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《黄帝内经》（以下简称《内经》）之所以记载了今天用仪器与实验室设备无法认识的阴阳、五行、藏象、经络等概念，原因在于中华先贤掌握了独特的认识方法——从宇宙层次认知生命与健康，以此解答疾病的防与治问题。中医基于“天人合一”的认识境界，始终从“天人关系”入手，通过宇宙条件认识人的生命与健康，从而独创了解读生命与健康的宇宙密码。
《内经》认为，人虽为独立个体，但不能孤立存在，人与万物“通天下一气”的天人医学思想主要表现在以下几个方面。
《内经》认识方法的精髓在于“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事，可以长久”及“善言天者，必应于人”。《内经》从来不单独论人、论病，而是在天地大环境下立论。天人合一的认知层次，始于八卦的三爻。三爻分别象征天、地、人——上天、下地、中间人，三才之说的哲理即源于此。《内经》论天必论人、论人必论天，亦源于此理。《灵枢·邪客》曰：“黄帝问于伯高曰：‘愿闻人之肢节，以应天地奈何？’伯高答曰：‘天圆地方，人头圆、足方以应之；天有日月，人有两目……此人与天地相应者也。’”
中医学认为，人不单是生物学上的人，还是会随时间而变化的存在，四时气候对人体有着不同的影响。《内经》指出，四时脉象各有不同，如春浮、夏洪、秋毛、冬石，并描述了春夏多汗少尿、秋冬多尿少汗的津液代谢节律性变化，这是把人置于时间维度中进行认知的体现。
四时与五脏有对应关系，《素问·六节藏象论》指出，春应肝、夏应心、秋应肺、冬应肾、长夏应脾，故春养肝、夏养心、秋养肺、冬养肾、长夏养脾，这是从四时与五脏的对应关系来认识脏与象的关系及其保养方法。
人不仅受时间过程影响，还受空间位置影响。空间为东、西、南、北四方，故人分四方之人，体质各不同。如《素问·异法方宜论》记载：“故东方之域……其民皆黑色疏理……西方者，金玉之域……其民华食而脂肥……北方者，天地所闭藏之域也……其民乐野处而乳食……南方者，天地所长养，阳之所盛处也……其民皆致理而赤色……中央者，其地平以湿……其民食杂而不劳。”根据不同地域人的不同特点，《内经》主张“故圣人杂合以治，各得其所宜，故治所以异而病皆愈者，得病之情，知治之大体也。”
《周髀算经》依据太阳视运动，创建了六气学说。随着太阳直射点的移动，阳气与阴气在一年中呈周期性变化。太阳直射点从南回归线出发，向北回归线运动，6个月后到达北回归线，这6个月内阳气逐渐增强，由一阳变为六阳。太阳到达北回归线之后，又向南回归线运动，6个月后到达南回归线，这6个月内阴气逐渐增强，由一阴变为六阴。《内经》将六气与五行相联系，分别命名为厥阴风木、少阴君火、太阴湿土、少阳相火、阳明燥金与太阳寒水。六气、六经与五脏六腑之间形成了清晰的对应关系。
六气-六经-五行-脏腑，天气与脏腑之气收受通应。天气常为正，天气非常为邪，伤及五脏则风邪伤肝、火邪伤心、湿邪伤脾、燥邪伤肺、寒邪伤肾。六气中每一气的偏颇，都会引发相应的疾病。把人放在六气中来认识，实际上是将人体气的运动状态与太阳的运动紧密联系在一起。天气如何，则人气应之，这是“善言天者，必有验于人”的天文学思想在医学中的体现。
中医学认为，人与自然界万物存在普遍联系，上及天文，下至动植物，维护好生态平衡是健康之本。古天文学指出，北斗星斗柄的指向变化与四季更替紧密相关。北斗星的斗柄指东时，大地上是春天，小草生长；北斗星的斗柄指南时，大地上是夏天，小草茂盛；北斗星的斗柄指西时，大地上是秋天，小草开始结籽，而后枯黄；北斗星的斗柄指北时，大地上是冬天，小草干枯死亡。同理，人在四季有肝应春、心应夏、肺应秋、肾应冬的节律变化。只有顺应宇宙运行规律，保持与宇宙同步，才能维持健康。
中国哲学的主题是“天与人”，即“天道与人道”。“天人合一”，天人相应，天人一性，天人一体，天人一理，对待天人问题的不同观点催生了中国哲学的众多学派。
中国哲学的目的是锻炼人的理论思维能力，提高人的精神境界和心灵觉悟。儒、道、佛三家，皆是通过倡导生命的自觉修养，追求最终达到“天人合一”、圆融太和的精神境界。
“天人合一”的核心理念在于人与自然合一。如《老子》曰：“人法地，地法天，天法道，道法自然。”这里所说的“自然”，并非人们通常所认为的高山、草原、森林、河流等自然形态，这些仅是自然演化的外在表现，而非自然至纯至净的本质。自然的形式千变万化、有生有灭，自然的本质则超越了变化与生灭。人的精神与自然同一性，是高于一切形式的存在。儒家“天人合一”思想强调人与自然的和谐共生，认为人类应当遵循天命，顺应自然规律，以实现社会的稳定和繁荣。道家的“天人合一”思想则更加注重人与自然的内在统一，主张“道法自然”，强调对大自然的热爱和对事物存在多样性的尊重，认为人类应尊重自然、顺应自然规律，以实现与自然的和谐共处。
“天人合一”的医学内涵，主要是指人作为“小宇宙”是如何与天地这个“大宇宙”相应的，主要体现在同源、同构、同道三个层次的大化之美。
《内经》认为，人由天地阴阳之气的交互作用而生成。《素问·宝命全形论》载：“夫人生于地，悬命于天，天地合气，命之曰人。”这明确指出了人与天地自然同源于气。《灵枢·本神》亦载：“天之在我者德也，地之在我者气也，德流气薄而生者也。”进一步强调了自然界的物质基础是人类赖以生存的基石。《素问·六节藏象论》曰：“天食人以五气，地食人以五味。”均体现了人与自然同源的大化之美。
人体与自然有相同的阴阳时空结构。《素问·金匮真言论》曰：“平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；日中至黄昏……故人亦应之。”阴阳五行作为中介，使得人与自然相通相应。《灵枢·通天》曰：“天地之间，六合之内，不离于五，人亦应之，非徒一阴一阳而已也。”人体气的运行被形象地比喻为水的流动和日月天体运动，《灵枢·脉度》曰：“气之不得无行也，如水之流，如日月之行不休……终而复始。”再如，与“天地之至数”相参，形成诊脉的三部九候方法，《素问·三部九候论》曰：“天地之至数，始于一，终于九焉……故人有三部，部有三候，以决死生，以处百病，以调虚实。”这充分体现了人与自然同构的大化之美。
人与自然在变化规律上也是相一致的。脉象随四时的更替而发生浮沉变化，《素问·脉要精微论》曰：“四时之变，脉与之上下，以春应中规，夏应中矩，秋应中衡，冬应中权。”顺应四时变化而调养形神，《素问·四气调神大论》曰：“春夏养阳，秋冬养阴。”治疗疾病考虑自然界阴阳之消长及五行之运转，《素问·五常政大论》曰：“故治病者，必明天道地理，阴阳更胜，气之先后，人之寿夭，生化之期，乃可以知人之形气矣。”疾病随昼夜阴阳消长而进退，《灵枢·顺气一日分为四时》曰：“朝则人气始生，病气衰，故旦慧；日中人气长，长则胜邪，故安；夕则人气始衰，邪气始生，故加；夜半人气入藏，邪气独居于身，故甚也。”这些都深刻体现了人与自然同道的大化之美。
《素问·金匮真言论》与《素问·阴阳应象大论》等篇中的五行归类，是基于事物内在的运动方式、状态或显象的同一性而进行的。如《素问·金匮真言论》所述的“东方青色，入通于肝，开窍于目……其应四时，上为岁星……其臭臊”，是将在天的方位、季节、气候、星宿、生成数，在地的品类、五谷、五畜、五音、五色、五味、五臭，以及在人的五脏、五声、五志、病变、病位等进行五行归类，这样就可以通过类别之间“象”的普遍联系，来识别同类运动方式的共同特征及其相互作用规律。这是“同气相求”的体现，而非简单的物质结构等量齐观。
《内经》中的藏象理论则以五元序列来表现。自然界以四时阴阳为中概括五方、五气、五味等自然因素的类属、调控关系；人体以五脏阴阳为中心概括六腑、奇恒之腑，以及五体、五官、五志、五病等形体、生理、病理各因素的类属、调控关系。“五脏应四时”，自然界的四时阴阳与人体的五脏阴阳相收受、通应，共同遵循阴阳的对立统一、五行生克制化的法则（图1-1）。
图1-1 事物属性的五行归类表
因此，人天同数是《内经》把时间的周期性和空间的秩序性有机结合观念的体现。它强调人体自然节律是与天文、气象密切相关的生理、病理节律，故有气运节律、昼夜节律、月节律和周年节律等。其基本推论是以一周年（四季）为一个完整的周期，四季有时、有位，有五行生克，因此，以一年分四时，则肝主春、心主夏、肺主秋、肾主冬……月节律则与该月相和所应之脏在一年之中的“当旺”季节相关；其昼夜节律也是将一日按四时分段，指人体五脏之气在一天之中随昼夜节律而依次转移，则肝主晨，心主日中，肺主日入，肾主夜半。
实质上，“人身小宇宙”在《内经》中绝非空谈，《内经》认为人体与宇宙之间存在着某种数理上的一致性。如《内经》所论述，人体呼吸与太阳的运行紧密联系，它将呼吸与天地相通、气脉随寒暑昼夜运转的规律，与太阳的周日运行规律联系相类比。又如《灵枢·五十营》将人体气血运行与日行二十八宿直接挂钩，认为太阳一昼夜环行二十八宿1周，人体气血在体内运行五十周，如此太阳每行一宿（此指二十八宿均匀分布，实际上二十八宿不是等长的），血气行身约1.8周。人一呼一吸为一息，每息气行六寸，270息后气行十六丈二尺，即完成气血在体内运行一周。由此再进一步推算，人一昼夜（五十周）呼吸13500息。《素问·平人气象论》曰：“人一呼脉再动，一吸脉亦再动，呼吸定息脉五动，闰以太息，命曰平人。平人者，不病也。”即平常人一息脉跳动5次，一次脉的跳动气行一寸二分。如此用气运行的长度表示脉搏的频率，进而反映了一种时间周期的概念。这种以大气贯通一切为基点，形成的人体与宇宙之间的相互模拟关系，在《内经》理论中比比皆是，强调了“天人合一”的内在本质。
“天人合一”的境界层次体现了人与天地合德之美。《内经》养生境界分为四类：真人、至人、圣人、贤人。
真人（道生）之身，隐见莫测，其为小也，入于无间。其为大也，遍于空境，其变化也，出入天地，内外莫见，迹顺至真，以表道成之证凡如此者，故能提挈天地，把握阴阳也。真人心合于气，气合于神，神合于无，故呼吸精气，独立守神，肌肤若冰雪，绰约如处子。体同于道，寿与道同，故能无有终时，而寿尽天地也。
《庄子·逍遥游》中记载着关于“藐姑射山”上的“神人”的描述，曰“藐姑射之山，有神人居焉，肌肤若冰雪，绰约若处子；不食五谷，吸风饮露；乘云气，御飞龙，而游乎四海之外”。意思是在遥远的藐姑射山上，住着一位神人，皮肤洁白像冰雪，体态柔美如少女，不食人间五谷，仅以清风为饮、甘露为食，乘云气驾飞龙，自由自在地遨游于四海之外。此处的“神人”即是后文所述的“真人”。“真人”一词最早见于《庄子·大宗师》，指能够洞悉并把握宇宙与人生本真本原，达到真正觉悟与觉醒境界的人。
“真人”是道家的最高人格形象，类似于儒家所说的圣人，佛家所说的觉者（佛）。显然，《内经》深受先秦道家思想的影响。按照《素问·上古天真论》中“天真”的论述，“真人”即是能够保持“天真”状态的人。真人者，体洞虚无，与道合真，同于自然，无所不能，无所不知，无所不通。
“呼吸精气，独立守神”成为后世练功的重要方法。练功前首先要进行“三调”，即调身、调息、调神。其中，“独立”即为调身，可采用站桩方式；“呼吸精气”则对应调息，意指吸纳天地之精气，融入体内呼吸之中。
呼吸之法主要可分为顺呼吸与逆呼吸两种。以顺呼吸为例，其方法如下：全身放松，舌尖轻轻抵住上腭。先用鼻子吸气、呼气，然后将注意力完全集中于腹部，即我们通常所说的“肚子”，自然呼吸，无须刻意用力。吸气时，腹部会自然鼓起；呼气时，腹部则会缓缓收缩。始终将意念与注意力集中于腹部，意念随其起伏而波动，细细体会这一过程。顺呼吸时，只需专注于呼吸与腹部的变化，便能逐渐抛却杂念，使心灵归于平静。
至人（淳德全道，至于德）以此淳朴之德，全彼妙用之道。至人动静，必适中于四时生长收藏之令，参同于阴阳寒暑升降之宜。心远世纷，身离俗染，故能积精而复全神。
到了中古时代，中古比上古近一些，有了至人。“至人”一词同样出自《庄子》。《庄子·天下》曰：“不离于真，谓之至人。”其境界在某种程度上与“真人”相仿。他们德行淳朴，保全大道，与天地阴阳相和谐，与春夏秋冬四时相协调。“去世离俗”指离开世俗，到深山老林中去隐修，这在当今对大多数人而言或许不切实际，然而，“大隐隐于市”，只要能在思想上离开世俗、超凡脱俗，保持宁静虚无的心态，亦可达至同样境界。通过积累精气保全神气，使精神遨游于天地之间，视觉与听觉仿佛能及于八方之极，这样的人往往能够延年益寿，身体健壮，达到与真人相近的效果。
圣人（全性之道，合于德）与天地合德，与日月合明，与四时合其序，与鬼神合其吉凶。所以处天地之淳和，顺八风之正理者，欲养其正，避彼虚邪。圣人志深于道，故适于嗜欲，心全广爱，故不有恚嗔，是以常德不离，殁身不殆。圣人法道之清静，举世行止虽常在时俗之间，然其见为则与时俗有异。外不劳形，内无思想，故形体不敝；精神保全，神守不离，故年登百数。此盖全性之所致尔。
此处的“圣人”与儒家所言的圣人概念有所不同。儒家“圣人”乃是其最高人格形象，而此处所述之“圣人”，则为道家所追求之第三境界的人格典范。他能够生活在天地和谐之境，顺从八风变化的规律，使自己的嗜好适应世俗习惯，没有恼怒怨恨之心，行为也遵循世俗的一般准则，穿着和常人一样，举止不会引起世俗之人嫉妒，在外不让繁忙世事劳心伤身，在内没有患得患失的思想纷扰，以恬淡乐观为志，以悠扬自得为乐。由此，其形体不衰老，精神不散失，亦可享百岁之寿。
贤人（从上古合同于道）自强不息，精了百端，不虑而通，发谋必当，志同于天地，心烛于洞幽，故云法则天地，象似日月也。定内外星官座位之所于天，三百六十五度远近之分次也。以六甲等法，逆顺数而推步吉凶之征兆。分别四时者，谓分其气序也。上古知道之人，法于阴阳，和于术数，食饮有节，起居有常，不妄作劳，年度百岁而去，故可使益寿而有极时也。
贤人可以效法天地大道，遵循日月运行之规律，辨别星辰位置，顺从阴阳法则，明了四时变化之序，追随远古真人的养生之道，他们的寿命虽可以延长，但却有一定的极限。
相地如相人，在古代，人们经常把大地比作人体来考虑各种因素。如《玄女青囊海角经》曰：“支龙形势，如人之状，然其身一动，则手足自应；将主一出，则群兵必随……本身之龙要长远，身体必要端正为上，手足必以相合为佳，长幼必以逊顺为贵，主宾必以迎接为奇。”在这种人、地类同思想的基础上，风水中常依据人体的结构将龙脉之真穴分为三种类型，一在头部，二在脐部，三在会阴部，其具体位置是：上聚之穴，如孩儿头，孩子初生囟门未满，微有窝者，即山顶穴也；中聚之穴，如人之脐，两手即龙虎砂也；下聚之穴，如人之阴囊，两足即龙虎砂也。在清代《六圃沈新先生地学》一书中，即收录有一幅以人体之“窍”为原型的风水穴位图，最能形象逼真地体现这种人、地同类的理念。
“天人合一”“万物一体”的思想贯穿整个文化传承，古人很早就发现太阳、月亮和二十八宿及木、火、土、金、水五大行星的运行规律，以及它们同地球昼夜节令变化和灾情之间的关系。在古人看来，天地的运动与人的生长直接相关。《履园丛话》记载：“人身似一小天地，阴阳五行，四时八节，一身之中皆能运用。”天地是个大宇宙，人体是个小宇宙，人体与宇宙同构。天地分为阴阳，人体亦分阴阳；天地有五星、五岳，人体则有五官、五脏。天分成十天干，人则有十指与之对应。地分为十二地支，人体则对应有十二经筋、十二经别、十二皮部……人体整个经络系统随着时间——年、月、日、时辰的推移，经历着气血的周期性流注、盛衰开合，人体需顺应时辰月令的变化，这一切都暗示着人类的出现绝非偶然，而是宇宙生命演化过程中的必然结果。人体与宇宙之间存在着深刻的联系，人体之气与宇宙之气是相互交流的。《说卦传》曰：“天地定位，山泽通气，雷风相薄，水火不相射。”《庄子·内篇·齐物论》云：“天地与我并生，而万物与我为一。”元气在宇宙天地间回荡，气在人体中聚合，人实际上被视为自然生态链的一环，与大自然相比，人是渺小的。人生存中的任何活动都应遵循自然规律，追求与天地自然的和谐相处。人的活动也应致力促进自然的和谐，实现人与自然的和谐共处。
古代用“气”来解释自然环境，在探讨人与天地自然环境的关系时，只要遵循气的运动变化规律，即是按照自然的秩序，追求与天地和自然万物和谐共处，就会获得平安与快乐，从而达到趋吉避凶的目的。居住选址的基本意义在于为人类寻找适宜的居住地，而蕴藏着天地间生气之地域，便是人类生长繁衍的理想居所。概括地说，就是如何寻生气之凝聚点，如何迎气、纳气、聚气。通过对宇宙天地之气的迎合、引导和顺应，使人体之气与之和谐，从而有助于改善居住环境，保障人类的身心健康及后世的昌盛。