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在撰写人生中的第一篇学术论文之前，我们通常只从事过无需任何参考文献的非学术写作，如中小学作文写作。与写作文不同，我们通过写作论文来参与学术对话。一群人聊天时，我们作为后来者要加入，通常也会先听一听聊天的内容，在自己有话可说的时候看准时机加入。参与学术对话也是如此，我们应当先了解学者们就有关问题发表过什么观点，并使我们的论文成为学术对话的一部分。基于这些原因，在确定论文选题之后，无法也不应该直接开始写作，而是应当收集和阅读相关文献，获取相关问题的知识，了解迄今为止的学术讨论，并发展自己的思想，从而使自己有话可说，能够有效参与学术交流。如果不阅读已有文献就开始论文写作，直接闭门造车，则会犯下《论语》中“思而不学则殆”的错误，无法有效参与学术交流。
确定选题之后，我们有一个粗略的大纲，对论文应该包括几个部分有一个初步设想。在此基础上，我们开展文献收集工作。利用图书馆的相关检索系统，我们可以找到图书、论文等文献。通过图书和论文中的引注，可以找到进一步的文献。我们通过借阅、下载等方式，来汇总论文写作所需要的纸质和电子文献。通常而言，文献收集工作在技术上没有太大的难度。
文献收集工作应当注意如下几点。一是收集文献不应完全拘泥于选题和初步思路。通常情况下，所收集到的文献不太可能与自己的大纲完全匹配。收集文献就像去山上摘野果，究竟能摘到什么果实，具有很大的不确定性。因此，完全有可能在某个方面找不到什么文献，同时又发现一些无法被纳入原有思路的高价值文献。如果找不到关于一些问题的文献，我们只能接受；如果看到了一些很有意义的、超出原定大纲的文献，则应当保持开放心态，兼收并蓄。至于如何使用意料之外的文献，则留待构思阶段再做决定。二是应当尽可能穷尽所有学术文献，特别是最近的文献。这个做法有两层意义：①使得自己占有翔实的文献资料，站在前人研究的基础之上，较有可能做出有价值的研究；②使自己了解所有相关研究，避免在不自知的情况下提出他人已经提出的观点，导致自己的学术研究失去原创性。三是尽量找到一手文献。已有文献引用的文献如果具有相关性，则应当按图索骥，找到这一文献，而不得满足于转引这一文献，否则容易以讹传讹，这是科研作风不严谨的体现。四是有所取、有所不取。原则上，对于非学术文献的使用，应当尽可能予以限制。例如，应当尽量避免使用只有网络出处的内容；五是当文献较多时，应当进行筛选，甄别出较为权威的文献。就中文论文而言，我们可以限于在CSSCI收录期刊中检索论文。对于外文文献，应当根据有关对象国的判断标准，对文献进行甄别，使用学界公认的权威文献。
收集文献之后应当进行阅读，在文献阅读阶段应当注意如下几个方面。
按照从泛读到精读的顺序，文献阅读可以被细分为几个层次：一是只读书名、文章名；二是继续读内容简介；三是继续阅读著作的前言、结论，论文的开头、结尾；四是阅读正文中与自己研究相关的部分；五是全文阅读。泛读和精读各有利弊。泛读节约时间，精读则有利于全面、准确地掌握文献的内容。一个文献越重要，则应读得越细。在此过程中也要注意，泛读和精读并非两个极端，而是具有前述五种情况。对于任何一个文献，应当尽可能在最恰当的层次进行阅读。初学者的一个常见错误是一概精读所有文献，导致阅读进展缓慢，这又导致因为担心读不完而干脆不开始阅读。比较可取的做法是颠倒过来，默认泛读所有文献，并在泛读时筛选出需要精读的文献或者文献的相关部分。虽然对此有明确的认识，但笔者仍然时不时陷入这个误区。这或许表明一律精读是一个难以改正的错误，需要严加防范。
阅读文献时如果不做笔记，则相关内容储存在短期记忆中，未形成长期记忆。随着时间的流逝，我们会逐渐遗忘文献内容。如果文献较多，则我们读了后面的文献，就遗忘了之前读的文献。在构思的时候，我们需要考虑所有文献，在遗忘了部分文献的时候，构思往往无法顺利进行。此外，在后续写作过程中，往往需要对特定问题展开进一步思考，或者对一些细节问题进行核实，或者对一些观点进行引用，为此都需要回顾相关文献。如果没有及时做笔记，则在论文写作中难以回忆自己阅读过的文献的内容，甚至难以再找到出处。即便找到了出处，如果首次阅读时没有做笔记，则因为第一次阅读之后的短期记忆已经消退，只好重新花时间阅读，导致时间浪费。
有鉴于此，阅读文献时应当记笔记，“不动笔墨不读书”。我们要记下文献出处，并用自己的语言概括与自己的研究密切相关的内容。做文献笔记有两种方式：一是边读边记，如每读一段就记录大意，在阅读和记录之间频繁切换；二是进行相对长时间的阅读（如读完一章或者一篇论文）之后进行记录。如采取第二种做法，则阅读过程比较流畅，在做笔记的时候能够将整篇文献的内容纳入思考，也会更自然地用自己的语言进行表述。笔者推崇第二种做法。
记笔记可以用电子方式，也可以用纸笔进行。电子方式通常速度较快，可以记得较为详细，但其危险在于不求甚解地直接摘录过多内容。相比之下，用纸笔做笔记，因为受到手写速度的限制，我们通常会认真思考文献内容，用自己的语言进行必要概括，这更有利于掌握文献内容。如果以手写方式记笔记，需要在装订本和活页之间进行选择。装订本的好处是方便保存，但与论文中特定部分相关的笔记可能散落在笔记本的不同页面，不方便汇总。与此不同，如果使用活页，则可以方便地把与论文特定部分相关的所有活页笔记汇总。在需要时，就像警匪片中警方往往会把案件的相关情况放在一面大墙上进行分析一样，我们可以把与一个具体问题相关的笔记页面铺开，让目光在上面流转，探索它们之间的相互联系，这对于发展自己的想法有很大帮助。
培根说：“我们不应该像蚂蚁，单只收集；也不可像蜘蛛，只从自己肚里抽出丝；而应像蜜蜂，既采集、又整理，这样才能酿出香甜的蜂蜜来。”初学者容易犯下蚂蚁和蜘蛛的错误。如果做文献笔记只是对文献进行归纳、总结和复述，而并不进行批判，在写作论文时对来自不同出处的内容进行排列组合，在此基础上完成论文，那么，这样完成的论文必然重复他人的观点，只是像蚂蚁搬运食物一样对知识进行了搬运。如果在没有标记的情况下照搬他人表述，还构成剽窃，严重违反学术规范。如果不参考已有文献就开始写论文，则这种不参考、不尊重学界已有研究的做法最终只是把自己的粗浅想法写下来，这就犯了与蜘蛛一样闭门造车的错误。写作论文的目的并非重复已有知识，而是要创造新知识。这就决定了我们既不应当满足于理解文献获得已有知识，也不应当闭门造车，而是应当像蜜蜂一样，在学界已有文献的基础上进行延伸思考，发展出新的想法，并主要基于自己的想法来完成论文写作。正是在这种意义上，任何研究者都是站在前人的肩膀上继续推进已有研究，学术研究是一个薪火相传的事业。
那么，如何结合文献阅读，来发展自己的想法呢？我们要立足创造新知识的宗旨来对待已有文献，进行思考。第三章将阐述，我们通常按照演绎逻辑或者归纳逻辑进行论证，从论据（已有知识）得出论点（新知识）。那么，我们就可以重点思考已有文献对我们进行论证有何帮助。有可能文献中介绍了一些案例，我们或许可以将这些案例作为论据，用于我们自己的论证，得出相应的结论。在笔者的一些论文中，就引用了德国和美国的一些宪法案例，用于自己的论证，得出了一些结论。或许，我们接受他人得出的观点，我们将其作为论证中的论据。总之，我们要立足自身进行的论证，看在所收集到的文献中，是否有能够用作论据的内容。我们由此得出一些想法之后，要将其诉诸笔端，形成文字。在理想的情况下，如果积累了足够多的想法并将其形成了文字，那么，将自己的想法以符合逻辑的方式组合起来，得出自己的结论，一篇论文就具备雏形了。
一个相关问题是，我们是应该在读完所有相关文献后再来尝试发展自己的想法，还是在阅读每一篇文献之后都进行这一尝试。初学者往往以为，需要在阅读了足够数量的文献之后，才能进行思考，发展出自己的想法。然而，这样做也存在一定的问题。我们永远不可能穷尽所有文献，所以，想着要阅读了足够多的文献再来思考，则往往意味着不思考。而在读了很多纷繁复杂的文献之后，也有可能更抓不住重点，一团混乱。因此，我们主张每阅读一篇具体的文献之后，都要尝试进行思考，得出自己的想法，并形成文字。当然，随着文献阅读的深入，思考会更加成熟，我们可以对之前成文的想法进行完善。
初学者的一个常见误区，是在文献阅读方面花费大量时间，而不及时进入下一阶段，从而导致论文的完成遥遥无期。正确的做法是根据完成论文的期限，设置一个文献阅读的截止时间。通常而言，选题和文献阅读阶段所用的时间原则上不应超过全部论文写作时间的1/3，之后就应当开始下一阶段的构思工作。构思之后如果看到新的相关文献，可以再继续阅读，调整思路，但不应当花太多时间阅读文献。实际上，阅读完所有相关文献之后再开始构思和写作初稿的做法是不现实的，这往往只是逃避下一阶段工作的借口。