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杭州医家十分强调治疗法则在中医临床中的核心作用，对其研究也颇为用力，擅长各类治法。如明代杭州人钱惟邦，精于医术，以善用攻下之法著称；明代富阳县（今杭州富阳区）人沈汝孝兼善攻补；明代浙江杭县（今杭州旧称）人卢似立，精通医术，用药善守、善补法，与同郡名医沈汝孝、钱惟邦齐名，三人并著名于世。沈汝孝，《杭州府志》记载其“字太国，其父沈文奎，习岐黄术，不闻于时。沈汝孝童年即知医，所投辙效。”并载一医案：“万历中，孝廉周羔患关阂疾，众医不能愈，沈汝孝独以三棱、莪术诸药，投之30剂而痊。羔之次子周兆斗，因劳郁致病，几至不救，杭医钱惟邦曰：周郎病劳惫，郁极而尸厥也，下之则生矣。会医士卢似立过寓，切其脉，抚掌笑曰：正所谓阳脉下逐，阴脉上争。胃气闭而不通，故脉乱形厥，不可骤攻，须七日少间，三七日而愈。汝孝闻二者之言，忽有所悟，为疏方，病乃愈。盖钱氏能攻，卢氏善守，而汝孝适于二者之中，三人遂称鼎足焉。汝孝寿至八十而卒，子孙能世其业。”本案即展现了三人运用治法的不同。“钱塘医派”代表性人物高世栻在《医学真传·治病》中说：“凡人有病，需治在医，医者人之司命也。既司人命，必知人身有形之经，又当知人身无形之气，辨有形之有余不足，察无形之离合逆从。有形者，脏腑经络之定位；无形者，阴阳运气之转输。脏腑经脉有病，而阴阳运气，转旋输布，不失其常，虽病可愈；若有形既病，而无形亦逆，便不治矣。盖医不能生人也，不杀人，便为良医矣。所痛惜者，有形无形，全不之知，离合逆从，并未曾晓，见病即治，知其外不知其内，究其末不究其原，妄曰医者意也。以妄为意，以妄为医，是居盲聩而云察秋毫也，岂其然哉。”强调了治法应用当探求疾病发生的根本原因。
杭州医家根据儒家“中庸之道”，强调治病最忌偏执。“钱塘医派”代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·中庸之道》中说：“中者不偏，庸者不易，医者以中庸之道存乎衷，则虚者补，实者泻，寒者温，热者凉，自有一定之至理。若偏于温补，偏于凉泻，是非中非庸矣。夫医道，上通天之四时六气，地之五方五行，寒热温凉，升降浮沉，信手拈来，头头是道，急者急治，缓者缓治，若仅守平和之橘皮汤者，又执中无权也。”纵观古今，多有偏于一方者。偏于温补者，惟用温补；偏于清凉者，惯用清凉。如刘河间偏寒凉、李东垣偏补土、张子和偏攻下、朱丹溪偏养阴等，这其实与各名医的出身、服务对象、历史、地理等情况不同有关。但后世医家不明其中的学术渊源，盲目模仿某个学派而竖一帜，就未免失之偏颇，会出现如张志聪所谓“使病人之宜于温补者，遇温补则生；宜于凉泻者，遇清凉则愈，是病者之侥幸以就医，非医之因证以治病也”的情况，这样就产生了患者就医而侥幸病愈的情况。由于医生的偏颇或固执，危害较大，故张志聪告诫说：“岂可语于不偏不易之至道哉！”
祛邪是中医治法中的一大原则。体表的毛窍、前后二阴，都是病邪外除的通路，通常用汗、下法。“钱塘医派”代表性人物张志聪援引《灵枢》“上焦开发，宣五谷味，熏肤充身泽毛，若雾露之溉”之语，在《侣山堂类辩·汗下论》中说：“盖气化而汗出溱溱也。夺血者无汗，是血气不足，邪不得从汗解也。”又引《伤寒论》“微则阳气不足，涩则无血……阳微不可下，下之则心下痞硬”之语，说明在血气不足的情况下，不可用汗法，但在阳虚的情况下，又难从下解，从而提出“凡病当先却其邪，调其血气，顺其所逆，通其所稽，则阴阳和平，而正气自复。若止知补虚，而不清理其病，邪病一日不去，正气一日不复，渐积至久，而成不救之虚脱矣”。而祛邪强调宜速，即外邪初袭人体，邪即轻浅，正又未虚，应及早治疗，即可阻断病邪深入，促使疾病很快痊愈。
《难经·七十五难》说：“经言东方实，西方虚，泻南方，补北方，何谓也？然：金木水火土，当更相平。东方木也，西方金也。木欲实，金当平之；火欲实，水当平之；土欲实，木当平之；金欲实，火当平之；水欲实，土当平之。东方者肝也，则知肝实；西方者肺也，则知肺虚。泻南方火，补北方水。南方火，火者木之子也；北方水，水者木之母也，水胜火。子能令母实，母能令子虚，故泻火补水，欲令金不得平木也。经曰：不能治其虚，何问其余，此之谓也。”“钱塘医派”代表性人物张志聪认为，五行之间既有生，又有克，如发生亢害，即须承制。只有这样，才能保持其相对平衡。他在《侣山堂类辩·东方实西方虚泻南方补北方》中说：“是五行之气，皆有亢有制也，奚止东方实，而南方当泻乎？”说明根据五行理论，肝实肺虚证可通过泻心补肾的方法进行治疗，虽然没有直接泻肝补肺，但可通过其母子之间的相互关系，以达到平其有余，补其不足，恢复其正常的生理活动的目的。
病有新、久之分，《素问·脉要精微论》说：“征其脉小，色不夺者，新病也；征其脉不夺，其色夺者，此久病也；征其脉与五色俱夺者，此久病也；征其脉与五色俱不夺者，新病也。”“钱塘医派”代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·病有新故辩》中说：“凡病皆当审其形气色脉，而分别其新故焉。”而“新病者，多宜于清解；久病者，多宜于补养”。张志聪又强调运用具体治法当详审新病、久病之别，以免误治：“又有病久而重感新病者，又当清解其邪，而调其虚实。若见其病气有余，则以为病久而变剧，仍用久病之法治之，以致中道夭而不终其天年，乃不审新故之过耳。夫血气壮盛者，尚为邪所中，况久病之人，血气虚衰，腠理不密，宁保其不复为邪气之所伤乎？”因旧病多属痼疾，为时已久，与人体气血相互交缠，治疗多缓慢，处理较复杂；新病较急骤，产生于旧病的基础上，多半是由旧病带来的缺陷导致的，故具体治疗方法当有所不同。
肺处高位，喻为“华盖”，为水之上源，主通调水道，在肺气闭阻，肃降失职，影响其他脏器而气化失司的情况下，可出现小便不利、浮肿等症。故治疗应先宣发肺气，肺气得宣，则小便得利，这种治疗方法被称为“提壶揭盖”法。“钱塘医派”代表性人物张志聪曾巧用该法治疗一水肿者。患者腹大肤肿，久服八正散、琥珀散、五子、五皮之类，小便仍淋漓，痛苦万状。时值夏月，故张志聪不敢用麻黄，恐阳脱而汗漏不止，以苏叶、防风、杏子三味各等分，令煎汤温服，覆取微汗，而水即利。次日，至患者房中，见患者出汗甚多，以至于床之上下，若倾数桶水，被褥帏薄，无不湿透。患者说：昨服药后，不待取汗，而小水如注，不及至溺桶，而坐于床上行之，是以床下如此也。至天明，不意小水复来，不及下床，是以被褥又如是也。今腹满肿胀俱消，痛楚尽解，深感神功之救我。张志聪说：未也，此急则治其标耳。子之病因火土伤败，以致水泛，乃久虚之证也。火即人之元气，必待脾气元气复，而后可保其万全。又予六君子方中去甘草，加苍术、厚朴、炮姜、熟附子，每日令浓煎温服。每日巳时、未时服之，即止其汤药。半载后病愈。
下法是运用泻下方药促进排出或逐出肠中内容物来达到治病的目的的一种治法。历代医家在下法的运用上积累了许多宝贵的经验，尤其是张仲景在《伤寒论》中制定了许多下法的方剂，为后世所景仰。“钱塘医派”代表性人物张志聪认为，下法要用在“急”。只要痞、满、燥、实、坚五证有一，就可用下法，如果五者皆备，就必须“急下”。“急温”实际就是指温法中的回阳救逆法，主要用于阳气突然衰亡之际。张志聪在《侣山堂类辩·急温论》中提出：“病阴寒之剧者，急温之。”又言：“若待其厥冷脉绝，则不救矣。故所谓急者，如人堕于水火之中，缓即焚溺矣。”确有见地。
虚脱是指人体过于虚弱，而阳气不足、阳气外泄和大汗等情况下出现大汗亡阳或阴绝的情况。“钱塘医派”代表性人物张志聪认为，“阴阳虚脱，有外因、内因之分，有偏胜、偏绝之别。”为外因之阴阳偏胜而偏绝者，“如邪中于阴，手足厥冷，脉微欲绝，为阴盛而生阳之气欲绝于内；如欲冷饮，欲卧凉地，揭去衣被，躁而不安，为阴盛于内而阳欲脱于外，均急宜参、附、姜、桂以救之。如发汗不解，身反大热，为阳盛而阴绝于内，宜急下之，用大承气汤。”若为内因之阴阳偏胜而偏绝者，“如孤阳不生，独阴不长，此阴阳之生机欲绝于内。从下而脱于上为阳脱，从上而脱于下为阴脱。脱阴而目盲者，尚有余命之苟延；脱阳而见鬼者，不计日而死矣。”“阳脱之患多有本于阴虚。如年老之人，足膝寒冷，此元阳之气渐衰，而欲绝于下，宜用参附、半硫之类，以助生阳。如或因脾胃虚而谷精不生，或入房甚而肾精日损，或忧恐而藏精渐消，或烦劳而精神日耗，以致阴气日衰，而阳将外脱。”故临床上若见阴精有亏，应考虑有“阳脱之渐”，要预先培养其阴。