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十岁的列奥纳多已经能像山羊般敏捷地攀爬悬崖。他常带着自制的皮面笔记本（用父亲丢弃的羊皮公文改装）前往人迹罕至的山洞。某天暴雨过后，他在石灰岩洞穴深处发现了奇特的钟乳石——水滴在石笋上留下螺旋状纹路，像极了塞尔·皮耶罗书房里那本阿拉伯医书上的内耳图解。
这种对自然法则的痴迷让家庭教师束手无策。当老先生讲解拉丁语变格时，列奥纳多却在羊皮纸上计算鸽子起飞时的翅膀角度；背诵圣经诗篇的间隙，他会突然追问：“为什么彩虹总是出现在太阳对面？”最让教书先生崩溃的是，这个学生居然用几何方法证明《创世纪》里“神说要有光”的时间顺序有问题——“如果月亮是第四天才被创造，前三天的夜晚靠什么照明？”
塞尔·皮耶罗的书房成了男孩的避难所。公证人惊讶地发现，儿子对那些枯燥的法律文书毫无兴趣，却会花整个下午研究他收藏的《博物志》手抄本。某次，列奥纳多偶然翻到一页佛罗伦萨建筑师阿尔伯蒂的笔记，上面画着人体比例图，标注着“肚脐是完美的中心点”。当晚，老女仆惊恐地发现小主人赤身站在卧室中央，正用绳子测量自己膝盖到脚踝的距离。
1486年的深秋，十四岁的列奥纳多在山顶橡树下遇见改变他命运的人。流浪学者托马索·马西尼正在用自制的星盘观测木星轨迹，男孩立刻被那黄铜仪器上的精密刻度吸引。当其他少年在集市上赌博斗殴时，这对奇怪的师徒却在废弃的磨坊里测算抛物线，或解剖偷来的野兔研究肌腱走向。马西尼教会列奥纳多用左手镜像写字（“这样你的笔记就不会被蠢货偷看”），还告诉他一个惊世骇俗的观点：“地球可能在转动，就像烤架上的苹果。”
某个飘雪的冬日，马西尼突然消失了，只留下几本沾着墨迹的手稿。列奥纳多在磨坊墙上发现一行新刻的字迹：“真理藏在水的漩涡里，在飞鸟的骨骼中，在你自己左手的掌纹间。”那天回家的路上，暴风雪中的松涛声让他想起母亲讲述的古老传说——据说每个世纪都会有几个被普罗米修斯吻过的孩子，他们的眼睛能看穿世界的表皮。