范文澜介绍了北方大学的情况、领导原则（集中领导）、管理情况（分散经营）、教学方针，以及所存在的困难与缺点、错误。
在9月3日的发言中，工学院主任陈唯实首先谈到了工学院理论与实际联系的问题。他说，工学院迁到张庄以后，检讨了过去，提出与实际结合，即与军工部门结合，不用不学，重点学习；培养技术人员助手、中级干部。根据学员程度，采用速成办法，一班分机电与炼焦炼铁两个方向：机电组到工厂实习三个月，回来学习总结，准备9月中毕业；焦铁组也已实习，准备回来总结之后上课。这样，9月份可毕业两个班。教员结合实际与工厂方面共同成立“三二工程学会”。
陈唯实，原名英光，广东潮州人，我国著名哲学家，与艾思奇并称“南陈北艾”。1935年底，陈唯实赴上海在暨南大学图书馆借读，专攻马克思主义哲学，参加了艾思奇等发起的新哲学大众化、通俗化运动，用一年多时间写出《通俗辩证法讲话》《通俗唯物论讲话》两部著作；1937年3月，又写成《新哲学世界观》一书。上海、南京沦陷后，陈唯实到武汉继续从事哲学写作。次年，陈唯实应邀到山西民族革命大学担任教授兼政治系主任，主讲民族革命哲学课。同年11月，陈唯实应成仿吾等人的邀请到达延安，在抗大和陕北公学讲授哲学，并受聘为中央研究院特别研究员，从此更加刻苦钻研马列著作和毛泽东著作。
在1940年6月21日举行的新哲学会第一届年会上，他以《斯大林对唯物辩证法的新发展》为题作了发言。会后，毛泽东主席邀请他和艾思奇到自己的住处吃饭，鼓励他们把哲学从哲学家的书斋里解放出来，称赞他们在哲学研究和宣传方面作出的成绩。抗战胜利后，陈唯实奉命随去东北的干部大队到东北工作。队伍在路过刚刚解放的张家口时，经范文澜报请中央同意，留下他到北方大学工作。他先是在校部担任教务处处长，后又改任工学院主任。
在9月5日的发言中，陈唯实说，工学院目前的首要任务是为战争服务，其次应注意与工矿处结合，以及为农村制造业方面服务。现在需要大批干部，将来需求量更大。工学院现在只能采取速成的办法。在谈到关于团结外来知识分子与思想教育问题时，他指出，现在来北方大学的学员与抗战初期的知识分子是不同的，这就需要加强领导和教育。现在北方大学有新老学员共同学习，与陕北公学、抗大等校全是新生不同；对外来知识分子要团结、要教育，不能无原则迁就。
张磐石在9月7日的发言中说，北方大学创办时非常困难，从无到有，刚刚规模初具，战争就来了，马上来了一个备战，这是一件不小的事情，对师生们的影响很大。北方大学能从平原到山地，使一些蒋管区来的人步行西迁，充分说明他们是要求进步的。搬到长治后，各学院分开上课，一步一步安定下来，供应了很多干部。学员在实习中为医疗、军工都做了许多事情。虽然内部有些不同意见，但这说明我们是要求进步的。
晁哲甫在9月8日的发言中谈到北方大学的教育方针时说，为战争服务与实际结合是理所当然的，之前未作讨论，因为这是不言而喻的。
在9月8日下午的讲话中，杨秀峰说，关于北方大学的办学方针，他同意范文澜的意见。不论前方或后方，都是为了打倒蒋介石，在现阶段只能结合重点的工作提出来是对的。服务于战争，不能单纯服务于前线，土改完成，还要服务于生产。北方大学的任务，一般是培养中级干部。为应付当前急需，也无妨速成，另外可能提高者也加以提高。主要是为了今天，同时也不能忘记明天。
此次会议在北方大学的发展历程中具有里程碑意义。会议总结了工作，结合实际确定了“主要为边区实际和战争服务”的办学理念，统一了思想，明确了工作方向。
基于此，北方大学各学院对学制、教学目标、课程、教材等进行了调整—比如：医学院逐次压缩学习期限，将学制从三年改为两年半、两年，最后定为一年半；工学院制定出“突击计划”，决定矿冶、机电两班用半年时间突击学习专业，再经过短期实习即毕业分配工作；等等—以适应形势的发展，为解放战争及解放区建设贡献了力量。