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杭州的中药材种植历史悠久，而且品种很多，品质纯良，广为皇室和医家采用。著名的“浙八味”中就有杭白菊、笕麦冬。此外，以杭州地名命名的道地药材还有杭白芷、杭白术等。其中杭州近郊笕桥自古有“药材之乡”的美誉，笕桥所种的十八种药材又名“杭十八”，闻名天下，备受青睐。民国十年（1921）《浙农杂志》中《笕桥药材志》记载：“笕桥居杭城东南，相距约10里，旧名茧桥，后易茧为笕。案笕为长竹管所成之水道，便疏泄，资灌溉，农事赖之。笕桥之名，其以此乎。地宜药，最著者凡十八。乡老传言，仙人过笕其囊裂药坠而遗种，故其药特效，是言虽怪诞不经，然足以证其品之纯良，其毗连临平、乔司两镇亦产药材，而不及笕桥之丰，故成名笕药。”《笕桥药材志》中介绍，“笕桥十八味”中包括植物药14种，动物药2种，冬瓜（冬瓜皮、冬瓜子）、莱菔（萝卜子、地骷髅）各分为2种，故号“十八味”。18味药物依次为玄参、麦冬、地黄、薄荷、决明子、千金子、白芷、白芥子、荆芥、牛蒡子、冬瓜皮、冬瓜子、莱菔子、莱菔、黄麻子、泽兰、地鳖虫、僵蚕。笕桥地区所产之玫瑰花、浙贝母，栽培甚多，品质殊佳，为笕药中后起之秀，但未列入十八名药之列。
中华人民共和国成立后，杭州的中药资源得到保护，相关研究进一步深入，中药事业迅速发展。杭州市卫生局于1970年6月在市第五医院召开“中草药进城市医院”现场会。6月22日，杭州市卫生局召开市卫生系统大会，传达全国中草药学习班精神。7月，杭州市中草药服务部迁设原种德堂药店，半年中接待问病买药者近10万人次。有的医院、卫生院、工矿医务室自制中成药。农村社队合作医疗站办起了“百草园”。随着农村合作医疗制度的建立和赤脚医生的普及，该年全市各地掀起推广新中草药活动，公社卫生院、管理区保健站，普遍开展调查和发掘中草药资源的活动，开辟中药场、百草园和土药厂，逐步形成种植和应用中草药热潮。目前杭州人工种植的中药材主要有菊花、玫瑰花、丝瓜络、麦冬、山茱萸、红花、瓜蒌、百合、牛蒡子、板蓝根、桑白皮、太子参、乌梅、泽泻、荆芥等；野生药材主要有前胡、青木香、马齿苋、益母草、半夏、牛膝、玉竹、虎耳草、淡竹叶等；动物类药材主要有僵蚕、乌梢蛇、土鳖虫、蟾酥、珍珠母等。2013年，浙江省认定了淳安县枫树岭镇为“浙江省中药材之乡”。淳安县还开展了种植高附加值的特色中药材的行动，如铁皮石斛、红豆杉、灵芝、西红花等。近年来，杭州扩大了中药材的加工炮制产业，目前已形成了相当规模。从明代万历年间创建的“古杭朱养心药室”到享有“江南药王”美称的胡庆余堂，目前杭州已有中药饮片加工企业10多家，如桐君堂中药饮片有限公司、华东中药饮片有限公司等。
方剂是在辨证审因、确定治法的基础上，按照组方原则，选择恰当的药物合理配伍，酌定合适的剂量、剂型、用法治病的药方。杭州历代名医辈出，中医药业非常发达，中医药学专家在理论和实践中积累了丰富的经验，民间流传有大量的草药方剂，是研究开发方剂的宝贵资源。宋代钱塘（今杭州）人沈括（1031—1095），字存中，为著名科学家。他重视中医药学的实践，历代提到他均以“博学淹贯，无所不通，于医尤精”相称。他幼年体弱，常借中药调理，于是对中药产生了兴趣。钱塘沈氏有搜集药方的传统，沈括受家学影响，十分注意搜集医方，并将搜集而来的药方编写成《良方》一书，他说：“凡所至之处，莫不询究，或医师，或里巷，或小人，以至士大夫之家，山林隐者，无不访求，一药一术，皆至诚恳而得之。”后人将苏轼的《苏学士方》和沈括的《良方》二书合编而成《苏沈良方》，又名《苏沈内翰良方》。该书问世后，深受医药界推崇。宋代临安（今杭州）人陈师文，生卒年不详，曾任朝奉郎、尚书库部郎中、提辖措置药局等职，精于医术。大观年间（1107—1110），陈师文等建议朝廷修订方书。不久宋徽宗诏准这一请求，并派遣陈师文、陈承、裴宗元等对和剂局配方进行校订。陈师文等多方搜集资料，严格校订，“校正七百八字，增损七十余方”，著成《和剂局方》（全称《太平惠民和剂局方》）五卷，分为诸风、伤寒、一切气、痰饮、诸虚、痼冷、积热、泻痢、眼目疾、咽喉口齿、杂病、疮肿、伤折、妇人诸疾及小儿诸疾14门788方，均系收录民间常用的有效中药方剂，记述了其主治、配伍及具体修制法，其中有许多名方，如至宝丹、牛黄清心丸、苏合香丸、紫雪丹、四物汤、逍遥散等，是一部流传较广、影响较大的临床方书。宋朝皇室南渡，建都临安（今杭州），杭州成为全国政治文化中心。因频繁的战争，加上灾荒、劳役、疫病流行，于是朝廷决定设立药局。由于当时宋朝版图缩小，人口又相对密集，药材资源贫乏，偏僻之地从医的人又很少，为了使有限的财物充分发挥作用，寻找简、便、廉、验的药方，确定选药的规范，就成了当务之急。因此，当政者下诏书，制定药典，制备成药，大量设置药局，以便治病、用药。南宋在杭州官办的惠民和剂局，是最早的中成药制作所。明清时期，临床上对中成药需求旺盛，使得方剂得到了蓬勃发展。
明末清初的杭州医家中，对方剂学研究贡献最大者莫过于“钱塘医派”代表性人物张志聪和高世栻二人。首先，张志聪认为方剂的大、小区分不在药味多少，而仅在剂量的轻重。他在《侣山堂类辩·奇偶分两辩》中说：“数少而分两重者为大方，数多而分两少者为小方”的观点，并以鳖甲煎丸为例（该方用药有24味，其间配伍错综复杂，并非数方叠加），说明所谓的大方、小方在于分量的轻重，洵为卓识。其次，张志聪运用“气化学说”阐述方义，他在《侣山堂类辩》中论述“胶艾汤”时指出：“明乎阴阳升降之道，五行生化之理，立方大意，思过半矣。”他以“胶艾汤”为例，说：“艾名冰台，削冰令圆，以艾向日取火，是能启两肾水火之气，上交于心肺者也。阿胶用阿井水煎驴皮而成，阿水乃济水伏行地中，千里来源，其性趋下。夫心合济水，肺主皮毛，阿胶能降心肺之气以下交于两肾者也。水火交而天地泰，则血气流行，阴阳和合，又何病之有？”再者，张志聪倡导将方剂中的“相恶”与“相反”的药味一起配伍使用，更能建立奇功。所谓的“相恶”就是一种药物能破坏另一种药物的功效，“相反”就是两种药物同用能产生剧烈的毒副作用。他在《侣山堂类辩·畏恶反辩》中说：“有云相畏者，如将之畏帅，勇往直前，不敢退却；相反者，彼此相忌，能各立其功，圆机之士，又何必胶执于时袭之固陋乎？”现代研究证实，将某些相反的药物配伍使用，在临床上用于治疗一些疑难杂症，会出现奇效。此外，张志聪还提倡在方剂的组成上应考虑寒热补泻兼用。他以附子泻心汤、柴胡加龙骨牡蛎汤、大黄附子细辛汤为例，说明此类组方机制可用于临床。
值得一提的是，清代钱塘县（今杭州）人赵学敏遵循“不悖于古，而利于今”的原则，搜集整理了大量的民间秘方和验方。他虚心向族人走方医赵柏云讨教，柏云尽数授之。赵学敏对走方医的“操技最神，而奏效甚捷”甚为折服，故录其所授，结合自己丰富的医药知识与实践经验，于乾隆二十四年（1759）编著《串雅》一书，该书是历史上第一部有关民间走方医单验方的专著。其主要内容是对走方医理论进行系统总结，使其不致为庸俗所诋毁，助其登上大雅之堂。赵学敏在《串雅内外编》绪论中说：“走医有三字诀，一曰贱，药物不取贵也；二曰验，以下咽即能去病也；三曰便，山林僻邑，仓卒即有。能守三字之要者，便是此中之杰出者矣。”此书中多是具有简、验、便特点的单方妙方，且容易推广应用，这些单方、验方都是一代代民间走方医经验的结晶。清末钱塘县（今杭州）人吴庚生，字平格，从名医马文植学医，精于医术，撰有《串雅内编注》。
在此期间，杭州相继开办了不少中药店铺，出售自己制作的中成药，如余姚朱养心，明万历元年迁居杭州，在清河坊、大井巷东首先开设蜚声江浙的朱养心药室，专攻外科，手到疾愈，所制方药后世仍在沿用，流传至今的有五灵五香膏、阿魏狗皮膏、铜绿膏、珍珠八宝眼药、三仙丹等15种。朱养心医技高明，医德高尚，他的膏药对跌打损伤、痈疽疮疡卓有效验，闻名遐迩，求者门庭若市。
中华人民共和国成立后，杭州市政府十分重视民间单验方的收集，于1956年在全市开展采方献方活动。医务人员上山、下乡、下厂，深入群众访问、调查、了解、发掘民间验方、秘方、单方，同时动员群众献方。本次活动收集了民间秘方、验方、单方3000多个，经临床验证，去伪存真，弃粗存精，撰写并出版了《杭州市中医验方集锦》一、二册，受到了好评。改革开放后，杭州企业在中成药进行剂型改革的基础上，又积极开展科研项目，如杭州正大青春宝、康莱特、天目药业、胡庆余堂药业等企业，生产出的著名产品有参麦针、丹参针、青春宝片、百令胶囊、康莱特注射液等。
1971年，杭州中药厂生产出千里光片剂及千里光针剂。研究表明，千里光对金黄色葡萄球菌、伤寒杆菌、副伤寒杆菌、痢疾杆菌、大肠埃希菌、变形杆菌等均有较强的抑菌作用，临床治疗各种炎症性疾病及细菌性传染病有良好疗效，对上呼吸道感染、急性扁桃体炎、急性细菌性痢疾、急性阑尾炎、急性肠炎等治疗有效率达90%，且不良反应小。
综观杭州中药学的发展，具有悠久的历史和文化底蕴。从系统收集、整理和编写本草资料，到现代运用科学技术研究中药的药理作用和化学成分，不断挖掘中药的潜力，为中药的现代化发展奠定了坚实的基础。随着现代科学技术的发展和人们对健康的不断追求，杭州的中药学的未来发展前景广阔，将继续发挥其独特的优势，为人类的健康事业作出更大的贡献。