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杭州是中国八大古都之一，中国历史文化名城。乌龟洞遗址古人类化石（属于更新世晚期后一阶段）的发现，证实了十多万年前就有古人类在杭州这片土地上生活。萧山跨湖桥遗址的发掘证实了早在8000年前就有现代人类在此繁衍生息，距今5000年前的余杭良渚文化被誉为“文明的曙光”。杭州在夏商周时期属“扬州之域”。相传在夏禹治水时，全国分为九州，长江以南的广阔地域均泛称扬州。夏禹南巡时到会稽（今绍兴）会见诸侯，曾乘舟航行经过此地，并把他的杭（“杭”是方舟）留在此处，所以得名“余杭”。另有说法是，禹在此地造舟来渡河，所以越人就称此地为“禹杭”，后来就把“禹”传成了“余”，于是得名“余杭”。
公元前770年至公元前476年的春秋时期，吴国、越国两国争霸，杭州先属越国，后属吴国，越灭吴后，复属越国。战国时，楚国灭越国，杭州又归入楚。约2200年前，秦在灵隐山麓武林一带设县治，史称“钱唐”，属会稽郡。西汉时期（公元前202年—公元8年），杭州仍旧称为钱唐。新莽时曾一度改“钱唐”为泉亭县，到了东汉又重新恢复为钱唐县，属吴郡。三国、两晋时期，杭州属吴郡，归古扬州管辖。公元549年（梁太清三年），侯景升钱唐县为临江郡。
公元589年（陈祯明元年、隋开皇七年），隋朝废郡设州，“杭州”这个名字第一次出现。公元591年（隋开皇九年），杭州在凤凰山建筑城池，这是最早的杭州城。公元607年（隋大业三年），重设为余杭郡。公元609年（隋大业六年），江南运河开通（镇江至杭州），全长400多公里，从此，杭州成为咽喉之地、交通要道，运河也开启了杭州的繁荣时代。
唐代设置杭州郡，后来又改为余杭郡，治所设在钱唐，因避讳国号，改“钱唐”为“钱塘”。后来名称又在“杭州”和“余杭”之间几度变更。到了唐后期，杭州已经繁华到“骈樯二十里，开肆三万室”。每年从杭州征收的商税，占到全国财政总收入的4%。五代十国时期，吴越国建都杭州，其后，杭州成为全国的经济文化繁荣之地。北宋时，杭州为两浙路路治。北宋末年，中原失守，宋高宗赵构南逃，于1129年抵达杭州，设立行宫，把杭州改为行在所，升为临安府，并于1138年正式把临安府设为国都，临安作为南宋国都长达150年之久。杭州也由此进入了鼎盛时期，成为一个国际化大都市。1276年（元至元十三年），设两浙大都督府，又改设安抚司，1278年升为杭州路，为江浙行省省会。明代改杭州路为杭州府，为浙江承宣布政使司治所。1645年（清顺治二年），置浙江巡抚，驻杭州。1662年（清康熙元年），浙江承宣布政使司改为浙江行省，杭州为省会。1895年（光绪二十一年），清政府在甲午海战中失败，被迫签订《马关条约》，杭州开放为日本通商商埠，拱宸桥开辟为日本租界，而后，杭州近代工业开始发展。
1912年（民国元年），废杭州府，合并钱塘、仁和两县为杭县，仍为省会所在地。1927年（民国十六年），废道制，把杭县城区设为杭州市，直属浙江省，从此，杭州确立为市的建制。1937年卢沟桥事变以后，杭州被日本侵略者占领长达8年之久，整座城市遭到巨大破坏。
1949年5月3日，杭州市为浙江省直辖市，并为浙江省省会。50年代，杭州把原有的八个城区改名为上城区、中城区、下城区、江干区、西湖区、艮山区、拱墅区、笕桥区；后来，艮山区并入下城区，笕桥区并入江干区，中城区大部分并入上城区，小部分并入下城区。1990年，半山区又与拱墅区合并，成立新的拱墅区。1994年，杭州升格为副省级城市。1996年，原属余杭市（今杭州余杭区）的九堡镇、下沙乡划归江干区管辖，将原萧山市浦沿、长河、西兴镇和原余杭市（今杭州余杭区）三墩镇划归西湖区管辖，将西兴镇的东湘、杜湖、湖头陈3个行政村从西湖区划出，归属萧山市（今杭州萧山区）城厢镇管辖。余杭蒋村归西湖区。杭州市新设立滨江区，由西兴、长河、浦沿三镇组成。2001年，撤销萧山市和余杭市，设立萧山区和余杭区。2014年，撤销富阳市，设立富阳区。2016年10月1日，杭州市人民政府由老城中心迁往新城中心钱江新城。杭州完成了从西湖时代到钱塘江时代的千年跨越。2017年，撤销县级临安市，设立杭州市临安区。自此，杭州的行政区格局调整为10区2县1市。2021年4月，撤销原杭州市上城区、江干区，设立新的杭州市上城区；撤销原杭州市下城区、拱墅区，设立新的杭州市拱墅区；撤销原杭州市余杭区，设立新的杭州市余杭区；设立杭州市临平区；设立杭州市钱塘区。自此，杭州市下辖10个区（上城区、西湖区、拱墅区、滨江区、余杭区、临平区、萧山区、富阳区、临安区、钱塘区）、2个县（桐庐县、淳安县），代管1个县级市（建德市）。