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中医基础理论包括阴阳五行、运气、脏象、经络等内容，在这方面当以“钱塘医派”的张志聪（字隐庵）和高世栻为代表，他们所著的《侣山堂类辩》和《医学真传》二书，专门讨论中医基础问题，不但为初学者提供入门之阶梯、升堂之津梁，而且为深入研究中医理论的精髓打下了坚实的基础。
阴阳学说是中医学最重要的理论基础和思想方法，其内容包括对立统一、相互制约、相互依存及无限可分等。如《内经》说：“阴阳者，有名而无形，数之可十，推之可百，数之可千，推之可万，万之大不可胜数。”在生理上有以五脏为阴，六腑为阳；经脉为阴，络脉为阳等阴阳属性分类。杭州医家在长期的临床实践中，承袭明代“温补学派”的学术思想，对阴阳从属的认识，提倡阳重于阴。如“钱塘医派”中的代表性人物高世栻就指出：“以大体言之，则阳常有余，而阴常不足。在天地，则天为阳，地为阴，而天则包乎地之外；在人身，则气为阳，血为阴，而气实统乎血之先。一岁三百六十日，天日光明，则三百日而有余。夫光明者阳也，雨湿者阴也，阳有余而阴不足，此其征也。人与天地相参，与日月相应，亦当阳气有余。盖阳主气而阴主血，如人阴血暴脱，阳气犹存，不致殒命；如阳气一脱，阴血虽充，难延旦夕。苟能于阴阳之中，而知阳重于阴，则遇病施治，自有生机。凉泻杀人，吾知免夫。”（《医学真传·阴阳》）明确说明了在阴阳学说之中，应该是阳要重于阴的缘由。为进一步说明理由，高世栻又举“水火”为例，他说：“水为阴，火为阳，水火之中，火尤重焉。盖水者阴也，阴不能生人，必藉火之阳而后能生，故水必藉火而后可饮，谷必藉火而后可食。夫在地为水，在天为寒；在地为火，在天为热。阳热之气，能生万物；若遇阴寒，物必杀矣。医者于水火之中，而知重轻之理，则生者多而杀者少也。”（《医学真传·水火》）虽然在此之前，明代的“温补学派”也曾倡导过类似观点，杭州医家只不过加以详细解释而已，但以历史唯物主义观点来看，这是非常有道理的。我国古代是以太阳出没及在黄道上运行的周期来计时的，称为“太阳历系”。阴阳学说的起源也是根据太阳的照射而确定的，如阳光直接照射的地方为阳，而其背面为阴等。阴阳学说用来说明人体的生理和病理，虽然有其对立统一、相互制约、相互依存的一面，但归根到底还是要依靠阳气的重要作用，如温煦以保持体温，推动加速血液循环等。这些都充分说明阴阳学说中的阴阳两者的从属问题，因此，杭州医家提倡阳重于阴，在临床上有其一定的指导意义。
气与血是人体内的两大类基本物质，它们来源于脏腑，运行于经络，气为血之帅，血为气之母，两者有着各自不同的作用，且相互依存，相互合作，相互协调，共同维系着人体的生命活动，在人体生命活动中占有很重要的地位。杭州医家十分重视中医的气血理论。如“钱塘医派”中的代表性人物张志聪在《侣山堂类辩·辨血》中说：“人秉阴阳水火而生，总属一气血耳。”另一代表性人物高世栻在《医学真传·气血》中指出：“人之一身，皆气血之所循行，气非血不和，血非气不运，故曰气主煦之，血主濡之。”又说：“肺主气，乃周身毛皮之大气，如天之无不覆也。《经》云：宗气上出于肺，以司呼吸，一呼一吸，内通于脏。故曰呼出心与肺，吸入肝与肾。又三焦出气，以温肌肉，膀胱津液，随气化而出于皮毛，故曰三焦膀胱者，腠理毫毛其应。又五脏六腑为十二经脉，荣气行于脉中，卫气行于脉外。由此观之，则五脏六腑十二经脉，上下内外，游行环绕，无非一气周流而健行不息，此人之所以生也。”由于气和血是相互依存的，气是动力，血是养分，血在气的推动下，运行各处，人体才有营养支撑，二者实际密不可分。气的运行需要血的滋养，而血的流动又需要气的推动。故杭州医家认为气与血犹如阴与阳，相互依存。如张志聪在《侣山堂类辩·辨血》中有言：“学者先当审其血气生始出入之源流，分别表里受病之因证，或补或清，以各经所主之药治之，未有不中于窍郤者矣。”
虽然《内经》对脏腑经络已有详细论述，但内容较为散乱，缺乏统一完整的表述。对此，杭州医家进行了归纳总结，以便于从医者掌握。如“钱塘医派”代表性人物高世栻曾专门进行了编写，他在其所著的《医学真传》中设立“脏腑经络”一节，将《内经》中相关脏腑经络的内容集中起来，以脏腑为例，书中说：“五脏者，三阴之所主也。厥阴主肝，少阴主心肾，太阴主肺脾。肝、心、脾、肺、肾，木、火、土、金、水也。肝木为风，心火为热，脾土为湿，肺金为燥，肾水为寒，是五脏合五运，即有风、火、热、湿、燥、寒之六气。夫六气与五运合者，以少阴、少阳二火而合五运也。夫五脏有形，形中有气，其气通于六腑而行于经隧。行于经隧，则皮肌脉筋骨为五脏之外合，如肺合皮、脾合肌、心合脉、肝合筋、肾合骨者是也。通于六腑，则五脏与六腑相为表里，如肺与大肠为表里、脾与胃为表里、心与小肠为表里、肝与胆为表里、肾与膀胱为表里者是也。此五脏之大概也。若六腑，则三阳之所主也。少阳主胆与三焦，阳明主胃与大肠，太阳主膀胱与小肠。夫胆与三焦，少阳木火之气也；胃与大肠，阳明土金之气也；膀胱小肠，太阳水火之气也。此木火、土金、水火之气，乃合三阳而主六腑也。夫六腑亦有形，而形中亦各有气，其气则内通五脏，外行经脉，所谓五脏有俞而六腑亦各有俞、五脏有合而六腑亦各有合者是也。此六腑之大概也。”再如经络：“夫三阴主五脏，而厥阴不但主肝，又主心包，是手足三阴三阳为十二经脉。”十二经脉走向为胸走手而手走头，头走足而足走胸，其气内通脏腑，外通络脉，环周于身。外通络脉，则合孙络而渗皮毛；内通脏腑，则合经血而行荣卫。即所谓气煦血濡，流行不息者。但“今人不知皮肌经脉之浅深，有卒病寒热而涉于经脉者，概以气分之药投之，鲜克有效。盖经脉十二，有三百六十五穴会、三百六十五经络，《素问》详言之，此经脉之大概也”，“经脉之外，更有络脉；络脉之外，复有孙络。经脉为阴，络脉为阳。径直而周于身者为经，横行而左右环透者为络。十二经脉之外，复有脾之大络，名曰大包，又有任脉之尾闾，督脉之长强，合为十五大络。此大络者，出于经脉之外，而有左右相注之奇病。奇病者，左病注右，右病注左，乃络脉病。络脉之病，《素问》有缪刺之法以治之。络脉之外，又有孙络，孙络与皮肤相连，在通体毛窍之内，而胞中之血，充肤热肉，澹渗皮毛”。对十二经脉循行部位，他又概约言之：“手太阴肺脉，起于中焦，横出腋下，循臂内，出手大指次指，而交于手阳明之大肠。大肠之脉，起于手大指之次指，循臂外，入缺盆，上面，挟鼻孔，而交于足阳明胃脉。胃脉起于鼻頞中，至额颅，循喉咙，下膈，挟脐，入膝膑，下足跗，出足大指，而交于足太阴之脾脉。脾脉起于足大指，上膝股之前，入腹，上膈，连舌本，注心中，而交于手少阴之心脉。心脉起于心中，上肺，挟咽，出腋，下循臑内，抵掌骨，出小指之内，而交于手太阳之小肠。小肠之脉，起于手小指，出手腕，循臑外，交肩上，入耳中，至目内眦，而交于足太阳之膀胱。膀胱之脉，起于目内眦，从头，下项脊，循背膂，下腿后，至足小指外侧，而交于足少阴之肾脉。肾脉起于足小指，循足心，上腘股，贯脊，上贯肝膈，入肺，挟舌本，注胸中，而交于手厥阴之心包。心包之脉，起于胸中，循胸出胁，入肘循臂，过掌中，循小指之次指，而交于手少阳之三焦。三焦起于手小指之次指，循手臂，出臂外，贯肘上肩，入耳中，出耳前后，至目锐眦，而交于足少阳之胆脉。胆脉起于目锐眦，从耳后至肩，合缺盆，下胸中，过季胁，出膝，循足跗，出足大指，而交于足厥阴之肝脉。肝脉起于足大指丛毛之际，从腘股而上，过阴器，抵小腹，上入胸中，而交于手太阴之肺脉。是为十二经脉一周，乃头面、胸背、手足各有所属，而为周身之部位也。”用数百字将复杂的脏腑、经络所处及循行部位交代得十分清楚，使后人能够十分便利地了解和掌握。
自赵献可提出命门学说以来，有许多医家顺从其说，尤其在桐乡吕留良倡导后，该学说风靡一时。杭州医家却没有跟风而受其影响，反而直斥为“此不经之语耳”。如张志聪在《侣山堂类辩·辨两肾》中说：“夫医道始于黄、岐，脏腑血气之生始出入，非生知之圣，孰能究其精微？奈何后学不体认圣经，反好为异说。夫人之始结胚胎，犹太极耳；三月而成形，先生两肾，犹太极而生两仪。天一之水生木，木生火；地二之火生土，土生金。是先天止有水火，后天始备五行。五行之中有二火，合而为三阴三阳，以配六脏六腑。”他依据《灵枢·本输》所说“少阳属肾，肾上连肺，故将两脏”，认为“少阳乃三焦之生气发于右肾，上合包络为相火之原，左肾属水，上连于肺，故为两脏也”；再依据《灵枢·本脏》所说“肾合三焦、膀胱”，认为“盖右肾之气，上合于心主包络，而为一脏”；又引《素问·咳论》所言“肾咳不已，则膀胱受之……久咳不已，则三焦受之”，说明《内经》只有“肾”，而原无“命门”之名，这是以“一肾合三焦，一肾合膀胱，而为两脏配合两腑之故”。故提出了“人秉阴阳水火而生，若以两肾象坎中之满，又将何脏以象离中之虚乎”的质疑。因此，杭州医家提出当“潜心圣经，自不为前人所惑”，明确反对所谓“命门学说”。此外，针对部分医家所谓“左肾主水，右肾主火”的说法，张志聪也认为是错误的。他说：“非此之谓也。夫天地阴阳之道，在无形之气，曰阴曰阳；有形之征，曰水曰火；在人之元神，曰气曰精。天一生水，地二生火，阴中有阳，阳中有阴，两肾之气，交相贯通，左右之皆有精有气。水即是精，火即是气，阴阳水火，互相资生，否则孤阳不生，独阴不长矣。夫藏精系胞之说，亦不过分别男女而言。然在女子未尝不藏精，在男子亦可以结胎者也。胞之所系，盖言天主生物，地主成物，故系于右，乃气之所感，非胞之连络于右肾也。如云日月星辰系焉，亦大气之所载，日月运行，星移斗转，又何尝有所系带乎？”对于命门究竟属何，“钱塘医派”另一代表性人物高世栻在《医学真传》中专门立章说：“五脏六腑，合手厥阴心包，则六脏六腑，是为十二经脉，其中并无命门之脏腑，前人妄以三焦属命门，谬矣。考之铜人图，有命门穴，在脊十四椎肾俞间。《灵枢·根结论》有云，根于至阴，结于命门，命门者目也。由此说推之，则目之中央，是为命门，乃足太阳膀胱经脉之所结也。肾俞中央，是为命门穴，乃足少阴肾脏之所通也。肾为水脏，膀胱为水腑，而命门则通于水脏水腑之经脉焉。”（《医学真传·命门》）认为命门只是穴位和部位名称，而与肾、膀胱关系较为密切。
三焦是中医特有的名称，作为六腑之一，其形态和位置历来有争议。如王冰注《金匮真言论》时引《正理论》谓：“三焦者，有名无形，上合于手心主，下合于右肾。”《太平圣惠方》称“三焦有位而无形”。对于三焦的“有形无形”之争，杭州医家也尝试进行了探讨。如“钱塘医派”中的代表性人物张志聪在《侣山堂类辩》中针对三焦“有形无形”说：“有形、无形皆是也，但各偏执一见，而不能通贯耳……三焦、膀胱者，腠理毫毛其应……腠者是三焦通会元真之处，理者皮肤脏腑之文理也。盖三焦乃少阳相火，即精水中所生之元阳，游行于上中下之间，通会于腠理之内，实无形之气也。若游行之气，不应属一腑而有经穴矣……三焦之脉，入缺盆，布膻中，散络心包，下膈，循属三焦……上焦出于胃上口，中焦亦并胃中，下焦者别回肠……三焦不归其部，上焦不归者，噫而酢吞；中焦不归者，不能消谷引食；下焦不归者，则遗溲。是三焦之气，发原于肾脏，归着于中胃上下之间。《灵枢经》所论之出处，即《平脉论》所归之部署也。有有形之部署，则有经脉气穴，而为一腑矣。脏腑血气之生始出入，先圣贤多详论于诸经之中，奈何后人不能博览群经，又不能贯通会悟，是以各执一见，而为一偏之辞。嗟嗟！三焦之理，数千年以来，尚议论纷纭，无惑乎诸君之折辩也。”这就从部位和形态上解决了三焦的归属问题。以后高世栻在《医学真传·三焦》中也指出：“三焦者，上中下少阳之气所主也。五脏合五腑，三焦一腑，无脏与合，故曰是孤之腑也。不但无脏与合，而三焦之腑且将两脏；将，犹偕也，是以腑而并脏也。不但将两脏，而六腑之气俱合三焦，故又曰是六腑之所与合者。是三焦之气，合脏合腑，彻上彻下，彻外彻内，人身莫大之腑也。证之经论，其理自明。”驳斥那些“谓三焦无脏空有名，或谓三焦属命门有脏有名”之人，各执臆说，聚论不休，实无必要。他根据《内经》所说“三焦者，中渎之腑也，水道出焉”之旨，提出三焦“属膀胱，是孤之腑，是六腑之所与合者”。即三焦为中渎腑，属膀胱而出水道。再根据《金匮要略》“腠理者，是三焦通会元真之处”的说法和《灵枢经》所谓“上焦出胃上口、中焦并胃中、下焦别迴肠注于膀胱而渗入者”之意，认为“三焦虽无有形之腑，实有所出所归之部”，尝试探讨了三焦的形态。
心包络是一个中医的概念，主要是指附于心包以及心脏表面上的络脉，具有运行气血、沟通内外和代心受邪的作用。自《难经》首次提出“心包络”的概念后，后人即有纷争。如陈无择的《三因极一病证方论》说：“右肾在右手尺中，属手厥阴（心包）经，与三焦手少阳经合。”刘完素进一步提出：“右肾命门为小心，乃手厥阴相火包络之脏。”至李东垣更有“相火，下焦包络之火”之说，把心包络与相火、下焦概念糅合而为一。杭州医家认为这是错误的。如“钱塘医派”中的张志聪在《侣山堂类辩·辨包络》中说：“少阳三焦之气，生于肾脏，即相火也。相火者，先天所生之元阳也；包络者，包络于心下，多血而主脉，为君主之相。其脉起于胸中，出属心包络，下膈，历络三焦。是包络在膈上，三焦在膈下，皆属有形之脏腑也。但包络三焦之气，并出于肾，一游行于上中下，而各有所归之部署；一入于心下包络，而为君主之相，犹肾与膀胱，太阳与君火，标本之相合也。肾中之元阳，先天之水火也；君火与包络，后天之二火也。包络、三焦，皆以有形、无形之间求之，则得矣。”明确指出包络的部位、功能与心密切相关。之后，温病学家叶天士在《温热论》中说：“温邪上受，首先犯肺，逆传心包。”提出了在温病演变过程中会出现“逆传心包”证，就是受到了此说的影响。
此外，杭州医家还对督脉进行了探讨。一般都认为督脉循于背，总督一身之阳。但“钱塘医派”中的张志聪认为这是错误的。他引《灵枢·根结》所说：“督脉之从上而下者，起于太阳之命门，上额交颠络脑，出项循肩，抵腰下膂络肾，是起于阳者，出于上之命门，而入于下之命门也。盖太阳与督脉，乃阴中之生阳，本于先天之水火，为性命始生之门，故上下出入之处，皆名命门。上节曰贯脊属肾，此节曰循膂络肾，犹脏脉之属脏络腑，腑脉之属腑络脏。督脉之从下而上，从上而下，皆从命门而入，属络于两肾者也，出于庭孔者起于阴，而贯脊属于右肾；与太阳起于目内眦者起于阳，而下膂络于左肾。是以阴属阳，以阳络阴，阴阳交互之妙用也。”从而提出“此言督脉循阴器之下，从后臀贯脊在十四椎之间，从命门而入内，属肾，盖命门乃督脉所入之门，故越人以右肾名为命门，谓督脉主阳，而右肾属火也”。以此辨别督脉的归属问题，确给人以启发。
九窍指的是位于头部的九个孔窍，分别是两目、两鼻孔、一口、两耳。人体中的七门，即《难经》所谓：“唇为飞门，齿为户门，会厌为吸门，胃上口为贲门，胃下口为幽门，阑尾为阑门，肛门为魄门。”是人体消化道的七个冲要部位（七冲门）。关于人体九窍七门的功能，“钱塘医派”中的张志聪认为人体的九窍与外界相通，而体内五脏的精气会分别到达九窍，五脏出现的病变，可从九窍的变化中反映出来。他说：“九窍为水注之气，是脏腑之津液，外注于九窍。阴中有阳，阳中有阴，阴阳交互，上下和平。水随气而运行于外，是天地交而九窍通。若阴阳不和，则九窍闭塞，水道不行，则形气消索。”而七门中又以会厌吸门最为重要。他指出：“人但知饮食从飞门而入，糟粕从魄门而出，不知所谓门者，有开有阖，有旋转之枢，神气之有出有入，皆由此门。如曰吸门，必先呼出而后能吸入，有如辘轳之有升有降也。夫人之所以养生者，莫先乎饮食，如饮食不下，二便闭癃，多有因于气机不转。人但知降下，而不知升提，有如辘轳之绳，西不能下，因东之碍而不升，故曰：将欲下之，必先举之，此之谓也”。说明七门是食物进入人体的必经通道，也是保健的关键部位，形形色色的胃肠病基本和这七道门有关。