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内部组织架构稳健是企业经营的重要保障。没有严谨有序的组织架构，企业内部管理会受到一定的影响。企业组织架构不是一成不变的，会随着经营范围、客户类型、业务模式与监管政策等内外部商业环境变化而动态调整。
人岗相互匹配、岗位职责清晰、不兼容的岗位相互分离是内部控制对一般常规企业的基本要求，组织架构是企业的制度和体系运行的基本框架，对企业来说，应该做到：
1.进出口业务、财务、贸易安全、内部审计等部门（岗位）职责分工明确并有效落实；
2.指定高级管理人员负责关务。
此外，申请AEO认证的企业应提供内部组织架构图和各部门（岗位）职责说明书。组织架构图直接反映企业组织运行情况，也呈现其业务边界和业务范围。AEO认证申请必须覆盖其管辖的分公司。
组织架构应与企业的实际业务吻合，不同企业的组织架构差别比较大，如报关企业、物流货代企业、贸易公司和制造企业的组织架构是完全不同的，没有必要生搬硬套。图2-1展示了某企业的组织架构。
图2-1 某企业组织架构
为适应激烈的商业竞争，企业会采取相对比较灵活的组织架构来应对复杂的内外部环境。常见的一种架构是集团公司将部分部门管理职能统筹到集团平台，比如非常流行的集中采购管理，将供应链管理职能划入集团统一管理，组成集团采购部门，从而形成对供应商的议价优势。类似的管理模式还包括集团审计、中央仓库、中央关务等。企业在AEO认证过程中，可以向海关主动提供本公司与相关单位之间的文件规定（包括集团的组织架构图、职责说明书等）以及相关组织之间的关系说明、部门情况说明或愿意承担相关法律责任的承诺文件。
组织架构是管理体系的灵魂，组织架构不清晰，管理必然混乱。 企业在申请AEO认证项目启动前必须梳理好内部组织架构，否则后续程序文件、执行记录和佐证材料中对应的负责职能部门均会出现与审核实际不一致的情况，可能会影响最终审核结果，这点应引起项目负责人的高度重视。企业准备组织架构图，不能仅将组织架构图当成一份普通文件，而是要将企业整个体系运行的整体架构呈现出来。
如果企业实际组织架构确实是比较复杂的，不用单独为了申请AEO认证去变更组织架构或编造与实际工作不符的组织架构图来应付审核，因为任何一家公司都不可能只有一套体系在运行，编造组织架构应对审核本身就是违规行为，要坚决杜绝。企业需要辅助提供 AEO认证项目组架构和主要部门负责人员名单表 作为佐证材料充分说明各主要关联部门管辖范围。