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前文已经对涉股权激励民事案件是否属于劳动争议的认定标准作出了原则性的分析，但是这种分析是建立在纠纷事项单纯化或者单一化基础之上的，实践中，当事人向法院提起的纠纷往往要复杂得多。最常见的是，当事人在同一个案件中提起的诉请，既有直接基于劳动关系发生的争议，比如就解除劳动合同、拖欠加班工资发生的争议，又有基于股权激励发生的纠纷，比如就股权激励标的物给付发生的纠纷，此时应做何种处理？对此，有观点认为，这两类诉讼请求是分别基于劳动合同与股权激励协议所产生的，体现的基础法律关系、适用的法律规定均不同，应当分别予以处理，而不宜合并审理。笔者则认为，鉴于劳动争议的审理必须先经过劳动仲裁前置，首先要确定基于股权激励发生的纠纷是否属于劳动争议，如果不属于，则无法合并处理，只能择其一类审之，并告知当事人就其他的诉讼请求可以另行仲裁或者诉讼；如果股权激励纠纷也属于劳动争议，则从司法现状以及有利于查清事实、解决纠纷、减少当事人诉累的角度考量，应当合并审理。
实践中，激励主体和激励对象通过劳动合同、股权激励合同或股权激励计划等明确基于劳动关系实施的股权激励，本质上，可以将股权激励作为劳动关系的内容。这属于同一个劳动关系项下的劳动争议，即使不是基于同一个具体的法律关系或者法律事实而产生的，人民法院也可能在同一个案件中进行合并处理。比如在同一个劳动争议案件，可能既有因未订立书面劳动合同产生的纠纷，又有因违反竞业限制协议产生的纠纷，还有因劳动合同解除产生的纠纷、因拖欠加班工资产生的纠纷，另有因履行股权激励协议产生的纠纷，虽然这些具体的纠纷并不是基于同一法律事实或者同一个具体的法律关系而产生，但是它们都是基于同一个大的劳动关系而发生的纠纷，基于查清事实、解决纠纷、减少当事人诉累的考量，人民法院会在同一个案件中一并进行处理。
实践中，如果劳动关系的建立和股权激励的实施并不同步，形式上也是各自分别基于劳动合同和股权激励合同或激励计划，且在相关法律文书的内容上也没有紧密的关联，那么基于上文的分析，即使二者分属不同的法律关系，但是由于股权激励关系是基于激励对象与激励主体之间的劳动关系，若在二者履行过程中发生争议，可以基于关联合同，由劳动争议吸收股权激励争议，予以合并处理。《最高人民法院公报》案例“朱俊芳与山西嘉和泰房地产开发有限公司商品房买卖合同纠纷案”中，最高人民法院更是开创性地将房屋所有人和出借人之间的《借款协议》和《商品房买卖合同》定性为“并立而又联系的两个合同”予以合并处理。
从劳动争议处理的实践来看，以劳务派遣为例，尽管劳务派遣三方主体之间，被派遣劳动者与劳务派遣单位存在一重劳动关系，但是并非只有这一个法律关系，被派遣劳动者与用工单位之间基于实际用工又形成相应的法律关系。《劳动争议调解仲裁法》第22条第2款明确规定：“劳务派遣单位或者用工单位与劳动者发生劳动争议的，劳务派遣单位和用工单位为共同当事人。”诚然，在部分劳务派遣争议中，劳务派遣单位与用工单位可能存在共同侵犯劳动者权益需要承担连带责任的情形，但是在此之外，还存在大量的仅劳务派遣单位或者用工单位一方与劳动者发生争议的情形。依照上述法律规定，在与劳务派遣有关的劳动争议中，不论劳动者是与劳务派遣单位发生劳动争议，还是与用工单位发生劳动争议，乃至与两者分别发生劳动争议，即使两种争议之间并不牵连，都应当在同一个案件中进行审理和裁判。这样处理，既便于查清案件事实，也便于劳动者仲裁和诉讼，且节省了仲裁和诉讼资源，缩短了纠纷解决的周期。
劳动合同与股权激励关系的关联性非常鲜明。其一，根据财政部、国家税务总局《关于个人股票期权所得征收个人所得税问题的通知》（财税〔2005〕35号）的规定，员工行权收益是因员工在企业的表现和业绩情况而取得的与任职、受雇有关的所得，应按“工资、薪金所得”适用的规定计算缴纳个人所得税；其二，股权激励以劳动关系为基础，并以维系、巩固和发展劳动关系为目的，具有功能上的关联性；其三，员工在劳动关系和投资关系双重关系下，所负担的主给付义务或者同一（零对价行权），或者大体一致（特定价格行权），均是由劳动关系所衍生。
因此，将劳动合同与股权激励等协议作为关联合同，在同一个案件中一并审理和裁判，符合司法实践的现状，缩短了纠纷解决的周期，既节省了诉讼资源，也节省了当事人的诉讼成本。
实践中，由于股权激励合同或计划的履行、解除发生争议的，除了股权激励的争议以外，还会因合同或计划中涉及劳动者权益相关的内容发生争议，如服务期条款、行权绩效考核条件等，同时涉及劳动者权益的相关争议是股权激励争议处理的前提。因此，从程序便利性和司法效率的角度来看，由法院合并审理更为合适。
综上，在上述情形下，人民法院应当对因劳动关系和股权激励引发的劳动争议进行合并审理。在实体法的适用方面，在审理股权激励案件时，既不能刻意回避对劳动法律的适用，以防激励对象作为劳动者的合法权益得不到应有的保护；也不能一味排斥一般民商事法律的适用空间，仅根据劳动法律就断然认定股权激励协议中诸如服务期、违约责任的约定一律无效，导致企业一方的利益失衡。鉴于股权激励是以劳动关系为起点，仲裁机构、人民法院可援引劳动合同以及劳动法律对股权激励协议项下的权利义务进行补充与具体化，并在存在合同漏洞的场合下作出保护劳动者的解释；对于股权激励协议中违反劳动法律强制性规定以及免除企业法律责任、排除劳动者权利的条款，应当依法评价其效力和约束力。
由于股权激励类纠纷可能涉及的案由众多，为了行文方便，后文仍以劳动争议为视角和切入点进行探讨。之所以选择以劳动争议为视角和切入点，是考虑到股权激励出现的初衷即解决职业经理人与股东的利益分歧，规避职业经理人侵犯股权利益的风险，实现利益共享与捆绑。其本质是企业以股权、期权等作为对价，对董事、监事、高级管理人员或者其他重要员工实施长期或者短期的激励，最终目的在于留住人才、吸纳人才、激励人才和引导员工为企业目标的实现献力献策。可以说，股权激励是依附于劳动关系、为了进一步稳定劳动关系而出现和存在的，因此，以劳动争议为视角和切入点，可谓从股权激励的初心出发，或许能够得出更恰当的研究结论。