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规章制度缺少实体要件或程序要件会导致该规章制度效力瑕疵，对用人单位而言无效的规章制度不但起不到作用，还会引发对用人单位不利的法律后果。
用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动部门责令改正并给予警告。根据《劳动保障监察条例》的规定，用人单位经劳动保障行政部门责令改正但拒不改正，可处以2000元以上2万元以下罚款。实践中，用人单位的规章制度违法遭到行政处罚，一般都是由劳资双方产生纠纷用人单位遭到举报或投诉引起的。
直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定，给劳动者造成损害的，用人单位应当承担赔偿责任。赔偿责任既包括物质损害赔偿责任，也包括精神损害赔偿责任。如果用人单位制定的规章制度侵犯了劳动者的人格权利，包括身体权、健康权、人格尊严等，对于这些侵权行为，劳动者可以依法主张精神损害赔偿。
用人单位的规章制度违反法律、行政法规规定，损害劳动者权益的，劳动者可以随时通知用人单位解除劳动合同，并且根据《劳动合同法》第四十六条规定，劳动者因用人单位过错而被迫解除劳动合同的，有权要求用人单位支付经济补偿。用人单位的规章制度违反法律、行政法规规定，损害劳动者权益的，属于因用人单位过错劳动者可以即时解除劳动合同的情形，劳动者同时可以要求用人单位支付经济补偿。
用人单位可以依据合法有效的规章制度来管理劳动者，对劳动者的行为按照规章制度的规定给予处理。一旦用人单位与劳动者发生劳动争议，用人单位可以向仲裁机构或法院提供规章制度来举证处理的正当性进而赢得诉讼。但如果规章制度无效，自然就不能成为劳动争议的处理依据，强行对劳动者进行处理会承担相应的法律后果。综上，如规章制度无效，则用人单位不能依据其管理劳动者。