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企业的部门（岗位）职责说明书是反映内部部门分工、业务开展情况的重要文件。部门（岗位）职责说明书应该与企业实际业务情况基本一致，并根据AEO认证标准的要求更新不同模块中的新增业务范围和工作职责。
AEO认证的核心要求是职责与实际业务吻合、不相容的岗位彼此分离。比如，进出口部门和审计部门应该彼此分开，保持审计独立性。
进出口部门，在不同企业中的名称差别非常大，一般企业叫报关部、物流部、船务部或国际贸易部。随着进出口业务差异化越来越明显，也有企业将进出口的职能分开甚至外包，比如国际贸易部负责出口，采购部负责进口，这些都是企业在长期业务发展中形成的管理方式。组织架构的审核重点是企业部门（岗位）职责说明书与实际情况是否一致；是否符合AEO认证要求；是否有专人负责该模块业务。
风险相对较高的情况是将进出口管理职能分散到多个平行部门，各部之间相互独立，进出口制单报关以及后续业务均由各自部门单独完成。如果部门之间无法协调一致，企业就存在被海关或其他监管机构行政处罚的风险。申请AEO认证的企业应做好规划，建立定期通报、持续培训以及持续改进机制，降低进出口风险。
内审部门，主要负责企业日常审计业务，包括进出口和AEO认证标准符合性审计，具体负责职能部门可以根据实际情况拟定担任，也可由集团完成审计或成立专门的内审组，但要避免由进出口或关务负责人主导审计。
财务部门，主要负责财务核算、财务记账、盘点、核算、财务报表或其他财务相关活动。
贸易安全部门，实际设立对应部门并不一定叫“贸易安全部”，主要是指贸易安全高级管理人员所负责部门，如人力资源部、仓储部、采购部、安全部等。
关务高级管理人员（以下简称关务高管）是AEO认证项目中非常重要的岗位。由于一般企业原有组织结构中可能并未设立对应岗位，企业内部可以通过授权书、任命书、高级管理人员职责划分等有效版本文件明确关务高管职责分工。关务高管基本要求如下：
1.属于高级管理人员范畴，协调企业内部各部门关系，体现企业对进出口业务的高度重视；
2.分管进出口或海关事务，进出口关务职能部门向其汇报日常工作，推动AEO认证项目。
贸易安全高级管理人员是AEO认证项目中设定的重要岗位，可能是一人或多人，主要是由负责贸易安全模块（经营场所安全、人员安全、货物物品安全、运输工具安全、安全培训）的高级管理人员担任，负责推进其所负责贸易安全模块的有效落实。
贸易安全部门（重点部门：采购、销售、物流、仓库等）若不重视进出口业务，不积极参加海关法规培训，不了解海关核心要求与法规变化，其前置业务沟通和日常作业很可能与海关法律法规要求背道而驰，未来必然耽搁业务开展。企业要格外重视贸易安全高级管理人员参与海关法规培训，学习与进出口密切相关的法律法规等。