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张之洞在《轩语》中强调“治经贵通大义”，“大义”即学科所具有的独特而系统的认识与思想，是学科立足的原点，先生将其概括为“学术基质”。《冉氏内经举要》中对此有“《内经》本身学术基质”“《内经》学术”“大义”“《内经》实质”等不同表述。《内经》学术基质有两个层面的意涵：第一个层面是具有东方智慧的大宇宙观。先秦哲学里儒家、道家影响最甚，渗透最深，《内经》亦受其震撼同化，“《内经》学术基质乃医家而兼儒家、道家者也”，这是《内经》的思想光谱，也是《内经》的文化主体。第二层面是具有哲学方法论的特色。世界观决定方法论，方法论体现世界观，知其要者一言而终，《内经》学术基质，“乃深究人与天地所以共同生”。“人与天地相参”，人位于大自然中，自然界的气候变化，与人体的健康和疾病的关系必然很密切，人便得以从认识自然的规律入手，进而适应大自然的变化，使人能更好地生存于大自然中，这是《内经》学术基质的重心。先生反复推阐：上而天时，下而地理、中而人事，近取诸身、远取诸物。其言生理病理脉法等等，均是与天地阴阳、四时递嬗相合立论。不通天地，人不可以为医。善言天者，必验于人，即指此也……自古通天者，生之本，本于阴阳……治病必求其本……四时者，万物之终始也，生死之本也……其论生理，是言生的，不是言死的；对外界，是言连系的，不是言孤立的。认识病理，是言整个的，“全书大义，系究人与天地所以共同生，辟天地之机缄，推四时之变化，抉病疴之起源，定治疗之规矩”，不是言局部的，是进一步穷研其治疗。重心放在医事上，此乃《内经》学术基质的核心论理。东方哲学的思想意图在于理解永远流变的、不确定的、不可完成的存在状态。从《易经》、老子的学说到孔子的思想都不假设完善概念而重视永远在途中的“存在状态”：二气流行、上下往复、唯虚乃灵、唯虚乃化；对生命景象及其联系的各方面进行观察、比较，探讨生命景象的机理；从天地万有的角度把握生命规律，把生命景象放在自然、社会中观察、研究；从变化的角度、从将功能流转和空间变化结合起来，把握规律。古老的东方自然哲学是《内经》学术的核心基因，内经学术基质是中医学术的核心基因。对《易传·系辞》“形而上者谓之道，形而下者谓之器”这一立论，崔憬解释说：“凡天地万物皆有形质，就形质之中有体有用。体者，即形质也；用者，即形质之妙用也。言妙理之用，以抉其体，则是道也。”王夫之亦言：“天下之用，皆其有者也。吾从其用而知其体，岂疑待哉？”中医理论是经典意义的自然哲学，忽略生命体物质的定性和测量性，而主要从功能象变角度对生命动态轨道进行模糊的全体（天、地、人）表述，进而从功能上进行客观而综合的调理论治。这种论理为病因不明或复杂性疾病提供了治疗模式，特别是多种慢性病同时存在的复杂状态，如多脏器、多组织、多系统的复杂病变、精神零碎、内分泌零碎、免疫零碎以及缘由不明的疾病具有不可思议的疗效和明确的优势。
中医学的复兴，首先是《内经》学术基质的复活勃兴，关键在明确自己的精神基因、文化根脉，此乃先生所殚精推阐致意者也。大师之大，大在学术，大在气象，先生在紧紧把握内经文化学术之枢要基础上，视中医现代化为一生孜孜以求的生命担当，同时断然反对复古。面对席卷全球的“现代性”，如何与现代科学（西学）融合、革新并得以升华，以回应现代中医文化学术建构的基本问题，这是老一辈中医大师的“文化自觉”。何谓“文化自觉”，即承担起认识自己文化及其在世界中的位置的历史使命。对内经学术基质这个根脉的坚守，正如大学者、大思想家陈寅恪先生对中国传统文化守望者的评价：“其真能于思想上自成系统，有所创获者，必须一方面吸收输入外来之学说，一方面不忘本来民族之地位”，这也是先生一以贯之的文化学术精神与医疗实践。职是之故，先生主张义理归结到事实，不由义理而深求虚远。“把理论当作科学的假定，当作科学的有意义的假定，循科学方法，不在假定上再安假定，取其所当取，去其所当去”“由繁归简，由虚归实。讲天道的，须归结到人事；讲哲学的，须归结到科学，且由博返约，利用其繁以纳诸简；返虚入浑，利用其虚，以证诸实。以天道说明人事，并以人事调节天道。以科学证实哲学，并以哲学启发科学”。
精、气、神，人身三宝，奉生周命，莫贵于此。人在气交中与天地息息相关，须臾不能相离。生气通天，天气为人生气之本。阴阳二气又为天气之本。故曰生之本，本于阴阳。“就阴阳变化，观察中间的矛盾；再由矛盾变化中间，观察其真实义理；由此项观察的义理，体会出摄生原则，归结出调节方法……非仅局部的、孤立的，死形骸可比。”“人有气则生，无气则死，形不能外气，气可以统形。在医学方面，欲讲生的，非求到气不可；欲讲生生的，非求到天气不可。”《灵枢·决气篇》：“谷入气满，淖泽注于骨，骨属屈伸，泄泽补益脑髓，皮肤润泽，是谓液”，由气推阐到涵濡附丽的液，先生读出：“谷气补骨、骨气补脑，二泽虽同，而一淖一泄，曲曲绘出骨部新陈代谢、反浊为清的景象。脑无补法，此则居然生出补法来”。《灵枢·五癃津液别篇》“五谷之津液，和合而为膏者，内渗于骨空，补益脑髓，而下流于阴股”可相互发明。继而由“中焦受气取汁，变化而赤，是谓血……壅遏营气，令无所避，是谓脉”恍然悟出血循环系统之不竭动力。《素问·经脉别论》，浊气归心，脉气流经，经气归于肺，行气于腑，求到统摄经脉之气，生理的更进一层。特别是将“游溢精气”四字解读得淋漓尽致。曰脾气散精，上归于肺，如地气之上腾为云然；曰通调水道，下输膀胱，如天气之下降为雨然。水精四布，五经并行，是气是水，非气非水。将水化气，气化水；气化水行，水行气化，活泼泼一片化机，曲曲绘出。如此方是抉出生理，抉出生的生理。
阴阳学说是中国古代自然哲学思想，中医以之解释生理、病理，指导临床治疗及康养，构成内经文化学术体系的基石，内容总括六气五运。1930年先生在《医界春秋·论坛》发表《国医整理之我见》一文，阐述阴阳与六气、哲学与科学的关系。“国医为天人合一之学，所极深研稽者，人与天地所以共同生，活泼泼的。其治病也，亦由正识邪，正气如是出入，邪气亦如是出入，亦活泼泼的……其以六气说明自然现象，为东方四五千年最古老之宇宙观。其六气标本，具科学之因果性；其六气加临，具科学之演绎法；其六气统百病，具科学之归纳法；其六气源于二气，二气只是一气，具科学之单纯性……故以在天成象，在地成形，由气化的而进入实质的。”欲明五运，先明六气；欲明六气，先明二气。气化形质，气凝质聚，垂象而成形。阴阳二气推演为六气，六气演化为五运。《素问·天元纪大论》：“物生谓之化，物极谓之变；阴阳不测谓之神，神用无方谓之圣……太虚寥廓，肇基化元……万物资始，五运终天……曰阴曰阳，曰柔曰刚……生生化化，品物咸章。”阴阳气运学说是内经哲学思维的逻辑起点，具中国特色的气一元论宇宙模式，先生谓之“国学基础所在”。尽管人类自己没有能力精准定义宇宙，但丝毫不妨碍与古希腊亚里士多德同期的中国古代先哲从宇宙万物升华出第一性原理，从最核心处展开推演。
阴阳气运学说渗透并融入中医理论体系，深刻影响中医学的形成与发展，广泛应用于中医学诸领域，是一个最基本的命题，不能被违背、篡改、删除。1955年先生编写《内经讲义》，全书共九章，气运、标本各为一章。2004年1月第一版《冉氏内经举要》第五章以“运气”名篇，在诠释中谓“气运”“六气五运”，未见有“运气”出现，冉先德教授在导读中亦为“气运”，据此，可以认为是排版时颠倒了词序，应为“气运”。
气运即六运五气的简称，与运气从汉语语法学讲属联合结构，词性是一致的，关系是并列的，仅仅在词序的排列上有前后的区别，但在古代自然哲学与医学义理方面，其相去不啻天渊！运气的概念在中医学领域司空见惯，当下教科书、工具书也相沿因袭。先生一代通儒硕学，其学融贯儒释道，打通文史哲，一个词序的变动，从古代自然哲学与科学的角度，意义深远重大，非同寻常的一个字、词的校正，而关乎“东方最早之宇宙观”，关乎气、运本源的关系，关乎中医学术共同体成员共有的理念、价值、方法，是“冶科哲为一炉，燮天人而归化”的根本，是《内经》学术的精神家底，其学术层累体系建构的基础，是先生一生构建的文化学术体系的灵魂，是中医之为中医的命脉。
六气五运，上下生化承制、为常为变、为胜为复、所胜所不胜、平气、不及、太过，有是气运，人体生理病理有是感应、有是体象；有胜复的感应，人体生理病理有胜复的体象。善言气者，必彰于物；善言应者，同天地之化；善言变言化者，通神明之理。成败倚伏，燮理调节。必先岁气，勿伐天和。勿盛盛，勿虚虚。辩证的唯物，唯物的辩证。
《内经》气运，六气加临，五运承制。气化象征，处处归结到人应之，物由之，由生理归结到病理，由病理归结到治疗方法，范围天地而不过，曲成万物而不遗。一代哲医宗师对哲学与医学，反复研究，再三推阐，“与他项科学由假设而理论，由事实而方法而实验类似。而气运则假设中早具理论性质，实为超越。若摒除一切，唯守呆钝局部病理，与天地气候截然划断，适成魏尔啸孤立机械生理病理治疗”，片面强调局部细胞病变而忽视机体作为一个整体的反应，更是忽视人体与天地四时作为一个有机整体的存在。治不法天之理、地之纪，不知年之所加，气之异同，灾害至矣。先生一再致敬气运学说，“人身机体是整个统一的，对外界是整个统一联系的。大自然规律，是人与天地统不能外的。吾人，求进一步医学，征服自然，则于天地的运行，气候的变化，安得不辨认清楚，推阐明白，为入手实施调节治疗树基础……以唯物的观点出发而辨证，以辨证的方法而归结于唯物。试问此为空泛否，为带哲学色彩太浓否，为不合科学方法科学原理否？”连发三诘问，辞直义畅，切理厌心。