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针对我国现行自然资源物权制度存在的问题，我国将来自然资源物权制度应从以下几个方面加以完善：
需要对自然资源进行合理分类的理由主要有以下几点：
1.不同类型的自然资源其稀缺性不同。在不同的时代，由于开发、利用技术存在差异，不同类型的自然资源所发挥的作用是不同的。工业时代以来，煤炭资源因开发、利用较为容易，一直是经济和社会发展的重要能源。但自从石油勘探技术成熟后，利用效率更高的石油资源就成为人们生活和生产的首选。
2.不同类型自然资源的开发成本不同，被非法占有的可能性亦不同。对于开发、利用难度小、效益高的自然资源更容易遭受到侵害。国家法律条文对于不同类型的自然资源开发、利用的规定也有差异，法律保护及惩罚方式也有不同。由于国家所有权制度应当在不同类型自然资源的适用上有所区别，因此从法律适用上对自然资源进行科学分类意义重大。
公共自然资源是指由全体社会共同体成员共同且平等使用的自然资源。国有自然资源是指国家享有排他性民事权利的自然资源。如空气资源，目前世界各个国家和地区的法律几乎都没有规定空气资源所有权。毕竟目前的空气资源仍然处于取之不尽用之不竭的状态，人类并没有过度使用空气资源。对于公共自然资源，社会全体成员均有平等利用的权利，国家及社会其他人员不得为此类自然资源设置排他性民事权利。按照客体物本身是否可交易，国有财产分为不可交易的财产和可交易的财产，国家所有权的界定亦应当作此区分，即国家所有权仅指可交易的财产。
关于自然资源国家所有权，即可交易的土地、矿产等自然资源为国有自然资源，而不可交易的自然资源如空气等为公共自然资源。
生态补偿制度的建立是一项复杂的系统工程。而如何在自然资源物权受限下对生态治理过程中的受害者进行补偿，是这个系统工程中的一个重要组成部分。传统民法只注意到“物”的正价值，而没有注意到“物”的负熵值，而生态环境危机在某种程度上可以说是由于物权人滥用自然资源物权所致，民法在不断出现的生态环境危机面前不能再保持沉默，需要建立起科学的、可行的自然资源有偿使用中的生态补偿制度，从而协调好自然资源物权人利益保护与环境保护之间的关系。我国通过多年环境保护、管理实践，各地政府及行政部门对于所辖范围的环境保护积累宝贵经验、建立行之有效的机制体系，从而在全国范围内构建了相对完备的环境保护管理手段，在生态补偿理论方面也颇有建树。但是，仍然缺少针对生态补偿专项的法律规定，各地政府及行政部门对此规定不一，生态补偿标准缺少立法层面的法律支撑，无法形成全国范围内统一高效的生态补偿规范体系，致使生态补偿渠道单一且缺乏有效监督管理。针对上述问题，应从明晰界定自然资源产权、明确补偿主体、确定补偿标准、确定多样化的补偿方式等方面完善我国自然资源物权受限时的生态补偿制度。同时，在补偿标准设定上应该引入市场化机制，改变原先政府定价的单一模式，通过市场对自然资源的生态价值进行精确评估，调动参与主体的积极性。
完善自然资源损害法律责任制度，是实现生态文明建设目标的必经之路，其目的在于通过打击惩罚违反法律规定侵害自然资源物权的行为，通过法律追究侵权者的民事责任、行政责任及刑事责任，从而有效保护环境及自然资源相关权利人的合法权益。我国自然资源损害案件的查处，重行政法律责任和刑事法律责任，而轻民事法律责任，为此，需要在明确自然资源物权的具体内容和法律责任形式的基础上，通过法律制度规定进一步细化造成环境污染或者生态破坏的主体所需承担的法律责任。但应该注意的是，侵权行为并不是造成自然资源损害的唯一方式，其他诸如行政行为、法律事实、合法经营行为等亦可能造成损害，相应地，侵权责任亦不是损害救济的唯一方式，多种救济方式并行才更有利于自然资源的保护。