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组成网络的一系列化学反应可以用一组化学方程式来表示。嵌入在这些化学方程式中的，是与反应相关的化学计量信息。所有的计量信息可以用矩阵的形式表示；化学计量矩阵的符号为S。与这个矩阵有联系的是酶复合物形成的附加信息、转录水平、开放阅读框和蛋白质定位。因此，一旦进行组装，化学计量矩阵则表示生物化学遗传基因结构数据库（BIGG）。该数据库的结构代表了高通量数据和生物信息学分析之间的接口（见图1.4），它允许高通量数据（通常被称为内容）被放入框架中。对于各种用于确定网络属性的数学分析，化学计量矩阵是它们的出发点。本文的第二部分将总结化学计量矩阵的基本属性。因为它是一个数学对象，所以采取的相应措施也应该是关于数学的。然而，S代表生物化学。因此，我们将S的数学属性和它基本的生物化学和生物属性进行关联。