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自宋代起，手工业和商业的繁荣推动了城市文化和科技的发展，活字印刷术的发明对文化和医学产生了积极影响。政府通过设立机构、出版著作和修订医学文献等方式普及医学知识。元代广惠司的设立和阿拉伯医学的引入，标志着东西方医学交流的开始。这个时期对《伤寒论》的研究形成热潮，产生了多部相关著作，推动了《伤寒论》的理论化和系统化。此外，宋代开始重视“五运六气”学说，促进了中医理论的发展。
宋金元时期，医学管理与教育显著发展，政府建立了完整的医药卫生行政机构和医事制度法规。宋代尤为重视医学教育，将医学院校纳入国家官学系统，并设立校正医书局，集中学者对重要医籍进行整理和校勘，为中医文献的保存和传播作出重大贡献。同时，这一时期大型医学方书如《太平圣惠方》《圣济总录》《太平惠民和剂局方》等的编撰和出版，不仅数量众多且质量上乘，汇录历代名方，明确治病原则，为中医临床提供重要参考。此外，经典中医临床医学书籍如《洗冤录》《小儿药证直诀》《妇人大全良方》《铜人腧穴针灸图经》等相继问世，分别在法医学、儿科等领域取得显著成就。医学流派的产生与争鸣也是这一时期的特点，如“寒凉派”“攻邪派”“补土派”“滋阴派”等学派的形成，推动了中医药学的理论创新和实践发展。
庞安时，字安常，北宋医家，专研伤寒与温病，提出分治观点，强调体质在治疗中的重要性，对医学发展有显著影响。
朱肱，著名医学家，在伤寒学领域贡献卓越，著有《南阳活人书》，将“六病”与“六经”相结合，并绘制了经络图，深入探讨了伤寒学。
成无己，宋金医学家，首次全面注解《伤寒论》，重视脏腑辨证，对攻下法汤剂有深刻认识，为后世研究提供重要参考。
钱乙，北宋医家，尤擅儿科，被誉为“儿科之圣”，归纳小儿生理病理特点，建立五脏辨证体系，著有《小儿药证直诀》。
陈言，字无择，创立“三因学说”，区分百病病因，重视察脉辨证，提出诊脉方法，强调内因重要性，调心为上。
刘完素，金代医家，提出“六气皆能化火”学说，重视五运六气理论，创立“河间派”，对中医学发展有重要影响。
张从正，金元四大家之一，主张攻邪扶正，提出“攻邪论”，丰富中医病因病机理论，提供新思路和新方法。
李杲，金元四大家之一，对脾胃病有深刻理解，提出“内伤脾胃，百病由生”，是“脾胃学说”创始人，对中医理论和临床有重要指导。
朱丹溪，金元四大家之一，主张滋阴降火，平衡阴阳，创立丹溪学派，强调治疗原则，勤于著述。
危亦林，元代医学家，对祖传医术有浓厚兴趣，重视民间单方验方，编纂《世医得效方》，推动中医骨伤科发展。
《太平圣惠方》是北宋官修方书，耗时 14 年完成，共 100 卷，总结隋朝以前医学成就，是中国医药学史上首部病因、病理、证候学专著，为后世中医治疗提供重要参考。
《太平惠民和剂局方》是宋代官方编纂的中医方剂学巨著，收录众多著名方剂，广泛流传，对中药炮制技术和方剂学发展有重要作用。
《圣济总录》是北宋末年政府编纂的医学巨著，共 200 卷，收录约 20 000 首附方，分类清晰，理论结合各家学说，注重民间经验良方及医家秘方，疗效可靠，特别提及“食治门”对中医妇科学及食疗发展有重要参考价值。
《南阳活人书》是北宋伤寒学家朱肱的代表作，通过问答形式详尽阐释伤寒证治异同，创立六经辨证体系，促进仲景学说普及应用，为后世中医伤寒学发展奠定基础。
《伤寒明理论》由金代医家成无己所著，深入辨析《伤寒论》中 50 个主要证候，提高医者面对复杂病情判断准确性，为后世中医证候学发展奠定基础，深入探讨方剂配伍关系，是第一部专门剖析方剂制方理论的专著。
《小儿药证直诀》是我国现存最早的儿科专著，由北宋钱乙编撰，详细阐述小儿生理特点、病理表现及治疗方法，对中医儿科发展产生深远影响。
《三因极一病证方论》是南宋陈言所著，首次将病因明确划分为外因、内因和不内外因三大类，详细阐述病因与病证关系，对中医病因学、辨证施治方法及临床实践产生深远影响。
宋代医学家陈自明编著的《妇人大全良方》和《外科精要》，对中医妇科和外科发展起到关键推动作用。《妇人大全良方》是中国现存最早的妇产科专著之一，《外科精要》是中医学史上最早以“外科”命名的外科专著。
金代医家刘完素所著的《宣明论方》和《素问玄机原病式》，在中医理论与临床实践方面取得显著成就，《宣明论方》强调预防为主，《素问玄机原病式》发展亢害承制理论，提出六气化火及玄府气液学说，为中医理论发展作出重要贡献。
张从正的《儒门事亲》将中医理论与临床实践紧密结合，推崇刘完素学术思想，擅长运用汗法、吐法、下法治疗危急重症，为中医急诊学发展作出重要贡献。
元代李杲的《内外伤辨惑论》和《脾胃论》详细辨析内伤与外感差异，强调脾胃在疾病发生中的核心地位，创立培补脾胃治疗大法，为中医脾胃学说发展奠定基础。
朱丹溪的《格致余论》体现其医学理念，提出“阳常有余，阴常不足”学术观点，对中医阴阳学说进行重要创新，并强调食疗与保健的重要性。
危亦林的《世医得效方》汇集家族五代行医经验，结合历代著名方剂，内容广泛，涵盖中医各科疾病，特别是在骨伤科方面取得显著成就，代表金元时期中国骨伤科发展水平。