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病因病机是中医基础理论的核心之一，它首先探讨了疾病发生的原因，如外部因素风、寒、暑、湿等，内部因素情志不和、饮食不当等，并研究了疾病是如何在人体内产生和如何发展演变的，包括气血津液的变化、脏腑经络功能失调等方面。杭州医学家对病因病机的研究也较为深入，如“钱塘医派”中的代表性人物高世栻在《医学真传·原病》中说：“人身本无病也，凡有所病，皆自取之。或耗其精，或劳其神，或夺其气，种种皆致病之由。惟五脏充足，六腑调和，经脉强盛，虽有所伤，亦不为病。若脏腑经脉原有不足，又不知持重调摄，而放纵无常，焉得无病。”高度概括了致病的原因，并从脏腑经络来进行划分，如“脏气不足，病在脏；腑气不足，病在腑；经脉不足，病在经脉。阴血虚而不为阳气之守，则阳病；阳气虚而不为阴血之使，则阴病。且正气内虚，而淫邪猖獗，则六淫为病。是病皆从内生，岂由外至？其有外至者，惟暴寒暴热，骤风骤雨，伤人皮腠，乍而为病，则脏腑经脉运转如常，发之散之，一剂可痊。若先脏腑经脉不足，而复外邪乘之，则治之又有法，必先调其脏腑，和其经脉，正气足而邪气自退，即所以散之发之也”，说明由于病邪种类、受病条件、受邪部位不同，加之患者体质强弱的不同，必然导致临床证候的千变万化，在病理上也各有其特殊规律，指出了明确病因病机在中医临床上的重要性。
所谓的中医六淫之邪，是风、寒、暑、湿、燥、火六种外感病邪的统称，因此，一般都认为六淫致病为外感之病，但杭州医家中的高世栻则认为不是。他在《医学真传·六淫外感》中说：“盖厥阴、少阴、太阴、少阳、阳明、太阳曰六气，风、热、湿、火、燥、寒曰六淫，天有之，人亦有之。故居其内以通脏腑者，六气也；居其外以通于天者，六淫也。天之六淫与人之六淫，无时不感，讵必病也？”他引《素问·天元纪大论》所谓“厥阴之上，风气主之；少阴之上，热气主之；太阴之上，湿气主之；少阳之上，相火主之；阳明之上，燥气主之；太阳之上，寒气主之”为证，认为文中所谓“本”，即“六元”。以此为例，则“三阴三阳之六气，在下为标，下即内也；而风热湿火燥寒之六淫，在上为本，上即外也。六淫在上而在外，故曰外感，感犹通也”。故提出“外感之说，其义有二：一言六淫外通于天，一言六淫主外通于六气。义虽有二，总谓六淫在人而不在天，凡有所病，皆本人身之六淫，而非天之六淫也”。为证明自己的观点正确，他又引《伤寒论》“中风”“伤寒”的条文“发热汗出、恶风脉缓者，名为中风”和“或已发热，或未发热，必恶寒，体痛，呕逆、脉阴阳俱紧者，名为伤寒”，认为“中风”和“伤寒”之名，“从人身而定也，非外至也。若果外至，胡不曰六淫外中、六淫外伤，而必曰外感也？”因此，他感叹道：“世多不知此义，一遇病辄云外感，岂无病时遂不感耶？甚矣其聩聩也！”其实，所谓“六淫”是指风、寒、暑、湿、燥、火等六气的反常变化。在正常情况下，六气随春、夏、秋、冬四季转换而有规律的变化，起到化育万物的作用，这就是《素问·阴阳应象大论》说的：“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥湿风。”亦即《素问·天元记大论》所说：“寒暑燥湿风火，天之阴阳也，三阴三阳上奉之；木火土金水，地之阴阳也，生长化收藏下应之”的道理。所以，正常的气候变化是不会使人致病的，故称为六气，即言六种正常的气候。当六气反常，超过人体适应和抗御能力，并侵犯人体引起疾病时，则称之为六淫。六淫既是外感疾病的主要致病因素，又是疾病发生发展的重要条件，可以说是一切外因性致病因素的总称。如果外感疾病离开六淫的属性，那么无论是对于病邪的认识还是疾病的辨证治疗，都将难以入手。
人体的精神活动，是人脑在反映客观事物的时候，进行的一些比较复杂的功能活动，包括喜、怒、忧、悲、思、恐、惊七情。七情这种精神活动属于中医病因病机学范畴，能直接影响人体脏腑气血运行。杭州医家对此有充分的认识。如“钱塘医派”中的代表性人物高世栻在《医学真传·七情内伤》中说：“七情通于五脏：喜通心，怒通肝，忧通肺，悲思通脾，恐通肾，惊通心与肝。故七情太过则伤五脏。”这种情感过程必然伴有不同程度的脏腑气血变化。
七情虽与五脏均有关系，但主要与心关系密切。杭州医家张志聪在《黄帝内经灵枢集注·本神》中谓：“地之万物，皆吾心之所任。心有所忆者，意也；意之所存者，志也；志有所变者，思也；思有所慕者，虑也；虑有所处着，智也。此皆心神之运用。”认为“思虑志意皆心之所生，是以思虑喜怒忧悲恐惧，皆伤其心脏之神气”。说明心神在防御七情致病方面有着重要的作用。
时气病，又名时行病、时令病，指感冒四时不正之气所致的具有强烈传染性、流行性疾病，如流行性感冒、瘟疫等，即《内经》所谓“春伤于风，夏生飧泄；秋伤于湿，冬生咳嗽；冬伤于寒，春必病温；夏伤于暑，秋必痎疟”之言。杭州医家对此也有所论述，如“钱塘医派”代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·卷上》中指出：“东方生风，春之气也；中央生湿，土之气也，主于夏秋之交，故曰秋伤于湿。夫身半以上为阳，身半以下为阴；腰以上为天，腰以下为地。故阳者，天气也，主外；阴者，地气也，主内。故喉主天气，嗌主地气，阳受风气，阴受湿气。风乃阳邪，故伤于风者，上先受之，阳病者，上行极而下，故春伤于风，夏生飧泄；湿乃阴邪，故伤于湿者，下先受之，阴病者，下行极而上，故秋伤于湿，冬生咳嗽。”因此，认为此是“天地阴阳之邪随人气之上下升降者也”。其是否发病关键在于卫气之强弱。《内经》有“正气存内，邪不可干”之言，故张志聪又明确指出时气发病的机理：“温病疟病，皆邪伏于内，而后发者。寒乃阴邪，冬时阳气内盛，故邪伏于在外皮肤之间。冬至一阳始生，至春阳气盛长，外伏之阴邪，与阳相遇，邪正相搏，寒已化热，故春发为温病也。暑乃阳邪，夏时阳气在外，里气虚寒，故邪伏于里阴募原之内。夏至一阴始生，至秋阴气盛长，内伏之阳邪与阴相遇，邪正相持，故发为往来寒热之痎疟（痎疟阴疟也，阴邪发阳病，阳邪发阴病，皆人气之所化）。此天地阴阳之邪，随人气之外内出入者也。夫《内经》首重天地阴阳之气，寒暑往来，升降出入。人居天地气交之中，随四时之寒暑往来，而四时之风寒暑湿，又随人气之升降出入。”他据此反对其他医家诸如李东垣、王安道等所谓时气发病的观点。
酒性大热，少饮可以帮助起到活血化瘀、温经散寒等作用。酒能够促进体内血液循环，帮助起到驱寒的效果，但如果大量饮服或者是经常饮服就可能会导致体内火气旺盛，从而引起口干舌燥、咽喉肿痛、口腔溃疡等症状。因为酒精是经过肝脏代谢，因此一般都认为饮酒最易伤肝，会出现爪甲不荣、手足震颤、视物昏花等症状。但杭州医家却认为“饮酒损伤脾肺”。“钱塘医派”代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·饮酒伤脾辩》中说：“是入胃之饮，从在内之脾肺，四布于皮毛，下输于决渎，而为津为溺，乃从内而外也。”而“酒入于胃，随卫气而先行皮肤，先充络脉，络脉先盛，卫气已平，转入于经，而经脉大盛，是反从外而内也”，这是因为“酒者，水谷之悍液；卫者，水谷之悍气，故随卫气而先行皮肤。是以饮酒者，面即赤，而小便独先下，乃先通调于外而下输也。其充满于经脉者，复归于脾肺，是以醉饱入房，多成中满、噎膈、咳嗽、吞酸之病。盖留积于内，复通调于外，致伤脾肺故尔”。明确指出饮酒可伤脾肺，现代医学研究亦表明，喝酒后肺部摄取一氧化碳的能力会受到酒精对细胞色素的影响，导致一氧化碳中碳氧血红蛋白浓度值升高，同时也会因酒精引起静脉扩张，减少肺部毛细血管血容量，出现胸闷等症状，甚至发生喘鸣，且酒精的代谢过程及挥发性使得气道上皮处于高酒精浓度下，造成气道上皮损伤和肺组织重构，而导致酒精相关性肺病。饮酒伤脾，可引起脾胃不和、肝硬化、脾肿大等症状，尤其是空腹喝酒时，会刺激到胃部的黏膜，导致胃黏膜损伤，严重时还会导致胃溃疡，甚至胃出血。这些都对临床具有一定的指导意义。
《内经》有“夫百病之始生也，皆生于风雨、寒暑、阴阳、喜怒、饮食、居处、大惊、卒恐”之说，这里所指的都是导致疾病发生的因素。在疾病的发生与发展过程中，正邪对立双方的斗争情况及其力量差异，才是影响疾病发生发展的主要因素。杭州医家对此有着充分的认识。如“钱塘医派”代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·邪正虚实辩》中援引《素问·通评虚实论》所说的“邪气盛则实，精气夺则虚”，认为“是凡病未有不为邪气所伤，而即为正气虚脱者也。是以大骨枯槁，大肉陷下，胸中气满，喘息不便，皆因外感风寒，内伤五志之所致。故凡病当先却其邪，调其血气，顺其所逆，通其所稽，则阴阳和平，而正气自复。若止知补虚，而不清理其病，邪病一日不去，正气一日不复，渐积至久而成不救之虚脱矣……审辩邪正虚实，临证要紧关头，名医之门多疾，若能分别救治，庶几其有瘳乎！”
由于人体阴阳有偏盛偏衰，故证有阴虚、阳虚之分。但杭州医家认为，阴证的本质就是阳虚。因为阴证的根源是虚证，如“钱塘医派”代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·阴证本于阳虚辩》中说：“人之三阳，犹外之重门；人之三阴，犹内之堂室。邪中于阴而为阴证者，乃重门不固本阳虚也。虽然，外城已破，内城尚可固守，盖阳生于阴，里气实者，犹能外御其侮。若表气微虚，里气不守，则使邪中于阴矣。”说明阴证本于阳虚，并举例说：“有一方士，华舆盛服，昂昂然至病者之家，审其脉证虚寒，曰此阴证也。病者曰不然，子保养数月矣。病者之妻，亦大愠于侧，佯哂而讥之。方土赧言语涩，遂不敢用温热之药，贸贸然而出，若有所失。”考之《伤寒论》少阴病证“少阴之为病，脉微细，但欲寐也”，就是人体阳气虚弱，机体功能沉衰，故表现为精神状态差、目瞑倦卧等。杭州医家张开之说：“阴阳之道，阳密为要。如阳气不固，则邪不以次入。忧、恐、悲、喜、怒皆伤五脏，邪即随所伤之脏二乘之，又非独肾精之能固守也。”说明导致阴证的关键在“阳气虚”。
阴阳虚脱发病突然，病情复杂，其发生的根本机制，就是阳气不能温煦与固摄精血津液，精血津液亦同时不能承载与涵敛阳气，以致二者由部分脱离到完全脱离。“钱塘医派”代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·阳脱阴脱辩》中认为，造成阴阳虚脱的原因有外因合内因之分。外因有以下四种情况：一是阴盛而生阳之气欲绝于内，如邪中于阴，手足厥冷，脉微欲绝。二是阴盛于内而阳欲脱于外，如欲冷饮，欲卧凉地，揭去衣被，躁而不安。此二者都宜用参、附、姜、桂急救之。三是阳盛而阴绝于内，如发汗不解，身反大热。四是阳盛于内而阴液外脱，如阳明病，发热汗多者，宜用大承气汤急下之。内因就是阳脱于阴或阴脱于阳，因为“阳生于阴，阴生于阳。阳生于阴者，阳气生于阴精也；阴生于阳者，阴精之生于阳化也。阳化者，阳气化水谷之精微而生此精也。阴阳和合，交相生化，是为平人。如孤阳不生，独阴不长，此阴阳之生机欲绝于内也”。因此，张志聪提出：“夫阳脱之患，多有本于阴虚。如年老之人，足膝寒冷，此元阳之气渐衰，而欲绝于下，宜用参附、半硫之类，以助生阳。或因脾胃虚而谷精不生，或入房甚而肾精日损，或忧恐而藏精渐消，或烦劳而精神日耗，以致阴气日衰，而阳将外脱矣。故治未病者，见阴精有亏，乃阳脱之渐，预培养其阴焉。若待阳气外脱，用桂、附而欲其引火归原，不知阴精者，阳气之生原也，其原已绝，又安所归乎？故阳脱而用桂、附救之者，外因之脱也；治内因而用桂、附者，助阳气之衰于下也。故曰阴阳虚脱，有外因、内因之分，有偏胜、偏绝之别。”明确提出阴阳虚脱可以分别由人体本身的阴竭和阳衰导致，但不论始自阴精枯竭还是始自阳气衰竭，都必在阳气离根出现时才真正进入“虚脱”阶段。
运气学说由五运和六气两部分组成。五运是指木、火、土、金、水这五种对气候有影响的自然现象；六气是指厥阴风木、少阴君火、少阳相火、太阴湿土、阳明燥金、太阳寒水这六种形成气候变化的因素。运气学说认为自然界有五运六气的变化，人体也有五脏之气和三阴三阳六经之气的运动。自然界五运六气的变化，与人体五脏六经之气的运动是内外相互通应的，因而自然界的五运六气，可以影响人体五脏六经之气的生理、病理。杭州医家十分重视运气学说，尤其对其中的“亢则害承乃制，制则生化”的理解特别有体会。如“钱塘医派”代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·亢则害承乃制制则生化》中说：“此论地之六节，以应四时之六气也。天道左旋，地道右转，故曰显明之右。显明者，寅正之时，日方显而明，故曰显明，乃厥阴风木所主之时也。君火之位，乃二之气，少阴所主之六十日也；相火之位，乃三之气，少阳所主之六十日也；土气之位，乃四之气，太阴所主之六十日也；金气之位，乃五之气，阳明所主之六十日也；水气之位，乃终之气，太阳所主之六十日也。复行一步，木气治之者，周而复始也。步者，六十日为一步，以主时之气纪步也。治，主也；承者，下承上也。盖以主时之气在上，而行过之气在下也。如四之气，太阴湿土主气，而无承制，则土亢矣，少生气则不及矣。有木制火生于下，则土化而和平矣。又如初之气，乃厥阴风木主气，如无承制，则木盛矣，少生气则不及矣。有金制水生于前，则木化而和平矣。化者即天地阴阳之造化，若太过不及，则有灾眚之变，而不能化生万物，故曰制生则化，谓有制而有生则化矣。”所谓的“亢”，代表机体功能亢进，而在某些功能太过的同时，必有某些功能的相对不足，这是五行间盛衰盈虚变化规律的反映。“亢”实际上就是一个从生理到病理状态的演变过程。而所谓的“制”就是对人体自身调节现象的概括，在调节生命运动中起着关键作用，并且还具有定位的特征。正因为有这种定位定向环环相扣的承制机制，才保证了人体正常的生理活动，呈现出稳定状态。张志聪对“亢则害承乃制，制则生化”的阐发，概括了人体的自身稳定现象及其内在机理，在一定程度上正确地认识到人体生命和疾病运动变化的本质，具有很高的理论价值和临床意义。