



GraphPad Prism的用户引导界面具有直观、友好的特点,用户只需要使用鼠标单击即可快速完成数据录入以及进行复杂的统计分析和图表绘制。单击GraphPad Prism软件图标
,即弹出用户引导对话框,如图1.1所示。用户引导对话框可分为三块,分别是CREATE菜单、LEARN菜单和OPEN菜单。
图1.1 用户引导对话框
首先介绍CREATE菜单,其使用最频繁。CREATE菜单可用来创建空白文件,从而进行数据录入、统计分析和图形绘制。CREATE菜单中共有8种数据表,分别是XY表、Column表(纵列表)、Grouped表(行列分组表)、Contingency表(列联表)、Survival表(生存表)、Parts of whole表(局部表)、Multiple variables表(多变量表)和Nested表(嵌套表),用户根据自身需要选择合适的数据表,单击Create按钮即完成空白文件的创建。在GraphPad Prism中绝大多数的统计、绘图需求均是利用这8个数据表完成的,而在这8个数据表中以XY表、Column表和Grouped表使用最频繁。下面逐一介绍此8个数据表功能。
注意: 8种数据表中均有Data table系列单选按钮与Options系列单选按钮,通过Enter or import data into a new table单选按钮与Options系列单选按钮相互配合,按照提示选择合适的数据录入形式。除此之外,Start with sample data to follow a tutorial单选按钮提供了相应统计分析方法的示例数据文件。
XY表主要用于展示和分析二维数据(X与Y),即每一行都有对应的X值和Y值。在XY表中,X通常代表自变量,而Y代表因变量。XY表适用于绘制散点图、折线图、面积图、直方图、柱状图、剂量-反应曲线、生长曲线等图形,适用于线性回归、非线性回归等统计分析及其曲线的拟合,以便直观地展示X与Y的关系。
Column表主要用于展示一维分组数据,Column表中不同的列即代表不同的组别,每列中罗列具体的观测值。Column表可以直观地展示不同组别之间的数据差异。通过选择合适的图表类型(如柱状图、箱线图等),用户可以直观地比较不同组别之间的均值、中位数或其他统计指标,从而快速识别出不同组别间的差异或趋势。用户可以根据需要选择适当的统计检验方法,如 t 检验、方差分析、单因素重复测量方差分析等,以评估不同组别之间的差异是否显著。除此之外,可以绘制ROC曲线、Bland-Altman图、森林图等。
Grouped表的特点在于其能够处理两个组别的变量,使得数据在行和列上都可以进行分组,可以比较行分组间的数值差异或者分析列分组间的数值差异,也可以分析行分组与列分组的交互作用。使用Grouped表,用户可以创建多种类型的图表,如分组散点图、分组柱状图等,这些图表能够直观地展示不同组别之间的差异,并利用双因素方差分析、三因素方差分析等方法探索其显著性。
Contingency表是一种矩阵形式的表格,可以理解成SPSS中的交叉表,即罗列两个分类变量组成交叉表的频数分布情况,并可以进一步进行卡方检验、Fisher确切概率法等统计分析,以评估变量之间的关联程度及显著性。Contingency表可以绘制交错柱状图、分组柱状图、堆积柱状图,但不能展示其误差线。
Survival表是专门用于生存分析的一种数据表形式。生存分析是一种探索生存时间、生存结局关系的统计分析方法,这里的生存可以指存活,也可以指研究者所关注的其他结局事件。
在Survival表中,通常使用特定的编码来表示不同的生存状态,一般,数值1表示发生结局事件,数值0表示删失值。可以绘制如Kaplan-Meier生存曲线等图形,直观展示生存数据的变化趋势,也可以进行Log-rank检验,计算风险比(Hazard Ratio,HR)等指标。
Parts of whole表是一种用于展示整体内各部分构成比的数据表形式。这种表格通常由一列数据构成,数据通常代表所在行的频数或构成比。在GraphPad Prism软件中,Parts of whole表通常用于绘制饼图、环图、百分比图等,以直观地展示整体中各部分的比例关系。
Multiple variables表主要用于处理涉及多个变量的数据。在Multiple variables表中,每一列通常代表一个变量,而行则代表研究对象,用户可以分析多个变量之间的关系,以及它们如何共同影响某个结局变量。使用Multiple variables表,用户可以创建多种类型的图形,比如散点图、气泡图、柱状图等,以展示多个变量之间的关系。此外,Multiple variables表可以对多个变量进行深入分析,如多因素线性回归分析、多因素Logistic回归、多因素Cox回归、主成分分析等。
Nested表是GraphPad Prism中一种特殊的数据表类型,主要用于处理具有层次结构或嵌套关系的数据。Nested表将数据按照不同的层次或类别进行分组,并在这些分组内部进一步细分数据。在Nested表中可以创建多个子列,每个子列表示一个特定的嵌套级别或子组。这些子列中的数据是与上层组别相关联的,并且可以在图形中以不同的方式展示。使用Nested表,可以更灵活地组织和展示复杂的数据结构。比如可以将数据按照不同的实验条件、时间点进行嵌套分组,并在同一个图形中展示这些分组之间的关系。Nested表在GraphPad Prism中支持多种类型的图形绘制,比如柱状图、折线图等。除此之外,可以进行嵌套 t 检验、嵌套单因素方差分析等。
第二个菜单是LEARN菜单,主要提供关于GraphPad Prism学习的网络资源,其中,Graph Portfolio选项中提供了丰富的绘图模板,目前共有48种图形绘制模板。单击Graph Portfolio选项,弹出对话框如图1.2所示,在其中用户可以选择需要的图形,然后单击Open按钮即可打开绘图模板。
第三个菜单是OPEN菜单,其中,Open a file选项用于打开GraphPad Prism文件,LabArchives选项为实验室功能,Clone a Graph选项可以复制图形。
图1.2 Graph Portfolio对话框