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作为军队或武装力量的军事指挥机关，总参谋部在世界上最早出现于普鲁士。普鲁士军队于1785年开始设立参谋部，负责为统帅传令联络、搜集情报，到1806年发展为独立的作战参谋机构。19世纪下半叶至20世纪初，奥匈帝国、法国、俄国、日本、美国和英国等先后建立起总参谋部或类似的机构。在第一次和第二次世界大战中，各国的总参谋部先后发展成为军事领导指挥的中枢。现在，世界上大多数国家设有总参谋部或类似的机构，基本职能大体相同，但名称、隶属关系与性质不完全一样。比如苏联的武装部队总参谋部，是最高统帅通过国防部长对武装力量实施指挥的中枢环节；美国的参谋长联席会议，是总统、国防部长的军事顾问和作战指挥机构；英国的国防参谋部，是首相、国防大臣的军事咨询机构和对军队实施指挥的机构；法国的参谋长委员会，则是国防部长领导下的军事咨询机构，战时在总统领导下实施作战指挥；日本在防卫省下设统合幕僚监部，也即总参谋部。
1911年4月，清朝政府设立了类似总参谋部的军咨府。1946年，国民政府军队设立了参谋本部，由参谋总长负责领导。