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一般来说，流程优化的时机主要是考核周期结束时，因为此时更易发现和弥补问题，并且有足够的资料与数据来说明问题与解决问题。但有些时候，一些紧急问题的出现，也给流程优化提供了好的契机。
例如，在生产施工阶段，因为设计部门的一张设计图纸的变更，造成物流部门临时与采购部门进行协商，保证材料到位，并且通知生产单位暂停现阶段生产，将已经装配上的错误零件拆卸下来，等待新零件到位之后再生产，这就造成了窝工。从一线员工的角度看，衡量工人的绩效指标是生产产量，但是因为窝工，造成今天的产量为零；相比之下，设计人员修改一张图纸属于正常的工作范围，而衡量设计人员的绩效指标又没有包含控制设计变更的发生率的内容，因此两个部门的绩效管理就是脱节的。但是如果单独看待设计变更与生产窝工这两个结果，可能没有办法想到其中的内在联系，不过通过梳理工作流程，弄清楚其中的关系，就能明确事情发生的因果联系。
在对考核体系设计时进行讨论可以充分听取各部门意见，一旦确定下来，进行下年度绩效计划时就不必采用集中讨论的方式。
一般可以采用的方法是：人力资源部提前准备好历史数据，在设计部门考核时便于决策层参考；而个人考核则是被考核者与考核者进行一对一面谈，确认后提交。提交的方案经过人力资源部初步调整后提交决策层确定就可以公布执行了。
收集绩效数据关系到各个部门的切身利益，也是公司整体计划能否完成的重要保证。
一般可以采用如下方法：提高部门经理及员工对绩效数据收集及绩效管理系统运行的重视度；明确公司收集绩效数据的整体流程及流程中各部门职责，明确流程的相应负责人。
一个流程如何运作，涉及因何而做、由谁来做、如何去做、做完了传递给谁等问题，各个环节的不同安排都会对结果产生很大的影响。
在绩效管理过程中，各级管理者应从公司整体利益出发，尽量提高业务处理的效率，应该在上述四个方面（即因何而做、由谁来做、如何去做、做完了传递给谁）不断进行调整优化，在提升组织运行效率的同时，逐步优化公司管理流程和业务流程。
一方面，基于职能部门和业务部门的差异，可通过设置相应的部门系数来体现绩效差异之间的平衡。
另一方面，用部门的绩效来调整员工绩效的比例。当部门业绩优秀时，可适当提高部门内员工的考核得分；当部门业绩较差时，可适当降低部门内员工的考核得分。这样就可以使员工绩效与部门绩效基本保持一致。