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为了确保疗效、安全用药、避免毒副作用的产生，必须注意用药禁忌。中药的用药禁忌主要包括配伍禁忌、证候禁忌、妊娠禁忌和服药的饮食禁忌四个方面。
所谓配伍禁忌，就是指某些药物合用会产生剧烈的毒副作用或降低和破坏药效，因而应该避免配合应用，即《神农本草经》所谓“勿用相恶、相反者”。据《蜀本草》谓《本经》载药365种，“相反者”18种，“相恶者”60种。金元时期将反药概括为“十八反”（乌头反贝母、瓜蒌、半夏、白芨、白蔹；甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；藜芦反人参、丹参、玄参、沙参、细辛、芍药）、“十九畏”（硫黄畏朴硝，水银畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牵牛，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏赤石脂，人参畏五灵脂），共计37种反药，并编成歌诀，便于诵读。
本草明言十八反，
半蒌贝蔹芨攻乌，
藻戟遂芫俱战草，
诸参辛芍叛藜芦。
硫黄原是火中精，
朴硝一见便相争，
水银莫与砒霜见，
狼毒最怕密陀僧，
巴豆性烈最为上，
偏与牵牛不顺情，
丁香莫与郁金见，
牙硝难合京三棱，
川乌草乌不顺犀，
人参最怕五灵脂，
官桂善能调冷气，
若逢石脂便相欺，
大凡修合看顺逆，
炮爁炙煿莫相依。
反药能否同用，历代医家众说纷纭。一些医家认为反药同用会增强毒性、损害机体，因而强调反药不可同用。除《神农本草经》提出“勿用相恶、相反者”外，《本草经集注》也谓“相反则彼我交仇，必不宜合”，孙思邈则谓“草石相反，使人迷乱，力胜刀剑”等，均强调了反药不可同用。《医说》甚则描述了相反药同用而致的中毒症状及救治方法。现代临床、实验研究也有不少文献报道反药同用（如贝母与乌头同用、巴豆与牵牛同用）引起中毒的例证。
此外，古代也有不少反药同用的文献记载，认为反药同用可起到相反相成、反抗夺积的效能。如《医学正传》谓“外有大毒之疾，必有大毒之药以攻之，又不可以常理论也。如古方感应丸，用巴豆、牵牛同剂，以为攻坚积药；四物汤加人参、五灵脂辈，以治血块；丹溪治尸瘵二十四味莲心散，以甘草、芫花同剂，而妙处在此，是盖贤者真知灼见，方可用之，昧者不可妄试以杀人也”，《本草纲目》也说“相恶、相反同用者，霸道也，有经有权，在用者识悟尔”，等等，都强调了反药可以同用。正如上述，古今反药同用的方剂也是屡见不鲜的，如《金匮要略》甘遂半夏汤中甘遂、甘草同用治留饮，赤丸以乌头、半夏合用治寒气厥逆；《千金翼方》中大排风散、大宽香丸都用乌头配半夏、瓜蒌、贝母、白芨、白蔹；《儒门事亲》通气丸中海藻、甘草同用；《景岳全书》的通气散则以藜芦配玄参治时毒肿盛、咽喉不利。现代也有文献介绍用甘遂、甘草配伍治肝硬化及肾炎水肿；人参、五灵脂同用活血化瘀治冠心病；芫花、大戟、甘遂与甘草合用治结核性胸膜炎。以上均取得了较好的效果，从而肯定了反药可以同用的观点。
现代研究表明，有些药物配伍时不可或不宜在同一处方中使用，需要禁用或慎用，而有些药物则可利用配伍关系降低毒性。如：马钱子不宜与麝香或含有麝香的药物同服，这是由于麝香对中枢神经的兴奋作用可增强马钱子的毒性，可使士的宁的致死率提高2~7倍；朱砂与昆布配伍，有效成分硫化汞和碘的含量均有所降低，并游离出汞，而发生汞中毒；半夏与乌头混合煎液，半夏单煎液，分别给小鼠灌胃，前者致死率提高2.48倍；而生姜与生半夏同用，则可降低生半夏的毒性。
由此可见，无论文献资料、临床观察及实验研究目前均无统一的结论，说明对“十八反”“十九畏”的科学研究还要做长期艰苦、深入、细致的工作，去伪存真，才能得出准确的结论。目前在尚未搞清反药是否能同用的情况下，临床用药应采取慎重态度，对于其中一些反药若无充分把握，最好不使用，以免发生意外。
由于药物的药性不同，其作用各有专长和一定的适应范围，因此，临床用药也就有所禁忌，称“证候禁忌”。毒性中药同其他药物一样具有寒、热、温、凉四种药性，有些毒性中药作用峻猛，毒副作用较强。因此，应根据病情的不同而谨慎运用，如制川乌性热、味苦辛、有毒，属燥烈之品，易伤阴血，若病属热证、阴虚者应忌用；巴豆霜性热、味辛、有大毒，属峻下逐水之品，易于损伤正气，故正虚邪实者应慎用。
一般毒性药物均能损伤胎元，引起流产，损害母子健康，甚至危及生命安全，因此妊娠期妇女应禁用或慎用。如大戟、轻粉、蟅虫等毒性较强或毒性峻猛的药物应禁用；附子、细辛、干漆等辛热滑利、通经祛瘀、行气破滞之品应慎用。凡禁用的药物绝对不能使用，慎用的药物可以根据病情的需要，斟酌使用。必须强调指出，除非必用时，一般应尽量避免使用，以防发生事故。
蚖斑水蛭及虻虫，
乌头附子配天雄，
野葛水银并巴豆，
牛膝薏苡与蜈蚣，
三棱芫花代赭麝，
大戟蝉蜕黄雌雄，
牙硝芒硝牡丹桂，
槐花牵牛皂角同，
半夏南星与通草，
瞿麦干姜桃仁通，
硇砂干漆蟹爪甲，
地胆茅根与䗪虫。
饮食禁忌是指服药期间对某些食物的禁忌，又简称“食忌”。《本草经集注》说，“服药不可多食生葫芫及蒜、鸡、生菜，又不可诸滑物果实等，又不可多食肥猪、犬肉、油腻肥羹、鱼鲙、腥臊等物”，指出了在服药期间，一般应忌食生冷、油腻、腥膻、有刺激性的食物。病情不同，饮食禁忌也有区别。如热病者忌食辛辣、油腻、煎炸性食物；寒病者忌食生冷食物、清凉饮料等；胸痹患者忌食肥肉、脂肪、动物内脏及烟、酒等；肝阳上亢头晕目眩、烦躁易怒等患者忌食胡椒、辣椒、大蒜、白酒等辛热助阳之品；黄疸胁痛患者忌食动物脂肪及辛辣烟酒刺激物；脾胃虚弱者忌食油炸黏腻、寒冷固硬、不易消化的食物；肾病水肿患者忌食盐、碱过多的和酸辣太过的刺激食品；疮疡患者忌食鱼、虾、蟹等腥膻发物及辛辣刺激性食品。有些食物有碍疾病好转或者影响药效，甚至产生毒副作用，需要忌食，如砒石畏绿豆；冷水、醋、羊血、生草乌忌豉汁，畏饴糖，黑豆、冷水能解其毒；服用朱砂及其制品者忌服海带等。此外，古代文献记载：甘草、黄连、桔梗、乌梅忌猪肉；鳖甲忌苋菜；常山忌葱；地黄、何首乌忌葱、蒜、萝卜；丹参、茯苓、茯神忌醋；土茯苓、使君子忌茶；薄荷忌蟹肉以及蜜反生葱、柿反蟹，等等，这些也应作为服药禁忌的参考。
除上述几个方面外，还应注意：有毒中药不宜常服，以免蓄积中毒；部分毒性较强的中药仅供外用，不可内服；外用也不可用量过大，以免皮肤吸收中毒，如红粉、水银等。忌用器具，如朱砂、雄黄忌用铁器，朱砂忌用铝器，近年发现朱砂与铝能产生毒性较强的汞铝齐。忌加热火煅，如朱砂、雄黄等加热则生成新物质，毒性增加。