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细胞的功能依赖于它们化学成分之间的相互作用。各种高通量的实验方法让我们现在可以确定细胞在基因组规模上的化学组成。这些方法包括全基因组测序和注释（基因组），在所给定条件下（转录）合成信使RNA的分子测定，蛋白质丰度，存在的相互作用和功能状态（蛋白质组），代谢物浓度的测量（代谢物组）和代谢通量（通量组学）。此外，现有的方法可以确定DNA上蛋白质的结合位点（位置分析），并通过细胞内部反应测量有限的通量。DNA产出蛋白质的物理位置和片段可以确定许多有用的通量报告分子。所有的这些方法都可以用来帮助重构细胞内生物反应的网络。文本的这部分论述代谢的重构、监管和信号网络。新的方法不停在发展，它可能使文章这部分很快过时。然而，由新方法或现有方法产生的重构过程结果，是一组化学反应，或者说是组成这些网络的相互反应。读者应注意的是，这些不是分开和独立的网络。事实上，它们与另外一个相互反应。我们常常认为，它们和基于典型生命科学课程所规定的结构有所偏差。最近关键糖酵解酶的转录调控的发现，证明了这一观点。 ［113］