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明代，朱震亨之弟子徐用诚，根据历代诸家关于本草方面的论述及研究加以发挥，著《本草发挥》，多为明初医家用药所参考。至清朝至民国时期，周岩按《本草纲目》编次，对近130种药物的性能和临证应用，遵仲景《伤寒杂病论》之说，并博引历代名家注解，加以阐述析疑，编为《本草思辨录》。其他著作尚有陈士铎的《本草新编》、姚澜的《本草分经》、赵晴初的《药性辨微》、何廉臣的《实验药物学》等书籍流传于世。曹炳章对诸多药品的产地、药性及不良反应一一考证，著有《龙涎香考》《鹿茸考》《燕窝考》《白木耳考》《犀角考》《化龙骨考》《国产桂枝考》《沉香考》《哈士蟆考》《冬虫夏草考》《琥珀考》等数十种，并有《蛇谱》《鼠谱》《真珠谱》等专篇，在当时有一定影响。张若霞著《草药新纂》，对绍兴一带草药进行调查研究。胡宝书根据祖传经验并结合其临证体会，辑成《校正药性》。
方剂的研究，最早有晋代于法开著的《议论备豫方》。宋代裴宗元与陈师文等，受朝廷之命编成《太平惠民和剂局方》，作为当时官药局的成药专书和配方蓝本。民间王谬著有《是斋百一选方》。至明清，张介宾立新方八阵，创制左归饮、右归饮、柴胡疏肝散、玉女煎等方，一直沿用至今。另有董宿《奇效良方》、费杰《经验良方》等。清代有罗越峰《疑难急症简方》、周子乡《经验奇方》、丁尧臣《奇效简便方》、袁体乾《醉经楼经验良方》、黄维熊的《黄氏三世良方》、赵晴初的《奇偶方选》、黄寿衮《温病三焦方略》，以汤歌形式编著的何廉臣《新方歌诀》、赵晴初《汤歌新诀》等。