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在肛周脓肿发生的初期，患者常感到肛门周围出现肿块，伴有轻微疼痛，或出现肛内刺痛、坠胀不适。继则疼痛逐渐加重，肛门周围肿块增大，并出现红肿、触痛，质较硬。重症患者可伴有恶寒、发热、乏力、食欲不振、大便秘结等症状。若不及时进行有效治疗，通常在一周左右，局部可形成脓肿。
对于深部脓肿或黏膜下脓肿，初期局部症状可能不明显，但发热、恶寒等全身症状较为显著。脓肿形成后，局部可出现波动感；若自行溃破或经切开引流，可流出黄白色脓液。此后，疼痛逐渐缓解或消失，体温下降，其他症状也随之缓解直至消失。结核性肛周脓肿起病通常较为缓慢，肿痛程度相对较轻。脓肿溃破或切开后，流出的脓液清稀，或伴有干酪样物质。患者常伴有低热、盗汗、颧红、形体消瘦等结核中毒症状。由于脓肿发生的部位不同，其症状和体征也各具特点。现将各肛周间隙脓肿的症状和体征分述如下。
肛门皮下脓肿位于肛管皮下或肛周皮下间隙，常发生于肛门边缘，是最常见的一种肛周脓肿类型。脓肿一般较小，全身感染症状不明显。局部疼痛较重，多呈持续性和搏动性，患者常因疼痛而不敢端坐，呈半蹲坐姿势，步态偏跛。咳嗽或局部受压时，疼痛加重。肛缘可见明显红肿、硬结，触痛明显；若已化脓，则出现波动感。若不及时切开排脓，常有以下3种结局：①脓肿自然破溃，多由肛周皮肤穿破，形成低位肛瘘；②脓液向上穿过肛门周围筋膜，扩散到一侧或两侧坐骨直肠间隙，形成坐骨直肠间隙脓肿或低位马蹄形脓肿；③脓液有时可向内由肛窦穿出，形成内盲瘘。
低位肌间脓肿位于齿状线以下，内、外括约肌之间。脓肿一般不大，全身感染症状轻微，但局部持续性和搏动性疼痛明显，受压或咳嗽时疼痛加重。肛缘红肿不明显，但指诊时可触及肛管内有肿块隆起，压痛显著。若不及时切开引流，常有以下4种结局：①脓液向下沿外括约肌皮下部扩散，穿破皮肤，形成低位肛瘘；②脓液向上沿联合纵肌间隔穿入肛提肌上方，形成骨盆直肠间隙脓肿；③脓液沿联合纵肌中间间隔与内侧间隔穿入直肠纵肌与环肌之间，形成高位肌间脓肿；④脓液向外沿联合纵肌外侧间隔，经外括约肌深部与浅部之间或深部与肛提肌之间穿入坐骨直肠间隙，形成坐骨直肠间隙脓肿。
坐骨直肠间隙脓肿是临床上常见的一种疾病，位于坐骨直肠间隙内。由于此间隙富含脂肪组织，血液循环相对较差，因此常常是由肌间脓肿的脓液通过外括约肌的浅部和深部之间向外扩散而形成的。有时，其他间隙的脓肿也可能扩散至此间隙，导致脓肿范围广泛且位置较深，初期症状往往不明显。随着病情的快速发展，局部症状逐渐加剧，患者会出现坐卧不安、步行时疼痛加剧的情况，有时甚至会影响排尿。患处皮肤会出现肿胀、发红，导致双臀不对称。触诊时，局部可触及硬结并伴有明显压痛；肛内指诊时，患侧坐骨间隙所对应的肛管或直肠壁也会有压痛，压痛平面可能达到或超过肛管直肠环。若脓肿穿破进入肛周皮下间隙，则局部红肿会更加明显，并出现波动感。如果不及时进行手术引流，脓液会进一步扩散，常有以下4种结局：①脓液从内外括约肌间穿出至肛窦，形成内盲瘘；②脓液穿破皮肤，形成完全瘘；③脓液通过肛管后深间隙扩散至对侧坐骨直肠间隙内，形成低位马蹄形脓肿；④脓液向上扩散至肛提肌以上，形成骨盆直肠间隙脓肿或直肠后间隙脓肿。
肛管后间隙脓肿是位于肛管后间隙的一种脓肿，其形成大多源于肛管后部肛窦或肛腺的炎症扩散。肛管后间隙包含深、浅两个分间隙。当炎症沿着内括约肌与联合纵肌纤维，或是外括约肌深部与耻骨直肠肌之间的路径进入肛管后深间隙时，会形成肛管后深间隙脓肿。而如果炎症沿着外括约肌浅部与皮下部之间的路径进入肛管后浅间隙，则会形成肛管后浅间隙脓肿。由于这类脓肿的范围相对较小，因此很容易被忽视。局部红肿症状可能不明显，但在按压肛门与尾骨尖之间的皮肤时，会出现明显的压痛。肛内指诊时，医生可以在肛管后、肛管直肠环水平面以下触及局限性硬结或肿块，并伴有明显的触痛。
若未能及时进行手术治疗，脓液可能会向四周扩散，常有以下4种结局：①脓液从肛管后部的肛窦穿破，从而形成内盲瘘；②脓液向后、向下扩散至肛周皮下间隙，进而形成肛门皮下脓肿，最终穿破皮肤，演变成低位肛瘘；③脓液由后部沿肛管两侧向前扩散至单侧或两侧的坐骨直肠间隙，形成坐骨直肠间隙脓肿或马蹄形脓肿，若进一步向外穿破皮肤，则会形成低位肛瘘或马蹄形肛瘘；④脓液向上扩散至肛提肌以上的间隙，形成直肠后间隙脓肿或骨盆直肠间隙脓肿。
直肠黏膜下脓肿是位于直肠黏膜与内括约肌之间的黏膜下间隙内的一种脓肿，临床上相对少见。此间隙内包含痔静脉丛和黏膜肌层，因此其形成常由内痔注射不当（如插入过深）、内痔感染发炎或肛腺感染等因素所引起。患者往往自觉直肠内有沉重坠胀感，尤其在排便和步行时，疼痛感受尤为明显。此外，全身感染症状也较为显著，而肛门外则无明显的异常表现，故常被误诊为感冒。
在进行肛内指诊时，医生可以触及直肠壁上有圆形、椭圆形或条索状的隆起，这些隆起伴有触痛及波动感。当脓肿较大时，其上缘可能不易被触及。此类脓肿有向下扩散的趋势，可能通过肛窦或直肠黏膜穿入肠腔，偶尔也可能穿入肛周皮下间隙，从而形成皮下脓肿。此外，它们还可能进入肛管后间隙，进而形成肛管后间隙脓肿。然而，脓肿穿透肠壁进入骨盆直肠间隙的情况相对罕见。
高位肌间脓肿是位于直肠下部，发生在直肠环肌与纵肌之间结缔组织内的一种脓肿。常因肛窦炎、肛管炎、直肠炎、内痔发炎化脓、直肠狭窄及直肠损伤后并发感染所致。疾病初期，患者往往会感到肛内有坠胀感，随后逐渐出现胀痛，特别是在排便和行走时，疼痛会明显加重。此外，患者还可能表现出明显的全身感染症状，而肛门外则通常无明显的异常表现。
在进行肛内指诊时，医生可以在直肠壁上触及到圆形隆起，这些隆起伴有压痛及波动感。使用窥镜检查时，可以观察到直肠壁上有圆形隆起，其表面光滑或伴有充血、糜烂，边界整齐且清晰，表面常附着炎性黏液。
骨盆直肠间隙脓肿是位于骨盆直肠间隙内的一种脓肿。其形成原因多样，多因坐骨直肠间隙脓肿未得到及时手术引流，导致脓液向上穿透肛提肌而形成；也有部分病例是直接由肛窦、肛腺的炎症扩散所致。由于此间隙的顶部为腹膜，且容积较大，脓肿往往深藏于骨盆内部，因此患者全身感染症状通常非常严重，而肛门局部的炎症表现则相对不明显。患者往往会感到直肠内有沉重坠胀感，时常有便意但排便不畅，有时甚至会影响排尿功能。在进行指诊时，医生可以在直肠壁上触及肿块隆起，并伴有压痛及波动感。
若骨盆直肠间隙脓肿在早期未得到及时手术引流，常有以下3种结局：①脓液进入直肠后间隙，并通过对侧路径进入另一侧骨盆直肠间隙，从而形成直肠后间隙脓肿或高位马蹄形脓肿；②脓液向下穿过肛提肌，进入坐骨直肠间隙内形成脓肿，随后穿破皮肤，最终演变为高位肛瘘；③脓液偶尔也可能沿腹膜后间隙向上扩散至下腹部，形成盆腔脓肿。
直肠后间隙脓肿位于直肠后方的间隙内，具体在骶骨前方、肛提肌以上，与两侧骨盆直肠间隙通过直肠侧韧带相分隔。其在临床上相对少见。该脓肿大多数情况下是因为坐骨直肠间隙脓肿和肛管后深间隙脓肿未能得到及时手术引流，导致脓液向上穿过肛提肌而形成的。此外，也有部分病例是直接由肛管后部的肛窦、肛腺炎症扩散至直肠后间隙所致。
直肠后间隙脓肿的临床症状与骨盆直肠间隙脓肿相似。患者通常会感到直肠部位有重坠感，并伴有骶尾部的钝痛。在进行指诊时，按压尾骨与肛门之间的区域可出现深部压痛。肛内指诊则可以在直肠后壁上触及到肿块隆起，伴有压痛或有波动感。