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李世民“性刚烈”，与建成、元吉积怨既深，玄武门之变后，必欲斩草除根。因此建成五子、元吉五子皆株连被杀，并绝其属籍，即取消其宗室身份。
秦府诸将迎合李世民的仇恨心理，主张把李建成和李元吉左右一百多僚属全部杀掉，抄没其家。李世民大概也有此意。只有尉迟敬德坚决反对。他认为，罪过在建成、元吉二人身上，现在他们都已被杀，如果再株连其余党，涉及面很大，可能会有很多人起而反抗，这是造成祸乱的根源，不是求安之计。《资治通鉴》记载敬德的态度，用了“固争”二字，说明李世民也倾向于诸将的意见，否则敬德就不必“固争”了。年轻气盛的世民一旦大权在握，真想把为建成、元吉卖命的党徒杀个干净，一来消除后患，二来也出一出心中的怨气。他知道，在几年来和太子的明争暗斗中，就是这些人天天给太子、齐王出主意，几乎把自己送入死地。
天子的英明不在于事事精通，而在于一点即破，能从纷纭众说中迅速决定去取，择善而从。尉迟敬德虽为武将，又亲身参与了玄武门血战，但其头脑非常冷静。他点出“求安”两个字，对太宗无异于敲了警钟。一场宫廷政变刚刚结束，稳定应是每一个新的执政者坚持的最高原则。乱，只能导致自己的根基不稳。非常时期可以乱中夺权，而一旦权力到手，必须迅速稳定局势。帝王也是有血有肉有感情的人，但处理政事不能以感情代替理智，小不忍则乱大谋。为政者忌过于用情。因此，他立刻否定了尽诛建成、元吉左右余党的动议。借皇帝李渊的名义，诏赦天下：“凶逆之罪，止于建成、元吉，自余党与，一无所问。”
一道赦令，避免了一百多人倒身血泊，也避免了可能由此引起的不测。这实在是一个安慰人心和稳定局势的明智之举。建成、元吉虽死，但其余党不少，社会上存在着严重隐患。武德九年（626）六月四日以后，直接参与玄武门之战的东宫、齐府将士不少逃亡隐匿，不少原东宫、齐府僚属也纷纷流窜各地；京城里尚有不少建成、元吉旧党，地方上也有不少支持建成、元吉的力量。李世民杀掉了建成、元吉，掌握了生杀予夺大权，那些支持和倾向于太子的宰相大臣也不能不心存畏惧。事变刚刚结束，他们都在观望形势，考虑自己的去就。这些人过去是敌对势力，如果现在采取高压政策，必然加强他们的敌对情绪。如果他们联合起来，就会形成新的威胁，局面就难以收拾。
稳定是事变后的最高原则，这一点还不能仅仅着眼于国内的局势。唐初，北方的突厥一直对中原地区的新兴政权虎视眈眈，伺机进犯。八月初一，正当朝廷忙于处理事变后的善后事宜，紧锣密鼓地为新天子登基作安排时，一直在北部地区和唐军交战的突厥突然遣使前来求和。几天后突厥进犯距长安仅七十里的高陵，可知所谓求和，实际是借机窥探唐朝廷的动静。八月初八，李渊传位给世民。八月二十八日，突厥颉利可汗便亲自率军进至渭水便桥之北。突厥之所以敢举全国之众而来，直抵长安近郊，是因为国内刚发生玄武门之变，新天子刚刚即位，他们以为唐朝一定不敢与之对抗。大敌当前，如果不能妥善处理玄武门之变后的遗留问题，特别是建成、元吉的余党问题，造成内乱，必然会给突厥创造可乘之机。
要消除建成、元吉余党的敌对情绪，争取敌对势力的倒戈，清除一切隐患，避免社会震荡，仅仅一道赦令还不足于安定人心，鼓舞情绪。玄武门之变以后，李世民采取了一系列稳妥和积极的措施以稳定局势。其中最重要的有下述几项。
首先，赦免玄武门之变中参与血战的东宫、齐王府将士。
玄武门事变中，建成的部将冯立听到建成被杀的消息，说：“哪里有主人活着时享受其恩惠，而主人遭难却远远逃避呢？我不能忘恩负义。”可见他是不惜以生命为代价来报答建成的死党。因此他与谢叔方、薛万彻率宫府兵猛攻玄武门。血战中，他们杀死了支持秦王的敬君弘、吕世衡。薛万彻鼓噪着要杀向秦王府，曾使秦王将士胆战心惊。他们在事变后都逃匿，不知所在。这些欠着秦王将士血债的人本来是最难得到宽恕的，同时也是最容易铤而走险、孤注一掷的，但都在朝廷赦免之列，他们看到赦令后纷纷出来自首。冯立、谢叔方自动归顺。薛万彻藏在终南山，心存疑虑，太宗多次派人向他讲明政策和态度，最后也回到长安。李世民知道这些人都重然诺，讲义气，应该攻心为上。因此，见到他们，总是首先严厉斥责其助太子为“恶”之罪，把兄弟相残的责任归结为他们的挑拨离间。等到他们表示认罪，便转怒为喜，又褒扬他们忠于主子的义士行为，原谅他们过去的行为。最后对他们任以新的官职，使他们心服口服，感恩戴德，乐于效命。冯立就感激地说：“遭蒙不杀之恩，侥幸免于死罪，此生此世，一定以死报答。”
当时，建成、元吉之党散亡民间，虽然朝廷屡下赦令，仍不自安。不久又发生了李瑗之乱。李瑗为幽州大都督，是李建成安插在地方上的一个死党，建成死后他在幽州举兵作乱被杀。地方上人们纷纷告发和捕捉与建成、李瑗有牵连的人，以邀功请赏。太宗接受了王珪的建议，下令：“六月四日以前事连东宫及齐王，十七日前连李瑗者，并不得相告言，违者反坐。”坚决制止此类事件发生。
其次，捐弃前嫌，任用东宫旧僚。
魏征原来在东宫任太子洗马，这是侍奉太子并为东宫掌管经史图籍的官职。武德年间，他多次劝建成采取果断措施，及早除掉秦王，以绝后患。他为建成巩固太子地位费尽心机，因此最为秦王痛恨。玄武门事变后，东宫余党纷纷逃亡，魏征端然不动。太宗召见魏征，正颜厉色地责问：“那时你为什么离间我们兄弟？”左右官员都替魏征捏一把汗。魏征却举止自若，说：“先太子如果听从我的话，一定不会遭到这场杀身之祸。”言外之意，建成若采纳了我的建议，你秦王不会有今天。魏征坦然承认事实、不委曲求全的姿态，使太宗感到很意外。魏征的话也提醒太宗，他确实是一个不同寻常的人。
太宗平时就对魏征的才干深加赞佩，此时立刻收敛了满面怒容，含笑相对，请魏征入座，任命他为太子詹事主簿，这是太子詹事府掌文书、印检纸笔之事的官职。这件事表明，太宗不仅能接受那些迫于威势请罪认罪的人，而且对于那些有才干的人，哪怕桀骜不驯，也不愿失之交臂。数年后，太宗忆及此事，还说：“过去魏征确是我的仇人，但他尽心于所辅助的人，有很值得称赏的品格。”这表现了他对魏征效力于建成的谅解，当然也是在鼓励魏征和其他大臣，都能尽心效力于自己。
王珪、韦挺都是建成的亲信。当建成为唐王世子时，王珪被引为世子府谘议参军。建成立为太子，王珪被封为太子中舍人，不久又转为太子中允，很受建成敬重。韦挺任太子左卫率。武德七年（624）六月，他们都做了建成的替罪羊，被流贬嶲州（今四川西南部、凉山彝族自治州北部）。这件事跟杨文干起兵有关。杨文干曾任东宫卫士，与建成关系亲密。后出任庆州都督。这年六月，李渊到宜君县仁智宫避暑，命建成留守长安，由世民和元吉随往。建成便命元吉伺机除掉世民，并派尔朱焕、桥公山送盔甲给杨文干，使杨文干增援元吉，与太子里应外合。但尔朱焕、桥公山发觉了太子的阴谋，害怕株连到自己，到仁智宫告发了李建成。李渊召建成赴仁智宫，加以囚禁，又派宇文颖召杨文干。宇文颖是建成之党，他把实情透露给了杨文干，杨文干举兵反叛。李渊派李世民率兵平息了这场叛乱。有史学家认为，由于这件事，李渊曾一度想另立秦王为太子。但事后他听从了元吉、众妃嫔和大臣封德彝的话，改变了主意。仍派建成回京城居守，只是责备他兄弟失和，却归罪于东宫官属王珪、韦挺和秦王府的杜淹，将他们一起流放于嶲州。这次谋害秦王的事件，王珪和韦挺显然都参与了策划。但王珪是“贞谅有器识”的人，太宗“素知其才”。事变后，他们皆被召回朝廷，都被任为谏议大夫。
后来，魏征、王珪都成为唐太宗的得力大臣，对开创贞观盛世的局面发挥了重要作用。
第三，镇抚河北、山东。
从全国局势看，最令李世民放心不下的是河北和山东。这是最容易受朝廷政局影响引起骚乱的敏感地区。隋末唐初，这一带是斗争尖锐之地，是亡隋和李唐反复较量的地方，也是太子和秦王党争的一个热点地区。
当时，河北和山东是泛称，不是行政区划，只是人们的地理观念。所谓河北大致指今北京、河北、辽宁南部和河南、山东古黄河以北地区。山东大致指太行山以东今河南、山东古黄河以南地区。但有时唐人也用山东来泛指包括河北地区在内的区域。这里主要是指通常所说的黄河下游中原地区。这一带自古以来农业经济发达，因而是皇业的根基，朝廷的命脉。“得中原者得天下”，从政治意义上说，任何一个王朝想巩固政权，首先就应该控制中原地区。
隋末，在隋炀帝的残暴统治下，这一带又是遭受赋役剥削最沉重的地区。因此，社会矛盾十分尖锐，人民群众反压迫反剥削的斗争精神特别强烈，这里成为隋末农民大起义的发源地。隋大业七年（611），王薄在长白山（今山东邹平南）首先发动起义，一曲《无向辽东浪死歌》点燃了全国各地武装暴动的烽火。这里大大小小的农民武装力量后来汇聚成李密、翟让为首的瓦岗军和以窦建德为首的河北义军。腐朽的隋王朝在农民起义的烈火中被埋葬。新兴的唐王朝同样面临着河北、山东地区人民的坚决反抗。李世民镇压了窦建德后，窦建德的残部在刘黑闼的率领下又死灰复燃，在唐军沉重打击下，两起两落。人民的反抗使统治者恨之入骨，史书上记载，李渊曾命令李建成把山东十五岁以上的男子全部杀掉，把小孩妇女迁入关中地区。说明新兴的唐政权与这个地区人民的矛盾是多么尖锐。
所谓“山东豪杰”也是唐统治者一向保持警惕的势力。按照陈寅恪先生的研究，“‘山东豪杰’者乃一胡汉杂糅，善战斗，务农业，而有组织之集团，常为当时政治上敌对两方争取之对象”。求其家世，可能是北魏镇兵之后裔。隋末唐初，这些人往往成为各大武装集团首领，如刘黑闼、刘武周、宋金刚、苑君璋等。这些人在唐初都遭到唐军的严厉镇压，残余势力潜伏下去，但其反唐情绪并没有消除。建成、元吉被杀的消息传到幽州，王利涉劝李瑗谋反，他替李瑗分析这里的形势时就说：“山东地区，人们一开始跟从窦建德造反，酋豪首领，都在窦建德手下做过官，现在全都被废除，成了普通百姓。这些人一直在寻机作乱，就好像是旱苗盼望春雨一样。”这话或许有些夸张，但此地潜伏的反抗力量确实不可忽视。
这一带也是隋残余势力潜伏和活动之所。河北、山东地区的政治经济中心是东都洛阳。洛阳曾是隋王朝的最后一个据点。炀帝被杀，东都留守官便奉越王杨侗为帝，改元皇泰。第二年，东都守将王世充篡守帝位，国号为郑，改元开明，与新兴的唐朝东西对峙达三年多。这一地区南连江汉，北接突厥，隋亡，其残余势力亡奔突厥者不少。他们当然希望有朝一日卷土重来。
河北、山东也是太子李建成地方上党羽力量集中的地区。这一带人性豪犷，重义轻生，凝聚力强。建成和世民都注重在地方上培植势力，都认识到河北、山东重要的地理位置，“山东豪杰”是可以利用的力量，他们便精心在这里安插党羽，争取人心。魏征动员李建成出征刘黑闼之乱，就劝他“结纳山东豪杰”。李世民多次在这一带打仗，总是采取严厉镇压的手段对付反抗者。建成却接受魏征的建议，把俘虏全部放回，以收人望，果然“百姓欣悦”。在这一地区，李建成比李世民有更高的威望。幽州大都督李瑗是李建成的党羽。玄武门之变后，建成、元吉旧党纷纷逃往河北以避祸。
李世民知道河北、山东局势不稳，但也知道大乱初平，河北、山东也有人心思治的倾向，因此他采取了“镇”和“抚”相结合的措施维护政权。
玄武门事变后没几天，李世民就派屈突通为陕东道行台左仆射，出镇洛阳。这是举足轻重的一步棋。
行台即行台尚书省，是承魏晋以来的行尚书台而来的临时地方行政机构。唐初，“诸道有事则置行台尚书省，无事则罢之。”陕东道行台尚书省治在洛阳，李世民为陕东道大行台尚书令（地区最高长官），所以陕东道大行台官员原本皆是李世民亲信。李世民就是凭借陕东道大行台控扼东都，对付李建成在地方上的势力，应付河北、山东事变。在此之前，李世民早已引温大雅为陕东道大行台工部尚书，现在世民考虑到大雅为文儒之士，不足以镇服人心，于是派威名远扬的老将屈突通驰镇洛阳。隋时，屈突通就以秉性刚毅、智勇兼备而为人忌惮，战功显赫。隋亡降唐，随李世民平东都，在这场唐统一全国过程中最大规模的战争中，他功列第一。他曾两度出任陕东道行台仆射，熟悉东都形势。李世民诛太子建成，为了避免河北、山东生事，派屈突通镇洛阳，正是造成一种威慑力量。李世民冷静地在洛阳按下这枚棋子，实在是很关键的一步，对稳定河北、山东局势起到了良好的作用。第二年，屈突通死，太宗痛惜久之，赠尚书右仆射，谥号为“忠”。后来又下诏在凌烟阁画上屈突通的画像，使之成为唐初二十四功臣之一，与房玄龄一起配享太宗庙庭。
太宗意识到，河北、山东地域辽阔，情况复杂，派屈突通出镇，只是消极防守的办法。要认真落实朝廷各项政令，稳定人心，争取支持，还必须有积极的措施。选派魏征安抚河北，是太宗解决河北、山东问题的又一重要部署。
魏征是巨鹿郡下曲阳县人，早年孤贫，性格豪爽，志向高远。不营产业，曾出家为道士。喜读书，阅览广泛。隋朝末年，他见天下渐乱，特别留意纵横之说。所谓“纵横之说”，即研究以智谋辅助人主，凭口辩游说诸侯的学问。他曾在李密的军队中，向李密出谋献策，但不为所用。李密败，他随李密降唐，很长一段时间不为人所赏识，便自请安辑山东，被任为秘书丞，出使至黎阳。这里李密旧将李世勣（后避讳改为李勣）拥有重兵，魏征说服他归附了唐朝。窦建德攻陷黎阳，魏征被俘，窦建德任他为起居舍人。窦建德被李世民擒获，魏征回到长安，受到太子李建成的赏识，引为太子洗马。在太子与秦王的争斗中，他曾为太子出过不少力。他劝建成结纳山东豪杰，说明他对河北、山东局势有清醒的了解。他本人又是河北人，与这一带的各种势力有着密切联系。太宗派他出使，表明太宗不计前嫌、捐弃旧怨了。这对河北、山东人士会起到特殊的安慰人心的作用，这也正是太宗派魏征去的深意所在。因此，玄武门事变后，即武德九年（626）八月，太宗就封魏征为巨鹿县男，提拔为谏议大夫，派他出使河北，做安抚工作，并允许他遇事可根据实际情况自行处理，不必请示。魏征是刚从建成旧党中争取过来的人，太宗这样大胆使用，体现了用人不疑的原则。
魏征深感太宗的知遇之恩，他没有辜负太宗对他的倚重。当他到达磁州时，遇到地方上将前东宫千牛（太子东宫的侍卫武官）李志安、齐王府护军李思行逮捕，解送京师。这两人大概都是玄武门事变后从长安逃出来的，成了地方上邀功请赏的资本。看到披枷戴锁的“二李”，魏征向副使李桐客说：“我们奉命出京时，朝廷已有诏命，东宫、齐府的僚属都被赦免，不加治罪。现在又把李思行等人作为罪犯押送京城，今后大家都会怀疑朝廷的信用，担心个人的下场。那么，我们出使安抚也就失去效用了。那些与东宫、齐府有牵连的人一定不再相信朝廷的诚意。这就是‘差之毫厘，失之千里’。只因为李思行这一件事，就把朝廷的政策破坏了。况且，既然符合国家的利益，就应该敢想敢做。我们不能只考虑自己的安危，而破坏国家的大计。现在如果释放李思行等人，不给他们加任何罪名，那么远近的人都能为朝廷的信义所感动。自古以来，朝廷官员奉命出使，离开京都后，只要有利于国家，就可以自做决断。何况这次出使，朝廷允许我们根据实际情况自行处理，不用请示。主上重用我们，我们就应该负起应负的责任来报答主上。”于是魏征以朝廷名义释放了李思行等人。他认为太宗应该能够理解他的作为。因为这样做，贯彻了太宗的安抚政策，体现了朝廷的宽大态度，有利于消除太子和齐王余党的敌对情绪和疑虑，并为太宗树立起“信义”大旗，赢得山东豪杰的归心。
果然，太宗闻奏，十分高兴。
魏征的宣慰，宣传贯彻了太宗宽大处理建成和齐王余党的政策和原则，妥善处理了各种关系，使河北、山东局势迅速平稳下来。