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现行《行政许可法》对行政许可采取两种分类：一种是实质上的，即以行政许可设定范围为标准进行分类（第12条），有论者按照其功能和作用上的区别，进一步提炼为资源配置类（第2项）、市场进入类（第3项、第5项）和危害控制类（第1项、第4项）行政许可。
另一种是形式上的，即以许可证形式为标准进行分类（第39条），包括证书证件、批文、证明文件、验讫标志等。各单行法根据这两种分类方法，对特定领域和事项设定相应的行政许可。依照目前的立法例，环境行政许可这一概念尚未构成一种立法表述，而是散见于不同的行政许可类型和单行法中。然而，一些研究似乎已将环境行政许可视为一个约定俗成的概念，作为各自的研究对象，且范围上并不一致。
不可否认，环境行政许可既然能在学理上构成一个相对独立的类型，必定显现出其得以存在的理由、价值和特性。于是，如何在庞杂的行政许可中划定环境行政许可的范围，成为本书在进入行政许可设定权纵向配置研究的伊始就需要优先解决的问题。当然，需要明确的是，本书秉持一种广义的“大环境观”，这一立场使得本书对涉及主旨的表述均以“环境”一词来限定，如环境法、环境立法、环境行政许可，而不是自然法、自然立法、自然行政许可，或者生态法、生态立法、生态行政许可。
行政许可的基本性质是一种行政管理手段，旨在对特定活动进行事前控制。在经济学上，它是一种规制措施；在法学上，它是一项法律制度，是行使国家公权力的体现。鉴于环境行政许可的复合性、针对性，有必要明确其在规制和法律制度中的定位。
经济性规制和社会性规制是规制理论中直接规制的基本类型。在规制经济学、制度经济学看来，行政许可是与应对经济活动中发生的外部性、提供公共性物品和准公共性物品有关的政策，属于社会性规制的范畴。根据日本著名产业经济学家植草益的观点，社会性规制的规制方式包括禁止特定行为和对营业活动进行限制（通过批准和许认可体现），并辅之以资格制度、检查鉴定制度、基准认证制度作为补充。
实际上，除禁止特定行为外的其他几项规制方式，在性质上皆为行政许可。因此可以说，社会性规制以行政许可作为其主要表现形式。而在社会性规制调整的传统领域中，安全、健康和环境都难以凭借市场自身机制解决失灵问题。尤其对于环境领域来说，随着人改造和影响自然的能力与日俱增，人与自然之间的矛盾特别是人的需求无限性与自然资源有限性之间的矛盾愈加突出。无论是生态环境还是自然资源，都不能忽略公共性和外部性兼具的客观事实，而且这些成本只能由国家承担。在这一背景下，环境规制应运而生。鉴于环境影响具有不可逆性，立法机关和行政机关要从维护公共利益的角度出发，对可能影响到自然资源和生态环境的特定行为在实施前设立批准程序，即“法无许可不可为”，以控制和减少人类活动造成的浪费和破坏。环境行政许可由此而来，也无疑成为社会性规制的高频手段。
回归法治视角，环境行政许可的设定依据集中在《行政许可法》第12条的前三项，即生态环境保护的事项、有限自然资源的配置以及资格资质的认定。需要指出的是，对环境行政许可的把握和认知，不能仅仅局限在行政行为这一微观层面，而是要将目光提升到政府职能乃至国家任务的高度，追寻环境宪法的规范脉络。2018年修宪使得环境宪法的规范体系进一步完善。
其基本取向是设定国家目标，也就是在宪法上通过客观法规范对国家权力课以不同义务。
在宪法条文中，第9条第2款和第26条第1款构成了自然资源和生态环境的国家保护义务，第89条第6项增加了国务院负责生态文明建设的职权。自此，环境保护正式成为与经济调节、市场监管、社会管理和公共服务同样重要的政府职能之一。同时，宪法相关法也赋予了地方人大在本行政区域内行使环境保护的相关职权。一方面是重大事项决定权，1995年修改的《地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》明确将“环境和资源保护”列入重大事项范畴；另一方面是立法权，2015年修改的《立法法》明确将环境保护（2023年修改为“生态文明建设”）纳入地方性事务范畴。这样，中央和地方都有权通过立法设定环境行政许可，履行对环境的国家保护义务。因此，环境行政许可不但是环境宪法的具体化，而且是实现环境保护国家任务的重要方式。
作为一种准入机制，行政许可在现代环境法中被广泛应用，是预防环境风险最主要的法律制度，
以至于成为污染控制法的“支柱”
——自20世纪70年代以来，环境行政许可成为世界范围内减少工业环境影响的基本工具之一，美国、德国、日本等国家和地区都通过立法将行政许可作为环境治理的重要手段。我国从20世纪80年代末在部分城市推行排污许可试点，开始了利用行政许可干预企业环境影响行为的进程，到如今业已形成了较为完整的环境行政许可制度体系。现行有效的30余部涉环境法律大多设定了不同形式的环境许可。而从理论脉络上看，我国学者早在20世纪80年代初就提出了许可对于环境治理的重要意义。
有论者总结，环境法体系建立在以许可为主要方式的规制上，其主要内容表现为公权力机关对人的环境容量利用和自然资源使用进行预防和干涉。
此外，从环境法的代际特征上看，环境行政许可诞生于第一代环境法（环境规制），体现出强烈的“命令—控制型”规制属性。当前，中外环境法都已进入被学者称为第二代乃至第三代环境法的更迭中。
作为干预程度最强的“命令—控制型”工具，
行政许可所代表的“命令—控制型”手段尽管在特定情形中不再是唯一或最优的环境规制方案，但依然发挥着不可替代的作用，甚至有观点将环境行政许可视为环境规制的核心
。
环境法中的环境是指人类的自然生存基础与空间。
根据《环境保护法》第2条的规定，环境是指影响人类生存和发展的各种自然因素的总体。环境保护是一项基本国策，意味着国家对自然环境与人文社会环境等各类环境要素都负有保护义务。为环境概念和环境保护赋予法律效力，有利于将其与其他公共任务区别开来，确立环境保护任务的特殊地位。同时要看到，一个统筹“山水林田湖草沙”“上管天下管地，中间管空气”的环境概念和与之相对应的环保事权范围仍然十分广泛和分散。考虑到行政许可是由承担不同公共任务的国家机关设定并实施的，究竟哪些许可属于环境行政许可，必须围绕国家保护环境的任务和职责进行分类讨论。此外，与本书宏旨关联更密切的是，环境行政许可分类的精细化和科学性，将有助于提升环境许可设定权、环境立法权乃至环境事权央地配置的精细化和科学性。
有关环境行政许可的分类，目前主要存在三种划分标准。第一类是以我国环境法“污染防治法—环境保全法—循环型社会法”
的时间脉络为依据，将环境行政许可细分为污染防治许可、自然资源保护许可、特殊区域环境保护许可、动物福利许可、城市景观美化许可、物质循环管理许可、能源许可、环保资格资质八类。
但此种方法仍然比较粗糙，不能囊括环保事权的全部，部分类型之间存在交叉重叠，而且不知其所指，无法明确这样划分的目的和作用。类型化的工作一旦徒有其表，以至于分类本身成为目的，就失去了其存在的意义和价值。
第二类是参照政府职能分工进行区分，将环境行政许可分别细化为生态环境许可、自然资源许可、水利许可、农业类环境许可、安全生产类环境许可、市容环境卫生许可等。该方法考虑了环境领域部门立法的现实，能够将法律法规设定的环境行政许可回溯到草案的起草部门，进而以部门职责为标准实现类型化。不过，这种方法在具体操作上仍然存在问题。理由是，市场内部、社会内部存在千丝万缕的联系，部门职能的交叉在客观上无法避免。当环保主管部门以外的其他部门起草法律法规时，其拟设行政许可的初衷主要是优先实现公共安全或市场秩序，而非环境保护。但在一些情况下，环境保护却成为这些行政许可的条件。例如，“报废机动车回收资质”是《报废机动车回收管理办法》设定的一项许可。《报废机动车回收管理办法》由商务部起草，旨在对报废机动车回收这一特殊流通行业进行监督管理，但其中明确要求取得报废机动车回收资质，应当具有符合环保要求的场地、设备、设施和操作规范。这就为从学理上界定该许可是否为环境行政许可制造了困难。
第三类是以许可的功能和作用为标准，将行政许可类型化为危害控制类、资源配置类、市场进入类。
每一种类型都对应着具体的环境行政许可事项。但是，这种分类真的契合环境行政许可吗？鉴于环境行政许可的特殊性与一般行政许可分类的抽象性之间的张力，本书持保留态度。具体来说，一是市场进入类环境许可的定性问题。一方面，环境行政许可主要作用于社会性规制。在经济性规制和社会性规制中，许可都占有一席之地。但环境领域的行政许可，主要规制的目的是保护自然界的生态环境，而不是人类社会的营商环境，甚至在某种程度上与市场规律逆向而行。这就意味着，设定机关在设定环境行政许可时，可能不会把对市场主体营业自由或经营自主权的限制作为考虑因素，至少不是优先、首要考虑的因素。因此，法规范在环境领域设定的市场进入类许可，从严格意义上讲，有可能被排除在社会性规制之外。另一方面，如果认为市场进入类环境许可属于社会性规制，也就相当于承认了它们的目的，最终可归结为控制危害或配置资源，于是更失去了独立存在的必要，难逃被并入另两种许可的命运。二是危害控制类许可的范围问题。按照该思路，危害控制类许可的设定目的是预防和控制具有社会危害性的活动。
然而，并不是所有环境破坏行为都是以产生社会危害为代价的。公害和污染行为，将直接影响城镇居民和村民的生活质量及生命健康，无疑是具有社会危害性的；但破坏生态的行为，一般会造成生态系统退化、生物多样性锐减、外来生物体入侵、生物技术失控的结果，很难说对人类社会产生了直接的、可量化的危害。综上，现有的三种标准都存在不可回避的局限性。
本书延续“危害控制—资源配置—市场进入”三分法的思路，仍然以设定的目的（功能、意义）为标准，结合环境法的特点，提出“公害污染防治—自然资源配置—生态系统保护”的三分法思路。为什么以这三者来搭建环境行政许可的类型？原因在于，公害污染防治、自然资源配置、生态系统保护不仅可以覆盖全部环境国家任务，而且相互之间呈现较为清晰的界线，无疑是环境行政许可分类的优先选择。以下分述三分法的思路和逻辑。
首先是环境与资源的二分。环境与资源的关系，经历了从“自然一体”到“法律分离”的过程。其实在工业革命到来之前，环境与资源是不分家的，两者统一于自然，与人类社会相对应，处于循环和平衡的状态。工业革命之后，自然资源有限性与人类需求无限性的矛盾开始加剧，循环和平衡的状态被打破。于是，一些经济效益明显、数量质量稀缺、利用竞争激烈的自然物质进入立法者视野，获得单独调整和保护。在“无资源者无价值”的理念下，另外一些暂不具有利用价值的自然物质被冠以“环境”之名，定位为工业生产的排污之所。当环境的自净能力已不足以消化工业生产排放的污染物时，这些不具有利用价值的自然物质，终于成为立法规制的对象。以对“环境”污染防治为核心的环境保护法，与以对“资源”开发利用为核心的自然资源法之分立，由此形成。
其次是环境与生态的二分。提到环境，人们会自然而然地联想到生态；也会继续联想到与这些语词相关的短语搭配：自然环境、自然生态、生态环境、环境生态。不过，二者在含义上究竟有没有区别，有怎样的区别，至少在环境法理论上，鲜见透彻的分析。有学者甚至批评，没有一个包含环境法价值与目的、贯穿环境法学始终的根本性概念，是环境法学基础理论构建中的最大问题。
此外，在一些环境学、生态学教材中，也出现混用的情况。环境与生态，都被明文规定在《环境保护法》等一系列环境法中。既然都是法定表述，便都具有了规范意义，产生了法律效力。只有明辨它们的含义，而且是明辨法律上的含义，才能清楚地划定本书的研究对象，这也是在导论部分专门界定基本概念的最终目标。
环境是环境学的核心概念。在环境科学中，环境是指以人为主体的外部世界的总体，即以人为中心的、影响人类生存的客观事物整体。
同样，生态构成了生态学的核心概念。德国动物学家恩斯特·海克尔（Ernst Haeckel）对生态学的定义是：研究生物与周围所有有机或无机环境之间相互关系的科学。
从定义上可以看出，环境侧重于受人类活动影响的自然对人类社会的反作用，生态则侧重于产生于人类社会的人类活动对自然的作用，即“有人环境，无人生态”。换言之，环境侧重于强调服务于人的各种因素，持一种“人类中心主义”的立场；生态强调摒弃人对自然施加的外部影响后自然的状态，持一种“生态中心主义”的立场。
此外，从环境法的发生学上看，污染防治是传统意义上环境保护法的核心，时至今日，环境保护的狭义概念仍然是指污染防治。我国的《民法典》《环境保护法》亦将污染与生态破坏并立。
至此，“公害污染防治—自然资源配置—生态系统保护”三分法形成了。那么，这种分类是否能够覆盖全部环境事项呢？在环境法的研究范围内，除了这三者以外，还有循环经济法、能源法、应对气候变化法等领域。本书认为，环境法的其他研究领域，或者不存在行政许可，或者已有的行政许可要么属于经济型规制，要么能够融入上述三种类型中。例如，应对气候变化领域尚无行政许可；循环经济领域的“京都议定书清洁发展机制合作项目审批”（《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》附件目录第5项）以及能源领域的“固定资产投资项目节能评估和审查”（《节约能源法》第15条）可分别归入公害污染防治和自然资源配置类型中。
“公害污染防治—自然资源配置—生态系统保护”的分类，受到了实定法的支撑。1979年《环境保护法》颁布以来，我国基本形成了覆盖大气、水、土壤、自然生态、核安全等主要环境要素的法律法规体系。
以要素保护为重心和主线，法规范进一步将环境保护任务分解为污染防治、自然资源保护和生态保护等子系统，并将各个子系统分为不同的环境要素加以立法保护。
与此同时，《民法典》第509条第3款规定：“当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。”这恰好形成了环境行政许可的三种类型。
当然，三分法的划分标准作为一个新事物，自诞生伊始就面临种种拷问。在许多反对声音中，较为“洪亮”的有两个：一个是“自然资源配置”究竟是否落入环境法的研究范围？另一个是为何没有对照乃至顺应环境法典的编排体例来分类？本书分别予以回应。
一直以来，把自然资源及其配置视为私法研究范围的主张，受到了民法和经济法学界的积极回应，在环境法学界也不乏拥趸。持这种观点的学者着重强调自然资源的经济性和财产性，也就是将自然资源视为私法上的物，将全民所有自然资源所有权的行使主体——各级行政机关视为民事主体，将自然资源的配置和处分视为民事关系。然而，应当指出的是，自然资源国家所有权在公法研究中亦是具有一席之地的，宪法学和行政法学围绕“公物”这一核心概念，形成了一套相对独立的教义
，并且随着自然资源国家所有权公权属性的增强，得到了包括环境法研究在内的认可
。本书认为，产生这种倾向的原因是，人类对于自然资源主要矛盾的认知和立场，已经实现了从“人类中心主义”到“生态中心主义”的转变。在“人类中心主义”下，自然资源的经济性和财产性得到充分彰显；而在“生态中心主义下”，自然资源的公共性和安全性愈加突出，甚至成为影响国家安全乃至全球秩序的重要因素。对此，吕忠梅指出：“人类大规模的自然资源开发利用活动在整体上改变着地球生物化学结构，导致人类共有生态系统自然价值严重透支，生态环境逼近人类生存环境极限，对社会秩序与政权稳定造成了极大的威胁。”
强调自然资源国家所有权的公法属性和自然资源配置的公权属性，目的是证明：自然资源配置的重点（包括设定自然资源配置类许可的重点）不仅在于确权，更在于通过国家垄断的形式引导社会与市场形成“寸土寸金”的资源节约意识，落实自然资源的国家保护义务，也就是从“自然资源配置”升华到“自然资源保护”的高度。因此，至少在环境行政许可领域，自然资源配置型许可更适宜纳入环境法中。此外，实践也证明，采取环境法与资源法分立的方式，加剧了二者在立法宗旨、原则、制度之间的不协调、不衔接问题。
2021年年底，环境法典专家建议稿发布。
专家建议稿将分则分为污染防治、自然生态保护、自然资源开发利用中的环境保护、能源节约与资源综合利用、循环经济与废弃物综合利用、应对气候变化六编，为接下来环境法典的起草和编纂提供了借鉴和参考。
从实证角度看，如果按照专家建议稿的分类，有些领域的行政许可寥寥无几，如在能源节约与资源综合利用领域，只有《节约能源法》第15条设定的“节能审查”和《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》附件目录第5项设定的“京都议定书清洁发展机制合作项目审批”；在循环经济与废弃物综合利用领域，只有《废弃电器电子产品回收处理管理条例》第6条设定的“废弃电器电子产品处理企业资格许可”；在应对气候变化领域，只有《消耗臭氧层物质管理条例》第17条设定的“从事含消耗臭氧层物质（含氢氯氟烃）的经营活动单位备案”。这些领域环境行政许可的数量较少，主要是因为并非所有的环境法子领域都要依靠许可乃至“命令—控制型”手段实现治理目标。而在这种情况下，将上述三个领域的环境行政许可作为独立的类型予以列出，显然是缺乏科学性的，令人难以接受。
那么，将这三个领域的环境行政许可纳入既有的三分法方案中，是否能在学理上获得支持呢？从理论角度看，能源节约与资源综合利用、应对气候变化主要指向的是温室气体排放。早在21世纪初，美国联邦最高法院便在马萨诸塞州诉环保署一案中，
将温室气体解释为《清洁空气法》中的“空气污染物”。环保署此后颁布了多项联邦行政法规，
将温室气体认定为“碳污染”（carbon pollution），与空气污染物一视同仁地进行规制，开创了通过大气污染防治法调控温室气体排放的新思路。
我国2018年修正的《大气污染防治法》在第2条第2款首次提出“大气污染物和温室气体实施协同控制”，也将温室气体纳入大气污染防治“麾下”。可见，从宏观上看，认定“温室气体视同大气污染物”，从而将温室气体全部或者部分纳入污染防治法体系进行监管，已经成为某种共识。
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