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双因素重复测量方差分析适用于具有两个自变量的实验设计，其中一个自变量有多个水平，而同一研究对象在此变量的不同水平上进行了多次测量。例如，使用3种方法治疗病人，观测病人的体温情况，收集病人在不同时间点的体温值。
注意： 这里的双因素重复测量方差分析仅针对1个主体内、1个主体间的设计。对于2个主体内的设计暂不涉及。
进行双因素重复测量方差分析时，需要满足的假设条件有正态性、方差齐性、球形假设。
下面模拟一项研究，评估两种治疗方法对患者收缩压的影响，选取30名患者，随机分为两组，施加两种不同的治疗方法，测量患者4个时间点的收缩压，分别是治疗前的收缩压（T0）、治疗后3个月（T1）、治疗后6个月（T2）及治疗后12个月（T3）。数据见表2.6。
表2.6 不同治疗方法的患者收缩压变化情况（部分）
（1）打开GraphPad Prism软件，如图2.57所示，在CREATE下选择Grouped选项。
（2）选择Data table下的Enter or import data into a new table单选按钮，再选择Options下的Enter 15 replicate values in side-by-side subcolumns单选按钮。
（3）单击Create按钮，完成分析文件的创建。
将原始数据录入GraphPad Prism，如图2.58所示。
图2.57 创建分析文件
图2.58 数据录入
（1）单击工具栏中的
按钮，弹出的对话框如图2.59（a）所示。选择Grouped analyses下的Two-way ANOVA（or mixed model）选项，默认勾选A、B两列数据，单击OK按钮弹出新的对话框。
□ 在Model选项卡中，如图2.59（b）所示，选择Each row represents a different time point, so matched values are stacked into a subcolumn复选框表示每行代表不同的时间点，其他保持默认。
□ 切换至Repeated Measures选项卡，如图2.59（c）所示，选择Repeated measures ANOVA（based on GLM）选项表示进行重复测量方差分析，其他保持默认。
□ 切换至Multiple Comparisons选项卡，如图2.59（d）所示，在What kind of comparison?下拉列表框中常用的选择有：不需多重比较、比较行均数、在每一列内进行行的两两比较、在每一行内进行列的两两比较。本例中选择Compare each cell mean with the other cell mean in that row，即在每一行内比较列效应。
□ 切换至Options选项卡，如图2.59（e）所示，勾选Graph confidence intervals复选框，表示绘制差值的置信区间图，其他保持默认，最后单击OK按钮。
图2.59 分析参数设置
（2）结果如图2.60所示，时间的主效应 F =53.25， P ＜0.001，存在显著性差异。组别的主效应 F =29.97， P ＜0.001，存在显著性差异。时间与组别的交互效应 F =2.516， P =0.064，不存在显著性差异。
图2.60 方差分析主要结果
多重比较结果如图2.61所示，给出了在每个测量时间点上两种治疗方法的比较。在T0时间点上，两种方法之间差异无统计学意义， P =0.990；在T1～T3时间点上，两种方法之间差异具有统计学意义， P 值均＜0.05。除此之外也罗列了两组差值及其置信区间。
图2.61 多重比较结果1
另一个方向上的多重比较如图2.62所示。罗列了各组4个时间点的两两比较。实现方法见配书视频。
图2.62 多重比较结果2
（1）单击图2.58导航栏Graphs下的New Graph，弹出的对话框如图2.63（a）所示，Table选项选择data，表示针对data数据进行绘图，Show选项选择Grouped，选择Summary data选项卡下的第1个图形，其他保持默认，单击OK按钮，生成柱状图草图，如图2.63（b）所示。
图2.63 绘制柱状图草图
（2） x 轴保持默认。在草图的 y 轴任意一处双击，即可弹出 y 轴的设置对话框，如图2.64（a）所示。
□ 取消勾选Automatically determine the range and interval复选框，进行手动设置。
□ Minimum选项设置为100，Maximum选项设置为200。
□ Major ticks选项设置为20。
□ Starting at Y选项设置为100。
□ 其他选项保持默认即可，单击OK按钮。关于坐标轴的详细设置，参见1.4节。
（3）单击工具栏中的
按钮，弹出的对话框如图2.64（b）所示。Shape选项设置为Square，表示图框为正方形，Width（Length of X axis）设置
x
轴宽为8，Height（Length of Y axis）设置
y
轴高为8。Frame style选项设置为Plain Frame，即四边框，单击OK按钮。
（4）在草图中双击行为干预的柱状图，弹出的对话框如图2.65（a）所示。
□ 在Bars and boxes系列选项中，在Fill选项中设置柱状图填充色为浅绿色，在Border选项中设置柱状图边框粗细为1/4pt，在Border color选项中设置柱状图边框颜色为黑色。
□ 在Symbols系列选项中，在Color选项中设置散点图颜色为灰色，在Shape选项中设置散点图形状为倒三角形，在Size选项中设置散点图大小为2。
□ 在Error bars系列选项中，在Color选项中设置误差线的颜色为黑色，在Style选项中设置误差线的类型为T型，在Dir选项中设置误差线的方向为Above即上方，在Thickness选项中设置误差线的粗细为1pt。
□ 其他保持默认，单击OK按钮。
药物干预的柱状图设置方法与此相同，如图2.65（b）所示，不再重复罗列。
图2.64 设置 y 轴和图的边框
图2.65 设置柱状图
（5）单击 x 轴名称后，再次单击即可在文本框内修改其名称。y轴名称、图的名称、图例名称修改方法与此相同。
（6）单击工具栏中的
按钮，自动添加显著性标记。双击出现的显著性标记，弹出的对话框如图2.66所示，在其中可以对显著性标记的字体、颜色、图示进行个性化定制，详见2.1.3节，此处保持默认。
（7）通过鼠标将图例、显著性标记移动至草图内的合适位置，最终图形如图2.67（a）所示。除了柱状图以外，还可以选择绘制其他类型的图形，如图2.67（b）～（j），限于篇幅，无法将其步骤一一罗列，详见配书视频。
图2.66 显著性标记
图2.67 美化后的效果