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史学家也注意到，太宗是一位非常自觉的帝王，深切关心他留给后世的形象。为了证明继承皇位的合法性，也为了提高自己的历史形象，他极力干预和影响了历史的记载。根据历史学家的细心研究，新、旧《唐书》和《资治通鉴》中有关李唐建国的历史、建成和世民争夺皇位的斗争以及玄武门事件的过程，都是取材于当时史官们编撰的国史和依据国史改编成的《高祖实录》《太宗实录》（以下称两《实录》）。贞观初监修国史的大臣是房玄龄，改编成两《实录》的也是他。而国史和两《实录》都被房玄龄等人做过某种程度的篡改，新、旧《唐书》和《资治通鉴》的作者采用了他们的史料。《资治通鉴》的作者司马光也曾注意到史料有作伪之嫌，但他又别无所据，所以只能在必要时略做提示，以引起读者的注意。
贞观十五年（641），褚遂良任谏议大夫，又负责记《起居注》——《起居注》是帝王的言行录，是修史的重要根据，史官据以编修国史。太宗问褚遂良：“你近来负责《起居注》，都记载什么呢？《起居注》的记录能让皇帝本人看吗？我很想看一看《起居注》的内容，希望能回顾过去的行为得失，警诫自己，避免重犯过去的错误。”褚遂良告诉太宗：“现在的《起居注》，就是古代的左史、右史，是用来记载皇帝的言行的，无论好的、坏的都要记录下来。只希望皇帝不做非法之事，没有听说皇帝亲自看史官的记录。”太宗最担心的是自己的不良行为被记下来，又问：“我如果说了错话，或做了错事，你一定记下来吗？”褚遂良说：“做官就要谨守职责，我的职责就是把您的言行都记下来，怎么能不尽职尽责呢，不能不记。”这话大概使太宗有点不能接受，黄门侍郎刘洎在旁，提醒太宗：“做皇上的有了过失，就好像日月有日食、月食，天下的人都看到了，即便遂良不记，天下人都会记下的。”这话减轻了太宗对遂良的责怒，缓和了当时的气氛。褚遂良真是一位直臣，他信守古代良史的原则，没有迎合太宗所好，虽然这很容易冒犯龙颜，但他在所不惜。正是因为他的正直，太宗临死时，把辅助儿子的重任交给了他和长孙无忌。但也正因为他的正直，最终触犯了高宗和武后，被贬官，并死于贬所。
但太宗并未甘心，他干预史官记载的努力在房玄龄那里得到了实现。贞观十七年（643），太宗向监修国史的宰相房玄龄说：“我每读前代史书，觉得有些惩恶扬善的内容很值得后人鉴戒。我不理解自古以来，为什么不让帝王亲自读当代国史？”房玄龄的回答和褚遂良是一样的，他说：“有关帝王的言行，无论好坏，国史都是一定要记的，目的是希望当皇帝的不做违法的事情。只是担心所记的内容有时会引起皇帝的不满，所以不能让皇帝亲见。”太宗一面替自己想看国史的动机寻找借口，一面又以命令的语气让房玄龄把国史送上审阅，他说：“我的用意与古人不同，现在想亲自读一读国史，如果有记下的好的言行，还无所谓；如果有不好的，想作为今后的鉴戒，能自我改正。你可以收集材料，编好送给我。”房玄龄等人没有像褚遂良那样坚持原则拒绝给太宗看，遵旨删略国史为编年体，撰《高祖实录》二十卷、《太宗实录》二十卷，附表呈上太宗。原来房玄龄和当时修国史的官员并没有秉笔直书，有很多为太宗避讳的话。太宗读到有关玄武门事件的记载，感到避讳的话太多，吞吞吐吐，遮遮掩掩，令人生疑心处很多，就告诉房玄龄说：“过去周公为安定周室而杀管叔、蔡叔，季友为了鲁国安宁派人用毒酒鸩死叔牙，都是兄弟相杀。我杀建成、元吉，性质与此类似，目的是维护社稷的安定和百姓的利益。史官记载这件事，哪里用得着隐讳呢？应该立即删除夸饰的言辞，直书其事。”看来，玄武门之变已过十多年，贞观君臣关于这一段是非尚没有统一口径。太宗责备史官隐讳虚饰，要求直书其事，是要求对玄武门事件的具体过程如实来写，没有必要遮盖。但他对这一事件作了定性的指示，确定了宣传和记录的基调，那就是把自己的夺权行为说成是“安社稷，利万民”。接下来的工作就是由史官们依据这一原则把建成、世民争夺皇位的斗争历史重写一遍，强调杀建成、元吉的正义性。魏征认为，国史应该成为具有借鉴意义的历史教材，让将来的继位者从中受到惩恶扬善的教育。按照这一要求，就需要把那一段夺权斗争的善恶双方区别出来，当然应该突出太宗的善的、正义的一面，这跟太宗的宗旨是一样的。因此，根据太宗和魏征确定的这一指导思想，史官们修改后的国史，关于玄武门之变的具体过程应当是比较真实的。但为了强调太宗杀建成、元吉的正义性，关于这场事变发生的长期背景都需要大加删改，若非如此便无法改变事变的性质，不能突出太宗定下的主题。
为了说明杀兄逼父的正义性，就必须贬低高祖和建成、元吉，抬高太宗。为了达到这一目的，史官们究竟都做了哪些手脚，我们现在已不能完全弄清事情的真相，因为事情的真相已被精心地掩盖了。但历史学家敏锐的眼光总是能透过历史的迷雾，捕捉到一些蛛丝马迹。因此，关于李唐建立的过程、建成兄弟争夺皇位的长期斗争以及玄武门之变的发生，史书上的记载受到后来史学家的质疑。
关于谁是晋阳起兵的主要决策者和发起人。李唐肇基太原，首功是晋阳起兵，新、旧《唐书》和《资治通鉴》都据两《实录》和国史记载，李渊本无起兵的念头，是经李世民一再苦劝才下定决心的。李世民已暗中做了大量的组织策划工作，才鼓动李渊起事。为了迫使李渊起兵，李世民甚至和裴寂密谋，以晋阳宫人陪侍李渊，造成李渊的死罪，使他不得不听从世民和裴寂的意见而起兵，但他依然犹豫不决，行动迟缓。后来在李世民、裴寂、刘文静等人一再动员下才决计起兵。这些记载给人以李渊怯懦的印象。其中有意贬低了李渊在兴兵建唐过程中的重要作用和智谋才略，从而把晋阳首谋之功过多地归于太宗，而抹杀李渊为唐朝创立者的地位。关于晋阳起兵的过程，最原始的材料是温大雅的《大唐创业起居注》，根据这本书的记载，李渊早有反隋之心，他运筹帷幄，老谋深算，是晋阳起兵的主要决策人，年轻的李世民和裴寂、刘文静等人只能说有预谋之功。
很多史书还多处记载了李渊在关键时刻总是无可奈何，决策经常发生失误，李世民总是大智大勇，裨补时阙，弥纶左右，才使局面改观，甚至化险为夷。这种记载有的也是出于史官们那支“妙笔”。《资治通鉴》记载，李渊誓师太原，率军直指长安。大军沿汾水向西南挺进。隋将宋老生率精兵两万拒守要冲霍邑，屈突通率重兵屯驻河东，与宋老生相呼应。时又阴雨连绵，唐军粮草不济。李渊召集将佐商讨对策，裴寂等人担心久攻霍邑不下，背后刘武周勾结突厥，进攻唐军后方太原，因此建议北返太原，以后寻机再举。李世民却分析形势，鞭辟入里，认为应当继续进军，义无反顾。李建成附和了世民的意见。但李渊不听，催促大军回师太原。李世民想再入帐劝谏高祖，时天色已晚，李渊已经就寝。世民不得入，在外放声大哭，哭声传入帐中，李渊召问，李世民说道：“现在大军已举起义旗，进军长安，前进就能获胜，后退就会溃散。兵士在道路上溃散，敌人又将从背后追来，死期已经不远了，怎么能不悲伤呢？”这时李渊才明白利害，但他说：“部队已经出发，怎么办？”李世民说：“右军正整装待命，尚未出发；左军虽已出发，还没走远，请让我亲自追回他们。”李渊笑着说：“我们的胜败都取决于你，一切都按你的意旨行事。”世民与建成连夜追回左军。接下来便与宋老生大战霍邑，取得出师以来的第一次大捷。霍邑之战在建唐史上意义重大。根据这段记载，是李世民哭帐扭转了局面，使李渊避免了半途而废。但《大唐创业起居注》的记载却与此不同。实际上的情况是，李渊召集文武官员和建成、世民一起谋划，有人提出回师太原，李渊征求建成和世民的意见，兄弟二人分析利害，共同的意见是继续进兵。李渊听了他们的分析，立刻采纳了他们的建议，说明李渊本来也是倾向于进军的。原来并没有所谓“大军已还、世民哭帐、追回左军”的情节。史书妄增这一情节，又进行有声有色的渲染，无非是把历史最紧要关头的最重大决策归功于世民一人，从而贬低李渊的能力，又抹杀了建成之功。司马光也注意到《太宗实录》“尽以为太宗之策，无建成名，盖没之耳”。但他的记载还是受到两《实录》的影响。《大唐创业起居注》中记载李渊骂建议退军的人是“懦夫之徒，几败乃公事”。后来的史书中径指名为裴寂。这是因为裴寂一向倾向于建成因而为太宗所恨，所以把错误推给他，使他成了挨骂的人。实际上根据李渊平日对裴寂的敬重，即便裴寂出此谋，李渊也不会当场如此斥骂他。在《大唐创业起居注》中只说“议者”，并未指名道姓，出此策者未必就是裴寂。
史书中往往将李渊、李世民放在一起来写，以处事的不同态度处处显示太宗高于高祖。唐军攻克长安，李靖被俘，由于李渊与李靖素有隔阂，李渊入城后要斩李靖，李靖大声呼喊：“您兴起义兵，目的是为天下除暴乱，难道是因私怨而杀壮士吗？”李世民坚决替李靖求情，李渊才放掉李靖。于是世民引李靖入自己的幕府。《旧唐书·李靖传》中专门记载了这件事，用李渊因私怨杀人衬托太宗的爱惜人才。刘黑闼第二次起兵反唐，李渊盛怒之下，命太子建成把山东地区十五岁以上的男子全部坑杀，把妇女儿童全部驱赶到关中。李世民切谏以为不可，李渊才放弃了这一政策。这是以李渊的残暴来衬托李世民的仁义，但这件事的真实程度也受到史学家的怀疑。
史书中也有为太宗遮掩错误的描写，例如关于高墌之役的记载。武德元年（618）五月，高祖称帝，六月，薛举入侵泾州，游兵进至豳州、岐州。李世民率八总管兵西上抗击，双方对垒于高墌（今陕西长武县北）。敌人利在速战，李世民深沟高垒作疲兵之计。据说李世民患了疟疾，把指挥权交给了刘文静和殷开山，并告诫他们慎勿出战。殷、刘二人轻敌，违背了世民的命令，布阵于高墌西南，又不设防备，结果受到薛举的包抄，双方战于浅水原，唐军全线溃败，士卒战死百分之五六十，大将军慕容罗睺、李安远、刘弘基等战死，李世民领败军回长安，薛举拔高墌城，收唐兵尸体筑成京观（古时为炫耀战功，垒集敌尸封土而成的高冢，称为京观），京师为之震动。这是建唐史上一次惨重的失败。事后归罪于刘文静、殷开山，二人受到除名的处分，李世民却没有责任。实际上，李世民为元帅，虽然患病，仍在军中，攻守大计，他不可能不与闻。殷、刘也不可能冒死违背其决策。因此我们认为关于这件事的处理和记载，都有为李世民遮掩错误之嫌。
史书对李世民当为天子作了不少渲染。据说，晋阳起兵以前，刘文静见到李世民，就看出他不同寻常，与李世民结交，并对裴寂说：“这不是一个平凡的人，豁达大度，类似汉高祖；神明英武，同于魏武帝。虽然年轻，却是名高一世的人才。”李密是自视甚高不轻易服人的人，但对李世民却倾心佩服。武德元年（618）十一月，李世民讨平薛举父子班师，高祖派李密到豳州迎接。李密自恃智略功名，见到高祖李渊，还常常表现出骄傲的神色，及至见到世民，不觉吃惊佩服，私下对秦府将领殷开山说：“真是一位英明的主上，不是这样英明的人，怎么能平定祸乱呢？”平东都时，李世民和房玄龄曾微服拜访过道士王远知，远知出来迎接，说：“你们两人中有圣人，是秦王吗？”世民告诉他，自己就是秦王，王远知说：“您很快就会做太平天子，希望您多珍重。”这些记载都意在说明，李世民做皇帝是有天命的，因此从他的气质和神色便可断定，甚至可一眼看出。
史书上还记载高祖李渊多次表示立世民为太子，甚至早在晋阳起兵前，李渊就对李世民说：“如果事情成功，那么天下都是由于你的努力得到的，就立你为太子。”攻克长安后，李渊为唐王，将佐都请求立世民为世子，李渊也打算立世民为世子，是李世民自己坚决推辞，才立了建成为世子。后来世民功名日盛，李渊常有心以世民取代建成。武德七年（624），发生杨文干事件，李渊派世民率军征讨，告诉李世民说：“文干的事与建成有牵连，恐怕响应的人不少，必须由你亲自出征。等你得胜回来时，就立你为太子。我不能像隋文帝那样杀死自己的儿子，把建成封为蜀王。蜀地的兵士脆弱，战斗力不强，将来他能拥戴你，你应该保全他的生命；他不拥护你，你收拾他也容易。”李渊有废立之心，与封德彝商议这件事，封德彝表示反对，才使李渊又改变了主意。后来李世民还说：“武德六年（623）以后，太上皇想废建成，而立我为太子。那时我不为兄弟所容，实在有功高不赏反为人所害的恐惧。”我们在前文已经分析过，李渊以建成为太子的意图其实不曾动摇。史书上的这些记载大都是出于李世民及其史臣们的有意虚构和过分渲染，目的在于强调李渊有“废立之心”，说明由李世民继承皇位本来就是高祖李渊的既定方针。这是为建成、元吉定罪的基础。如此，发动玄武门之变，诛杀建成、元吉，就不是李世民夺位之举，而是维护高祖的既定方针，建成、元吉“谋反”的罪名也才能成立。
史书中也处处以建成、元吉和李世民做对比，突出建成、元吉的无德、无能、无功。建成嗜酒好色，畋猎无度，既不预太原之谋，又无大功。元吉残忍好杀，喜鹰犬，好畋猎，贪色好淫，每战必败。在功业方面，建成、元吉的确无法与李世民比较，但过分贬低二人的才能，抹杀他们在建唐过程中的贡献也不符合历史的实际。建成稳重敦厚，元吉勇猛过人，都不是等闲之辈。但他们在政治斗争中失败了，他们的历史画像是由他们的对手涂抹的，脸上不免多了几道黑墨。
据说建成和元吉还多次谋杀和陷害世民。武德七年（624），李渊在长安城南射猎，太子、秦王和齐王随从。建成有一匹胡马，肥壮剽悍，喜欢尥蹶子。建成故意鼓动世民试骑这匹马，意在颠翻世民，致其伤残。世民骑着这匹马追赶一只鹿，马突然尥起蹶子，把李世民掀起来，但世民敏捷地跃起，挺身落地，站在好几步远的地方。当马又起步奔跑时，他飞身骑到马的背上。那匹马不死心，又反复几次想把世民摔下来，李世民则三落三起，仍然骑在马的身上。李世民识破了建成的诡计，回头告诉宇文士及说：“他想用这种方法害我，死生是命中注定的，他又能把我怎么样呢？”建成听说了世民的话，就煽动妃嫔们在李渊跟前说秦王的坏话，她们歪曲世民的话，说：“秦王说自己有天命，将要做皇帝，岂能轻易被摔死。”李渊大怒，召见建成兄弟三人，责备李世民道：“天子自有天命，非是凭智力求得的，你想当天子，怎么这样着急呀！”李世民摘掉帽子，叩头于地，请李渊把这事交司法官审查，李渊仍怒气难消。正在这时，有官员通报，突厥入寇。想到对付突厥还非得世民不可，李渊才转怒为喜，慰劳勉励世民，与世民共同谋划抗击突厥事宜，并命世民出征应敌。据说李渊常常这样，一面压抑排斥世民，一面又离不开世民。李元吉曾告世民部将张亮谋反，交司法官审判，企图迫使张亮承认犯罪事实，进而牵连世民。但张亮宁死也不招供，使元吉的这一阴谋最终破产。建成还曾夜召世民饮酒，酒中下了毒。世民喝过酒后，心口剧痛，吐血数升，是淮安王李神通把他扶回了西宫，救治及时，世民没有被毒死。
这些都出于贞观史臣的手笔，是不能充分信据的。甚至在玄武门之变前夕，李建成和李元吉密谋，利用元吉出征饯行谋杀秦王，并在军中坑杀秦府诸将的密计，究竟有多少可信的成分，我们也没有把握。
李世民是建唐的功臣和智略过人的军事家，这是应该承认的。太宗与史臣们又歪曲史实，虚构了上述种种故事，拔高世民而贬低李渊、建成和元吉，无非是证明李世民杀建成而夺皇位，取李渊而代之，未及李渊晏驾便继位为皇帝是合理合法的。特别是建成、元吉步步进逼，谋杀世民，更说明李世民发动玄武门之变是被逼不过的，而建成、元吉之死则是咎由自取、罪有应得。李世民杀死建成、元吉，即位为帝，使大唐避免了祸乱，起到了定社稷、安黎元的作用，是正义的。