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配对 t 检验适用于配对设计。配对设计有两种：首先是自身配对，即同一对象接受两种处理，如同一标本同时用两种方法检验，或同一患者先后接受两种治疗方法；其次是异体配对，即将条件相近的实验对象配对，并分别给予两种处理。
在进行配对资料的 t 检验时，需要注意配对 t 检验的适用条件：
□ 配对样本之间具有一定的相关性；
□ 配对样本的差值来自正态分布或近似正态分布。
注意： 如果这些适用条件不成立，则需要考虑使用其他统计方法，如非参数秩和检验等方法。
下面以对实行“斯蒂尔曼饮食”方案前后的16名受试者进行甘油三酯水平变化研究为例，介绍配对 t 检验的应用。收集的变量有两个，分别是Before、After，代表饮食干预前、饮食干预后的甘油三酯值，数据见表2.2。本案例改编自SPSS官网数据。
表2.2 受试者饮食干预前后甘油三酯值（部分）
（1）打开GraphPad Prism软件，如图2.14所示，在CREATE下选择Column选项。
图2.14 创建分析文件
（2）选择Data table下的Enter or import data into a new table单选按钮，再选择Options下的Enter paired or repeated measures data-each subject on a separate row单选按钮。
（3）单击Create按钮，完成分析文件的创建。
将原始数据分别输入Group A和Group B列，差值d输入Group C列，并将它们重新命名为Before、After和d。将数据表重命名为data，如图2.15所示。
图2.15 配对 t 检验数据录入
（1）进行正态性检验。配对 t 检验的前提条件要求差值d满足正态性，具体检验步骤如图2.16（a）所示，与2.1节的正态性检验方法相同。检验结果如图2.16（b）所示，4种正态性检验方法均表明数据符合正态。
图2.16 正态性检验结果
（2）进行配对
t
检验。单击工具栏中的
按钮，弹出的对话框如图2.17（a）所示，选择Column analyses下的t tests（and nonparametric tests），勾选A、B两列数据，单击OK按钮。
弹出的对话框如图2.17（b）所示，选中Experimental design下的Paired单选按钮即配对设计。由于本案例数据服从正态分布，所以在Assume Gaussian distribution中选中Yes, Use parametric test单选按钮，即参数检验。在Choose test中选中Paired t test（differences between paired values are consistent）单选按钮，即配对 t 检验。然后切换至Options选项卡，勾选Graphing options下的Graph Ci of mean of differences（Estimation Plot）复选框。
图2.17 配对 t 检验参数设置
如果正态性检验没有通过，则对于配对设计需要采用非参数检验中的Wilcoxon检验法，在Assume Gaussian distribution中选中No, Use nonparametric test单选按钮，如图2.18所示。秩和检验的结果建议绘制箱线图或小提琴图。
（3）结果解释：本例配对 t 检验的结果如图2.19（b）所示。
如图2.19（a）所示，当 t = 5.963， P ＜0.0001时，差异具有显著性意义，差值及其95%置信区间分别为-26.31及（-35.72～-16.91），说明饮食干预后，甘油三酯水平显著低于干预前水平，采用“斯蒂尔曼饮食”可以有效降低甘油三酯。
此外，GraphPad Prism通过计算皮尔森相关系数（ r ）和相应的 P 值来检验配对的效率。 r 越接近于1说明配对效率越高； r 越接近0说明配对效率越低。在本例中， r = 0.794， P = 0.0001，表明本研究采用的配对设计效率较高。
图2.18 配对设计非参数Wilcoxon检验
图2.19 配对 t 检验结果
（1）单击图2.15导航栏Graphs下的New Graph，弹出的对话框如图2.20（a）所示，Table选项选择data，Show选项选择Column，选择Individual values选项卡下的第3个图形，Plot下设置Symbols & lines，单击OK按钮生成连线图草图，如图2.20（b）所示。
图2.20 绘制连线图草图
（2） x 轴、 y 轴均保持默认，不进行修改。若要修改，请参考2.1节。
（3）在草图中，双击图形内Before的散点，弹出的对话框如图2.21（a）所示。
□ 在Symbols系列选项中，在Color选项中设置散点的颜色为深红色，在Shape选项中设置散点的形状为实心圆，在Size选项中设置散点大小为3。
□ 在Lines系列选项中，在Color选项中设置连接线的颜色为灰色，在Thickness选项中设置连接线的粗细为1/2pt，在Style选项中设置连接线的类型为线段，在Pattern选项中设置连接线形式为直线。
草图中After的散点和连接线与d的散点和连接线的设置方法相同，如图2.21（b）和图2.21（c）所示，不再重复罗列。
图2.21 散点和连接线设置
（4）在草图中单击 x 轴的名称后再次单击即可修改 x 轴的名称。 y 轴的名称和图的名称修改方法与此相同，不再赘述。
（5）单击工具栏中的
按钮，自动添加显著性标记。双击图中出现的显著性标记，可进一步对显著性标记进行修饰，参见2.1.3节。最终的图形如图2.22（a）所示。
注意： 本案例也可绘制图2.22（b）~（f），详细步骤见配书视频。当然也可以按照2.1节的方法绘制箱式图、小提琴图等。
图2.22 美化后的图