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学科的方法论是学科研究原则性的指导思想与研究策略、方法的有机整体。方法论问题决定着学科研究方向与研究成果的有效性与价值。
犯罪心理学的方法论是一个有机联系的体系，这一体系由哲学方法论、一般科学方法论以及具体方法论这三个紧密联系的层次组成。
犯罪心理学的哲学方法论是唯物辩证法思想的体现，具体体现为客观性原则、辩证法原则、理论联系实际原则与伦理性原则。唯物辩证法是科学的哲学方法论，它是方法论中的最高层次，统率着一般科学方法论与具体方法论。
犯罪心理学的一般科学方法论是以系统科学为代表的系统方法，是一种有重要价值的犯罪心理科学研究策略与手段，具体体现为结构性观点、联系性观点、分析与整合观点、犯罪性人格观点。一般科学方法论的层次低于哲学方法论，高于具体方法论，它起着中介与桥梁的作用。
犯罪心理学的具体方法论是在其哲学方法论与一般科学方法论的指导下，结合本学科与具体研究对象及研究课题的特点决定实施的具体方法与技术，主要包括心理分析法、行为分析法与认知分析法三个组群。
科学的哲学方法论虽然处于犯罪心理学方法论的最高层次，但在研究过程中必须结合犯罪心理（结构）与犯罪心理对策的特殊性而转换成为犯罪心理现象的概念；一般科学方法论虽然直接制约着犯罪心理学的研究，但不能代替犯罪心理学的具体方法论，它只有实现与体现于研究方法与技术中才能发挥作用。