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虽然自身免疫性胃炎的名称早在 1969 年即被提出，但长期以来，缺乏明确的诊断标准，主要根据内镜检查、病理组织、自身抗体、高胃泌素血症和低蛋白酶原血症等血清学结果综合判断。2023 年日本消化器内镜学会（JGES）“A型胃炎诊断标准构建研究组”发布了日本自身免疫性胃炎诊断标准 ［1］ 。其诊断标准要求如下：
确诊条件：（A）内镜和/或组织学表现，均符合自身免疫性胃炎要求；（B）胃自身抗体阳性［抗壁细胞抗体（PCA）和/或抗内因子抗体（IFA）］。同时满足条件（A）和（B）则确诊自身免疫性胃炎。早期阶段可仅满足组织学表现和胃自身抗体阳性。仅满足条件（A）或早期阶段仅满足组织学表现为疑诊自身免疫性胃炎。诊断标准对内镜下表现定义如下。主要表现（进展期）：以胃体、胃底为主的重度黏膜萎缩（均一的黏膜血管透见）；次要表现：胃体、胃底可见稠厚的固着黏液、残余的泌酸黏膜和增生性息肉。胃窦并非总是正常色调，斑状发红、条索状发红和轮廓征可供参考。在诊断时，主要表现是必需的。组织学表现则分为三个阶段：早期，进展活动期，进展终末期。抗壁细胞抗体在正常值上限 10 倍及以上为阳性。考虑到假阳性，这一标准未来可能有变化。
根据上述诊断标准，确诊自身免疫性胃炎需要同时满足以下两个条件：内镜和/或组织学表现为胃体、胃底为主的黏膜萎缩；抗壁细胞抗体（PCA）和/或抗内因子抗体（IFA）阳性。疑似病例则只需满足内镜和/或组织学表现为胃体、胃底为主的黏膜萎缩即可。血清胃泌素（gastrin）和胃蛋白酶原（PG）水平可用于诊断自身免疫性胃炎，但未被纳入该诊断标准，因为发布该标准团队认为二者不是特异性发现。虽然自身免疫性胃炎的临床数据还比较缺乏，上述标准还定义了早期自身免疫性胃炎的诊断标准，即组织学证实存在自身免疫性胃炎和胃自身抗体阳性。早期疑似自身免疫性胃炎则是内镜下没有萎缩的表现，只有早期的组织学表现，且缺乏胃自身抗体。