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绍兴医家研究《黄帝内经》，影响较大者有马莳、张景岳、陈士铎、姚止庵、章虚谷、田晋藩、何廉臣七大家。明代马莳的《黄帝内经素问注证发微》和《黄帝内经灵枢注证发微》二书各九卷，后者为史上《灵枢经》之最早注本。张景岳用“以类相从”之法，将《黄帝内经》分为十二大类，并详细注释，著成《类经》，又续编《类经图翼》《类经附翼》，为分类注解《黄帝内经》第一家，其所言及所用分法为后世所宗。清代及民国年间，陈士铎、姚止庵、章虚谷、田晋藩、何廉臣五家继之。姚止庵著有《素问证注节解》，他认为《黄帝内经素问》古目八十一篇，除缺《本病》《刺法》两篇外，实计七十九篇。于是他辑阴阳、脉象、治法者五十一篇，为内编；辑针灸、穴俞者二十二篇，岁运、六气者七篇，为外编。其分编方式，既不同于马莳的追踪王冰，也不同于张介宾的分节重编，而是以“理”（变化无方）、“数”（有象可拟）分内、外编。这种按《黄帝内经素问》的内容以篇为单位进行分编的方法，对姚绍虞来说，是实际研究功夫的一个侧面反映，给后人指明了另一条读《黄帝内经》的途径。章虚谷择《灵枢经》《黄帝内经素问》二经之要义，分类编纂注解，著《灵枢节注类编》。由于章虚谷是一位“享大名于粤浙之间”（何廉臣《吴批医门棒喝》序）的温病学家，把已经成熟的温病学说带进了这部著作，给《类编》增添了新光彩。他对《素问·刺热》的解说，就从伏邪立论，可谓独具只眼。还有陈士铎之《内经素问尚论》《灵枢新编》及《黄帝外经微言》，民国年间田晋藩之《内经素问校证》、何廉臣之《内经存真》，各有发挥。《绍兴府志》记载明代徐渭（文长）曾撰《素问注》，惜未见。
绍兴研究《难经》的代表医家，有南宋的王宗正和明代的马莳。王宗正所著的《难经疏义》是绍兴地区最早研究《难经》的专著。马莳全注《黄帝内经》之后，撰《难经正义》九卷。
自东汉张仲景《伤寒杂病论》问世以来，历代研究者甚众，有以经解经派，认为原文错简、要重新修订的错简派，认为原文不可增减一字、移换一节的维护旧论派，临床上又形成了以方类证派、按法类证派、按因类证派、按证类证派和分经审证派等，绍兴医家独辟蹊径，遵经旨而重实用，形成了大名鼎鼎、影响甚广的绍派伤寒。徐荣斋云：“绍兴述伤寒而能法古宜今，并足以继仲景而昭来兹者，当推会稽张景岳。”张景岳在《景岳全书·伤寒典》阐述了伤寒之汗法、下法、补法及慎用苦寒的学术观点，强调勘病、辨证、论治的统一，认为“伤寒”为外感百病之总名，将“温病”“暑病”设为专篇隶属于“伤寒”名下，可谓绍派之滥觞。清代乾、嘉年间俞根初所著的《通俗伤寒论》，为绍派伤寒的确立奠定了基础。何廉臣、曹炳章、邵兰荪、胡宝书等为绍派的发展，作出了重要贡献。新中国成立后，徐荣斋、连建伟等医家为绍派在当今的传承及发展，发挥了重要作用。2013年绍兴市中医院申报的“绍派伤寒”被列入国家中医药管理局首批全国中医学术流派传承工作室建设项目，2021年入选第五批国家级非物质文化遗产代表性项目名录。
《金匮要略》研究影响较大者，首推明·陆昂修《兰台金匮》《元机素要》和清·高学山著《金匮要略注》。
绍兴医经研究成就卓著，以《黄帝内经》《伤寒论》之研究更为海内外医家所钦佩；绍派伤寒的创立，是数代绍派医家对仲景学说传承发展的成果，影响深远。