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中医有关肛周脓肿病因病机的论述颇多，现将其主要内容归纳为以下方面。
1.感受外邪，入里化热，壅滞气血，腐肉成脓。如《灵枢·痈疽》云：“寒邪客于经络之中则血泣，血泣则不通，不通则卫气归之，不得复反，故痈肿。寒气化为热，热胜则腐肉，肉腐则为脓。”又如《河间医学六书》云：“风热不散，谷气流溢，传于下部，故令肛门肿满，结如梅李核，甚者及变而为瘘也。”
2.饮食醇酒厚味，损伤脾胃，酿生湿热，湿热蕴结肛门。如《素问·至真要大论》云：“膏粱之变，足生大丁。”《外科正宗》云：“夫脏毒者，醇酒厚味，勤劳辛苦，蕴毒流注肛门结成肿块。”
3.三阴亏损，湿热结聚肛门。《外科发挥》云：“悬痈，谓疮生于玉茎之后，谷道之前，属足三阴亏损之症。”《疡科心得集》云：“患此者，俱是极虚之人，由三阴亏损，湿热积聚而发。”
4.负重奔走，劳碌不停；妇人生产努力，气陷阻滞，湿热瘀毒下注。如《外证医案汇编》云：“负重奔走，劳碌不停，妇人生产努力，以上皆能气陷阻滞，湿热瘀毒下注，致生肛痈。”
5.虚劳久嗽，痰火结肿肛门。如《外科正宗》云：“又有虚劳久嗽，痰火结肿，肛门如粟者，破必成漏，沥尽气血。”
西医学认为，肛周脓肿的发生主要与下列因素有关。
（1）肛腺感染：是肛周脓肿最为常见的发病因素。肛腺开口于肛窦，通常情况下，肛窦处于闭合状态。当发生腹泻时，粪便容易进入并积存于肛窦中，从而诱发肛窦炎；当发生便秘时，干硬的粪块擦伤肛瓣，也可引发肛窦炎。一旦肛窦发生感染，局部组织会因炎症而肿胀，使得肠腔内的污物更容易进入肛窦内。随着炎症的进一步发展，它可通过肛腺导管，沿着内括约肌的间隙蔓延至肛腺，引起肛腺炎。肛腺多位于内外括约肌之间，周围有丰富的淋巴组织和静脉丛。如果肛腺炎经淋巴、血管向肛管直肠周围间隙扩散，即可形成相应间隙的脓肿。这些脓肿可向上蔓延至直肠周围，形成高位肌间脓肿或骨盆直肠间隙脓肿；向下可到达肛周皮下，形成皮下间隙脓肿；向外可穿过外括约肌，形成坐骨直肠间隙脓肿；向后则可形成肛管后间隙脓肿或直肠后间隙脓肿。此外，组织发育异常或炎症刺激等因素可能导致内括约肌痉挛，压迫肛腺管，进而造成肛腺管闭塞，使得肛腺分泌物排出困难，肛腺呈囊状膨大。一旦这种情况下的肛腺发生感染，即可形成括约肌间原发性脓肿。脓肿若进一步向四周扩散，可引起其他间隙的脓肿。
（2）损伤感染：因直肠内异物、外伤或干结粪便等造成肛管直肠损伤，感染可向深部组织扩散，进而形成肛周脓肿。此外，会阴部手术操作不当或术后护理不慎，也可能导致肛管直肠周围间隙感染，导致发生肛周脓肿。
（3）皮源性感染：肛门周围皮肤的毛囊、汗腺或皮脂腺等发生感染，或皮脂腺囊肿合并感染，均可引起肛周间隙的非瘘管性脓肿。
（4）骨源性感染：骶尾骨结核或骨髓炎等化脓性病症，可能继发肛周间隙的脓肿，但在临床上继发肛周脓肿的情况较为少见。
某些全身性疾病，如糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等，可能导致严重的营养不良、全身虚弱及抗感染能力下降，可并发肛周脓肿。临床上这种情况较为少见。
肛腺的发育和功能主要受人体性激素的调节。随着年龄的变化，性激素水平也会有相应的波动，直接影响肛腺的增生与萎缩。由于肛周脓肿多与肛腺感染相关，因此其发病率也随性激素水平的变化而有所升降。在新生儿或婴幼儿体内，有一段时期雄激素的水平相对较高，这既可能源自母体，也可能与新生儿副肾雄激素分泌旺盛有关。雄激素的作用使得新生儿皮脂腺特别发达，若存在感染因素，则新生儿易患肛周脓肿。随着新生儿的成长，一过性旺盛的雄激素水平会发生生理性下降，相应地，一过性发达的肛腺与其他皮脂腺也会逐渐萎缩。因此，从儿童期至青春期前，肛周脓肿的发病率极低。进入青春期后，体内性激素开始活跃，部分皮脂腺，尤其是肛腺，再次发育、增生，分泌趋于旺盛。此时，若肛腺液排泄不畅，则易造成肛腺感染，进而引发肛腺炎。所以，成年后肛周脓肿的发病率又有所上升。进入老年期后，雄激素水平开始下降，肛腺也随之萎缩，因此肛腺不易感染，肛周脓肿的发病率也相对较低。此外，青春期男性肛腺的增长速度较女性更快且更明显，因此男性肛周脓肿的发病率高于女性。
婴幼儿肛周脓肿的发病与肛管局部免疫功能不全密切相关。有学者通过测定141例肛瘘患儿与对照组的血清免疫球蛋白、唾液及直肠黏膜中的IgA，以及活检直肠黏膜内所含免疫球蛋白的细胞与分泌物成分，得出以下结论：①发病月龄与免疫发育的关系：多数病例在出生后3个月内发病，这表明肛周脓肿的好发月龄与免疫功能薄弱时期相吻合。由于肛门直肠黏膜的局部免疫结构尚未发育成熟，肛窦因此具有易感性。待患儿出生后14个月，免疫功能逐渐增强，发病率则显著下降。②血清IgA水平与肛瘘的关系：对于出生后12个月尚未治愈的肛瘘病例，其血清IgA值明显低于正常值，唾液中的IgA均值也偏低。正常情况下，婴儿出生后两周，黏膜绒毛开始形成，此时在直肠黏膜中即可检测到IgA。然而，在肛瘘病例中，出生后12周仍难以检测到IgA，直至13周后才显现出较低水平。正常情况下，肛窦内贮存的由肛腺分泌的黏液中含有大量多糖体和IgA。当黏膜绒毛功能不全或腹泻导致局部黏液被冲刷时，局部防御力会降低，肛窦的易感性增强，从而引发疾病。
近年来，国内外众多学者对肛周脓肿的病原菌进行了深入研究，这对肛周脓肿的认识和治疗具有重要意义。
（1）病原菌种类：主要有需氧菌与厌氧菌两大类。①需氧菌：是肛周脓肿中常见的病原菌。其中最常见的是大肠埃希菌和克雷伯菌属，其次是肠球菌属。此外，还包括变形杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、铜绿假单胞菌、产碱杆菌、不动杆菌属（如无硝不动杆菌）及沙门氏菌等。有研究表明，在需氧菌中，革兰阴性杆菌的数量约为革兰阳性球菌的3倍。值得注意的是，结核分枝杆菌在肛周脓肿中极为罕见。尽管以往曾有误将结核菌感染视为肛周脓肿的主要原因，但近年来的研究中均未分离出结核分枝杆菌。②厌氧菌：肛周脓肿脓液中分离出的厌氧菌主要为脆弱类杆菌和其他类杆菌，其次是消化球菌属、消化链球菌及梭状芽孢杆菌。
（2）致病特点：①内源性：肛周脓肿的病原菌多为人体肠道内的正常菌群，属于机会致病菌。在正常情况下，这些菌群在体内处于动态平衡状态，无毒力及致病性。然而，当局部或全身抵抗力下降时（如干硬粪便擦伤、外伤，患有糖尿病或艾滋病等），这些菌种即可致病。②多菌性：多数肛周脓肿为两种以上细菌混合感染，极少数为单一细菌感染。需氧菌与厌氧菌混合感染较为常见，单纯分离到厌氧菌或需氧菌的情况较少。以往认为，肛周脓肿的致病菌主要为需氧菌，厌氧菌较少见。近年来，随着厌氧培养技术的改进，厌氧菌的检出率显著升高，表明厌氧菌在肛周脓肿中的作用不容忽视。
（1）初期（炎症浸润期）：病原菌作用于局部组织，引发反射性小动脉短暂痉挛，随后迅速扩张，导致血管床广泛开放，血流加速，血流量增加，进而发生动脉性充血（炎性充血）。此时，局部氧合血红蛋白含量增多，故组织呈现鲜红色。随着炎症进程的推进，组织损伤加剧，氧化不全的代谢产物逐渐累积，使得炎症局部酸度上升。在生物活性物质（如组胺、5-羟色胺、激肽类及酶类）的作用下，小血管进一步扩张。血管壁的紧张度下降，通透性增加，血流逐渐减缓，小静脉由扩张状态转变为静脉性充血（淤血），因此局部颜色转为暗红色，最终可能导致血流淤滞。
炎性充血和淤血使局部毛细血管内压力升高，特别是小静脉及静脉端毛细血管的通透性增强，进而导致血液中的血浆成分大量渗出到组织。这些渗出物除包括电解质等小分子物质外，还包括血浆蛋白等大分子物质，它们通过血管壁进入组织间隙，使得炎症区域的渗透压升高，进一步促使液体在组织间隙中积聚，形成炎性水肿，从而导致局部肿胀。
由于动脉性充血，局部血流量增加，血流速度加快，使得局部皮肤温度升高。加之局部物质代谢增强，产热增多，因此产生热感。局部肿胀压迫末梢感觉神经可引起疼痛。此外，炎症区域某些化学物质（如激肽类、5-羟色胺、氢离子和钾离子）的积聚，同样可引起局部疼痛和压痛。上述病理改变共同导致了局部红、肿、热、痛等临床症状的出现。
（2）中期（化脓期）：炎症浸润期，白细胞向炎症病灶区域迁移并聚集时，若接触到病原菌或组织崩解产物则其细胞质和细胞膜会发生形态变化，胞浆伸出伪足将这些物质包裹，并逐渐将其纳入胞浆内，形成吞噬体。随后，细胞质内的溶酶体与吞噬体融合，形成吞噬溶酶体。在吞噬溶酶体内，被吞噬的病原菌或组织崩解产物被溶酶体酶消化分解。
由于大量中性粒细胞浸润，并伴随其变性、坏死，这些坏死组织在中性粒细胞或其释放的蛋白水解酶作用下发生液化，形成脓液。脓液通常为黄色或黄绿色的混浊液体，主要由脓细胞（变性坏死的中性粒细胞）、液化的坏死组织、少量浆液、纤维素以及病原菌组成。
当病原菌感染引发炎症时，骨髓造血功能增强，血液中的白细胞数量增多。在化脓期，中性粒细胞数量显著增加。当病情严重时，血液中未成熟中性粒细胞的比例超过5%，这种现象称为白细胞核左移。因此，在临床检验中，白细胞总数及其分类计数对于诊断炎症及其严重程度具有重要的参考价值。
（3）晚期（破溃期）：由于浸润的白细胞和组织发生坏死、溶解、液化，在局部形成充满脓液的囊腔。小的脓肿可自行吸收而消散；大的脓肿因脓液较多不易吸收，可能由皮肤自行溃破或需通过手术切开排脓。溃脓后，脓腔逐渐被增生的肉芽组织填充并修复。若脓肿未能自行溃破或未及时切开排脓，可能发展为慢性脓肿，此时脓肿周围被增生的肉芽组织包裹，形成脓肿壁。脓肿壁具有吸收脓液和限制炎症扩散的作用。然而，若脓肿继续发展，脓肿壁内层会不断有白细胞渗出和组织坏死，导致脓液增多、脓肿扩大，最终向皮肤穿破，脓液流出并形成肛周瘘管。
中医按病位对肛周脓肿进行分类的记载较多，现将《医宗金鉴》中的有关内容简介如下。①鹳口疽：又名锐疽，生于尻尾骨尖处。初肿形如鱼肫，色赤坚痛，溃破口若鹳嘴。②坐马痈：生于尻尾骨略上。高肿溃速，脓稠者，顺；漫肿溃迟，出紫水者，险。虚人患此，易于成漏。③臀痈：生于臀肉浓处，肿、溃、敛俱迟慢。④上马痈、下马痈：生于臀肉之下折纹中。初起如粟，黄脓小疱，渐生焮痛，寒热往来，高肿红亮为轻，平陷黑硬为重。⑤涌泉疽：生于尻骨之前长强穴。初肿坚硬疼痛，状如伏鼠，十日可刺。得白脓者，顺；溃迟青脓者，险；紫黑水者，逆。⑥脏毒：有内外、阴阳之别。发于外者，由醇酒浓味，勤劳辛苦，蕴注于肛门，两旁肿突，形如桃李，大便秘结，小水短赤，甚者肛门重坠紧闭，下气不通，刺痛如锥，脉数有力，多实多热，属阳易治；发于内者，兼阴虚湿热，下注肛门，内结臃肿，刺痛如锥，大便虚闭，小水淋沥，寒热往来，遇夜尤甚，脉数微细，为虚为湿，属阴难治。
中医学将肛周脓肿称为肛痈，根据其病变性质的不同可分为痈、疽两大类。①痈：局部表现为红肿高起，焮热疼痛，周围界限清楚，在未成脓之前无疮头而易消散，已成脓易溃破，溃后脓液稠厚者称痈，多属阳证、热证、实证；②疽：局部表现为漫肿平塌，皮色不变，不热少痛，未成脓难消，已成脓难溃，脓水清稀，破后难敛者称为疽，多属阴证、寒证、虚证。
根据脓肿发生的部位，可分为肛提肌下脓肿（低位脓肿）和肛提肌上脓肿（高位脓肿）。①肛提肌下脓肿（低位脓肿）：包括肛周皮下脓肿、低位内外括约肌间脓肿、坐骨直肠间隙脓肿、肛管后间隙脓肿和低位马蹄形脓肿；②肛提肌上脓肿（高位脓肿）：包括直肠黏膜下脓肿、高位肌间脓肿、骨盆直肠间隙脓肿、直肠后间隙脓肿和高位马蹄形脓肿。
根据肛周脓肿病程的长短，可分为急性肛周脓肿和慢性肛周脓肿两类。①急性肛周脓肿：发病急，症状显著，病程较短；②慢性肛周脓肿：发病缓慢，病程较长。
①非特异性肛周脓肿：临床上最为常见，多由大肠埃希菌、葡萄球菌、链球菌等混合感染引起；②特异性肛周脓肿：临床较为少见，包括结核性脓肿等。
艾森·哈默尔（Eisen Hammer）根据肛周脓肿的最终结局，将其分为非瘘管性脓肿和瘘管性脓肿两大类。①非瘘管性脓肿：凡与肛窦、肛腺无关，且最终不会发展为肛瘘的脓肿，均归类为非瘘管性脓肿。这类脓肿可能由毛囊、汗腺等组织的感染向深部扩散引起，或由皮脂腺囊肿合并感染，以及手术、外伤后继发感染所形成。②瘘管性脓肿：是指经肛窦、肛腺感染发展而来，并最终导致肛瘘形成的脓肿。