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毒药是人类在劳动生产与疾病作斗争过程中发现的一类药物，最早可追溯至我国原始人类的渔猎时代。其时，人们捕食各种动物、采摘各种植物，以资果腹生存。并有“神农尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就。当此之时，一日而遇七十毒”的记载（《淮南子·修务训》）。先人经过积极探索、反复实践，逐渐发现某些药物不但有毒副作用，还可治疗某些不适之症。基于此，逐渐区分开食物与毒物，并掌握了有毒药物的适应证，如《淮南子·缪称训》曰：“天雄乌喙，药之凶毒也，良医以活人”，有了用有毒中药治病的先例。毒药与一般药物共同用于治疗疾病，祖先们经过无数次验证，历代医家反复总结与继承补充，逐渐从中药中区分出了有毒中药。
我们祖先经过无数次试用、观察和总结，对有毒中药的认识不断加深，积累并丰富了有毒中药的使用经验，认识到有毒中药既可引起中毒反应又可治疗病症的两重性。
西周已有专业医生“聚毒药以供医事”和“五毒攻之”之说。春秋时期的《诗经》载有蟾酥。战国时期的《素问·五常政大论》云，“当今之世，必齐毒药攻其中”，“大毒治病，十去其六；常毒治病，十去其七；小毒治病，十去其八”，并附方13个，其中有毒药物5种。大诗人屈原的《离骚》载有杜衡、艾、莽草等毒药。我国最早的本草专著《神农本草经》（战国至东汉时期）按药物效用将其分为上、中、下三品。其中，下品125种，约占全书的1/3，专主大病，多有毒，不可多服、久服。“若用毒药疗病，先起如黍粟，病去即止，不去倍之，不去十之，取去为度”，“若有毒宜制，可用相畏、相杀者”。这两句话指出有毒中药宜从小剂量开始且不过量的使用注意事项，并特别交代了有毒中药的炮制减毒方法。这说明古代医者对急重症常用有毒中药进行治疗，并对其用法用量及炮制方法等有一定的研究和经验。
历代名医在使用有毒中药时非常注意饮片性味、药物炮制与配伍处方的规律，这一治则在历代使用的方剂中都有体现。汉代张仲景在《金匮玉函经》中应用较多有毒中药，如半夏、附子、细辛、巴豆、藜芦、杏仁、水蛭、商陆等，注意药物炮制，如“半夏父咀，以汤洗十数度，令水清滑尽，洗不熟有毒也”；麻黄“折之，皆先煮数沸，生则令人烦，汗出不可止，折节益佳”。其经典名方“大承气汤”和“大黄牡丹汤”治急腹症，“真武汤”、“四逆汤合附子汤”等治疗亡阳厥逆、阳虚体衰，“附桂八味丸合桂枝附子汤”主治寒证疼痛等就是有毒中药入方治疗急重症的代表。汉末《名医别录》对有毒药物的产地、采收、质量提出了明确要求：“卑相生晋地及河东，立秋采茎，阴干，令青。蜚虻生江夏，五月取，腹有血者良。”
晋代葛洪《肘后备急方》有“治卒服药过剂烦闷方”“治卒中诸药毒救解方”等关于中药毒副作用的记载。
南朝刘宋时代（公元420—479年），雷敩所著我国第一部炮制学专著《雷公炮炙论》特别强调，通过炮制可减轻有毒药物的毒性或烈性，提高疗效。如，半夏“若修事半夏四两，用捣了白芥子末二两，头醋六两，二味搅令浊，将半夏投于中，洗三遍用之。半夏上有涎，若洗不净，令人气逆，肝气怒满”；蜀椒“须去目及闭口者不用”。这一专著不但发展了药物的炮制加工技术，也为有毒中药学的进一步发展奠定了基础。
隋代巢元方《诸病源候论》专列“解诸药毒候”一章，谓：“凡药云有毒及大毒者，皆能变乱，于人为害，亦能杀人。”这种认识已经接近现代对毒药的认识。他还指出“因食得者易愈，言食与药惧入胃，胃能容杂毒，又逐大便泻毒气，毒气未流入血脉，故易愈”，为后世及时采用灌胃洗肠治疗中毒奠定了理论基础。
唐显庆四年（公元659年），苏敬等撰写了《新修本草》（又名《唐本草》），这是我国乃至世界最早的一部药典，对药物标明了“有毒”或“无毒”、有“大毒”或“小毒”。如雄黄“味苦，甘寒，有毒”；杜仲“味辛甘，平，温，无毒”等。这部著作反映了这一时期的中药学成就，可见当时十分重视有毒中药的使用。《新修本草》和后世许多本草书籍除在药物项下记载有毒无毒外，还根据长期的临床经验，记述了药物的适应证、炮制方法，总结了配伍用药的“十八反”“十九畏”“妊娠禁忌”“服药禁忌”等注意事项。
宋代唐慎微著的《经史证类备急本草》（简称《证类本草》）收载了较多有毒中药，并对药物的产地、采收、质量、方剂等方面做了进一步补充，在研究各有毒中药的修治和炮制方面有了很大的发展，并收录了前人使用有毒中药及中毒后的救治方法，如，砒霜“误中解之，用冷水研绿豆汤饮之”，大大充实了有毒中药的内容。宋代已将重要的配伍禁忌药物具体加以总结，列出其名称，亦即后世所遵循的“十八反”“十九畏”。如妊娠用药的禁忌，因某些药物具有损害胎儿或堕胎的作用。禁用的大多是毒性较强或药性猛烈的药物，如巴豆、牵牛、大戟、斑蝥、商陆、麝香、三棱、莪术、水蛭、虻虫等；慎用的包括通经祛瘀、行气破滞及辛热药，如桃仁、红花、大黄、枳实、附子、干姜、肉桂等。
元代《元医药政令》颁布的毒药有乌头、附子、巴豆、砒霜、大戟、芫花、藜芦、甘遂、天雄、莨菪等，现行《中华人民共和国药典》（以下简称《中国药典》）中对大毒、有毒类中药的描述与之基本一致。
明代李时珍所著《本草纲目》收载药物1892种，其中312种标明有毒，按毒性大小区分为大毒、有毒、小毒和微毒四类，并对其产地、采收、质量优劣、炮制、临床应用、有毒解救等方面作了详细介绍。书中对药物毒性的记载和描述，至今仍不失其科学价值。
清代赵学敏所编《本草纲目拾遗》新增药物716种，首次收载鸦胆子、雷公藤和藤黄等毒性较大的药物，大大丰富了我国中药学宝库。
中华人民共和国成立后，在党中央的正确领导下，各项工作的发展突飞猛进，中医药工作者对许多重要的中药进行了成分分析与药理实验等。中医药出版物蓬勃发展，1965年出版的《中药炮制经验集成》收载了501种中药品种，并对每个品种的减毒增效的炮制方法作了叙述。近年来出版的《中药志》《全国中草药汇编》《中药大辞典》等，对有毒药物的产地、采收、优劣、成分、炮制、临床应用等方面作了较为详细的叙述，它们都是代表性中药巨著。科研工作者对有毒中药的研究开发与合理应用倍加关注，寻找抗癌、防治心脑血管疾病等疑难病症药物的研究也得到了较大的发展，并取得了可喜的成果，如砒霜（三氧化二砷）作为古今中外知名“毒品”，是急性早幼粒细胞白血病的有效药物；“有大毒”的斑蝥和蟾蜍对白血病、结肠癌、肝癌、膀胱癌和乳腺癌等多种癌症疗效显著；“有大毒”的附子对抗心衰疗效显著等。