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1.含阿托品类
白花曼陀罗、天仙子和莨菪等含莨菪碱、东莨菪碱和阿托品生物碱，此类生物碱为M-胆碱受体阻滞剂，其中毒机制主要为抗M-胆碱能反应，能抑制周围交感神经、兴奋中枢神经系统。
2.含乌头碱类
草乌、川乌、附子和雪上一枝蒿等中药均属此类，其中毒机制是过量的乌头碱先兴奋后麻痹各种神经末梢，刺激迷走神经中枢，甚至麻痹血管运动中枢、呼吸中枢，以致心源性休克、呼吸衰竭而致死。
3.含番木鳖碱类
马钱子和吕宋果等的种子均含番木鳖碱（士的宁）和马钱子碱，其中毒机制是破坏反射活动的正常过程，使兴奋在整个脊髓中扩散而呈特有的强制性痉挛。
4.含秋水仙素类
光慈菇和山慈菇的鳞茎均含秋水仙碱。秋水仙碱能使染色体停滞在分裂中期，染色体虽然纵裂，但细胞不分裂，不能形成2个子细胞，使染色体加倍。实验证明山慈菇可诱发体细胞遗传损伤，可诱发产生细胞遗传物质损伤。
5.含雷公藤碱类
雷公藤和昆明山海棠均含雷公藤碱，雷公藤碱有剧毒，煎煮时间不够或过量服用本品，吸收后对中枢神经系统有损害，可引起丘脑、中脑、延脑、小脑、脊髓等器官的严重营养不良性改变；肝脏、肾脏、心脏可发生出血与坏死。
1.含强心苷类
强心苷是一类对心肌有显著兴奋作用的苷类，中毒后主要表现在胃肠道方面，严重时可出现传导阻滞、心动过缓、异位节律等，最后因心室纤颤、循环衰竭而致死。
2.含皂苷类
皂苷有强烈的局部刺激作用，并抑制呼吸、损害心脏和溶血作用。如商陆能刺激交感神经，促进胃肠道蠕动并刺激肠黏膜，引起腹痛腹泻，大剂量可致中枢神经系统麻痹及运动障碍。其毒性物质主要为商陆毒素（三萜皂苷类）和组织胺。
3.含氰苷类
杏、桃和枇杷等的种仁均含有毒成分氰苷（苦杏仁苷），中毒后主要表现为中枢神经系统症状。
4.含黄酮苷类
含有毒黄酮苷的中药有芫花和广豆根等，其毒性作用多为刺激胃肠道和损害肝脏，引起恶性呕吐和黄疸等症状。
苍耳子、豆和蓖麻子等植物的种子中，均含有毒蛋白，能强烈刺激和腐蚀胃肠黏膜，引起广泛的内脏出血。
中药中含金属元素的药物主要是矿物类药物，其中对人体毒性较大的主要有含汞、铅和砷类等药物，有朱砂、轻粉、密陀僧、官粉升汞和砷石等。其中，汞为一种原浆毒，汞化合物对人体具有强烈的刺激性和腐蚀性作用，并能抑制多种酶的活性，引起中枢神经和自主神经功能紊乱。汞化合物经消化系统、皮肤黏膜或呼吸系统吸收，入血后释放出汞离子，汞离子与酶蛋白的巯基结合，使酶失去活性，阻碍细胞的呼吸和正常代谢，损害各脏器功能，高浓度时可穿过血脑屏障，直接损害中枢神经系统，蓄积于中脑和小脑神经细胞的核周体内，使各肌群之间的协调性遭到破坏，引起汞毒性震颤。内脏损害的病理改变以肾小球、近曲小管和肝细胞浊肿、肝小叶坏死为著。铅中毒早期即出现神经系统功能紊乱，可能是铅离子干扰了脑细胞的能量代谢，使大脑皮质兴奋和抑制过程紊乱所致。慢性铅中毒还可发生脑水肿及脊髓前角细胞变性、周围神经炎、肌肉萎缩，齿龈及大肠黏膜会有硫化铅所组成的铅线。铅中毒特别易影响到血红蛋白合成的中间产物卟啉代谢发生紊乱，使δ-氨基-γ-酮戊酸脱氢酶（δ-ALAD）形成原卟啉；又可抑制铁络合酶，阻碍原卟啉与二价铁结合，使血红蛋白合成受阻，血中粪卟啉升高并从尿中排出。铅还抑制红细胞膜三磷酸腺苷酶的活性，使红细胞内钾离子逸出，致细胞膜崩溃而溶血。铅与红细胞表面的磷酸盐结合，形成不溶性磷酸盐，使红细胞脆性增加。严重铅中毒使毛细血管壁抵抗力减低，发生血管痉挛和动脉硬化。