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海洋交通运输业是粤港澳大湾区海洋经济发展的重要支撑，实现融合发展可以提高运输效率和降低运输成本，带动港口、物流、航运等相关产业升级和技术创新，进一步促进区域经济的发展，加强大湾区各个城市之间的合作与协同，形成优势互补的发展局面，提升大湾区在全球海洋交通运输业的地位和竞争力。
粤港澳大湾区拥有两种制度、三个关税区，这增加了粤港澳大湾区海洋交通运输业融合发展的难度。因此，建立跨区域协调管理机制，并加强各市政府的衔接工作，进行政府间的交流显得格外重要。上级组织对各地方政府规划落实情况进行监督和考察，是保证各方资源得到有效整合的前提，保障粤港澳大湾区“9＋2”城市群海洋交通运输业能够快速融合发展。
为避免港口之间的恶性竞争，有关部门之间需要进行协调联动，针对每个城市的港口的优势特色和不足进行战略定位，找到粤港澳大湾区整体发展目标与地方发展战略相平衡的港口功能定位，减少规划建设过程中的阻力。同时从全局出发，强调各港口之间错位发展、功能协同，避免重复建设浪费经济资源。有了明确的发展定位，各地方政府才能更加有针对性地出台相应的发展规划；同时各个监督管理机构也需要监督落实港口建设按规划进行，避免落实不到位，或者地方政府为了实现短期利益而牺牲整体长远利益。
利用先行示范区的优势，积极开展创新项目试点。各地海关等相关机构有组织有计划地全面深化业务改革，比如在保障安全的基础上加快通关效率，优化报关放行全流程，促进制度创新、模式创新以及实现一站式报关通行的业务流程。加强数字化、信息化以及大数据系统开发应用，让企业减少不必要的运输成本，有效提升有关部门的服务能力和监管能力。项目在小范围试点成功，具备可复制的特点后，还可以逐步应用于其他区域，但是也不能完全生搬硬套，需要根据不同地区海洋交通运输业发展的功能规划因地制宜，减少同质化竞争。
推动港口大宗货物集疏运体系向水路和铁路转移，减少公路集疏运的比例，降低运输成本和减少环境污染。持续推进水水中转的组合港建设，不断完善湾区港口群的水路运输网络，大力支持企业参与大湾区组合港项目，推动组合港之间的转运驳船运输班轮化。同时兼顾内支线中小码头建设，完善驳船泊位等配套设施。构建海铁联运—内陆港运输体系，减轻公路集疏运对城市交通的负面影响。积极推进大湾区港口城市与更多腹地城市的合作，与相关铁路部门协商为海铁联运争取更多的优惠政策，提高海铁联运的吸引力。
通过港口资源整合完善合理的利益分配机制，使得港口之间的利益联系更加紧密，形成港口群命运共同体。完善港口之间的航运要素共享机制，提高信息、人力和技术等要素利用率。同时采取一系列的措施调动产业主体积极性，激励航运企业参与到大湾区航运业融合发展当中来。
在政府引导下，结合市场化手段，对区域内的港口企业进行资产重组，实现港口资源整合。打破过去“一城一港”相互割裂的发展模式，整合区域内（甚至可以跨区域）自然资源和经营资源。例如，宁波—舟山港集团、江苏省港口集团，就是采取了政府引导和市场辅助的方式实现了区域内资源整合，并且取得了不错的成效。在平等协商的基础上，确定合理的运价，规定各方合作利益分配比例，达成联盟协议签订合约。同时通过市场协调，鼓励各港口之间合资控股，将各港口的利益绑定在一起。
完善航运要素共享机制，包括共享港口运营信息、基础设施、岸线资源和人才资源。共享港口运营信息，将湾区内港口资源、港口运营情况、出港船舶信息、货物信息进行实时共享，最终实现依托大数据精准建立智能化港口。加强港口之间的人力资源共享，提高人员利用效率，缓解相关专业人才短缺的问题。促进港口之间的技术共享，比如先进港口运营管理经验、物流信息技术等，提高港口整体的技术水平和作业效率。
为了吸引更多产业主体参与到海洋交通运输业发展中来，需要切实帮助企业降本增效，提高航运企业的运输效率。政府可以出台相关政策，鼓励海洋交通运输业发展，比如税收优惠、财政补贴、贷款支持等。另外，有关部门也可以适当简化审批流程，提高办事效率，降低企业制度性交易成本。不断完善港口、航道等相关的基础设施建设，提高航运业的运输效率和服务质量。维护公平竞争的市场环境，为航运产业主体提供良好的发展空间。
粤港澳大湾区发展高端航运服务业势在必行，然而现实中存在专业人才培养水平不高，对高层次专业型人才的引进力度不足等问题。粤港澳大湾区要实现航运服务业全产业链建设，必须培育一批高素质人才和龙头企业，形成航运服务业的知识、信息、人力资源等要素的集聚地。
人力资源是重要的生产要素，特别是在建设知识型服务业时尤为重要。培养海运服务业相关的高素质人才不是一朝一夕的事情，需要长期的信息、知识积累以及成本的投入。应以各类研究机构为依托，与高等院校共同推进相关人才的培养。加强专业人才队伍建设，形成良好的航运业发展环境和氛围，提供必要的就业保障措施，引导青年人树立服务海运、建设海运的意识。加强内地城市与香港高端航运服务业的人才交流，充分发挥香港在高端航运服务业的发展优势，辐射和带动内地城市建设高质量航运服务业。
利用粤港澳大湾区良好的营商环境，吸引和促进要素市场的建设。打造粤港澳大湾区国际航运金融、航运保险、海事事务服务体系，开展国际航运结算、支付、融资等业务。鼓励设立航运金融租赁公司等，大力引进航运专业银行，方便国际航运公司结算、融资等，开拓融资渠道降低融资成本。打造布局合理、功能互补、产业聚集程度高、辐射带动能力强的航运要素功能集聚区。
“双碳”目标背景下，海洋交通运输业朝着绿色低碳方向发展是大势所趋，粤港澳大湾区可以通过大力推广清洁能源和深化生态环境保护工作，加快海洋交通运输业绿色转型升级。另外，发展智慧港口群是航运业与新兴技术相结合的重要载体，是提高全要素生产率和提升航运服务质量的有效手段。
在港区大力推广使用清洁能源。鼓励港区和船舶使用清洁能源，制定相关财政激励、税收优惠或补贴政策。在港区建设太阳能发电系统、风力发电系统等可再生能源设施，利用港区的空间和资源发展清洁电力，减少对传统化石燃料的依赖。同时在港区建设普及电动汽车充电桩和液化天然气（LNG）加注设备，鼓励使用电力或LNG作为能源。深化港口污染防治工作。各地制定船舶水污染物接收转运及处置设施建设方案，细化和规范港区和船舶污水处理的全流程；联合各地相关主管部门开展联合检查执法和集中整治行动。
第一，加强信息化基础设施建设。在港口投资建设先进的通信网络、卫星导航系统和数据中心，确保高效地收集、传输和处理航运和港口信息。第二，推广智能化技术应用。采用5G、物联网、大数据、人工智能和区块链等新兴技术，实现船舶智能化航行、货物智能化管理和港口智能化运营。第三，加强国际合作与交流。积极参与国际海洋交通运输领域的合作与交流，分享和学习先进港口管理经验和技术。第四，积极推动建立统一的行业标准和规范。制定粤港澳大湾区海洋交通运输业智能化发展的相关标准和规范，确保各类智能化设备和系统相互识别以及数据安全。