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中医学的起源是各种因素相互渗透、相互影响的结果，经历了极其漫长的过程。探求中医的源流，寻觅中医是怎样逐渐凝聚起来，最后成为独立的、系统的学科，是中医史界长期争论的问题。医史学家对此提出了各种不同的见解，主要有以下几种学说：源于中国哲学、源于圣人、源于巫、源于动物本能、源于运动、源于劳动。
中国的哲学，是由中国古代的“道学”延伸发展而来的。所谓“道”，本意是指道路。《尔雅·释宫》言：“一达之谓道。”《说文解字》言：“道，所行道也，一达谓之道。”即有一个固定方向的道路叫道。在中国哲学中，将宇宙万物的本源和本体视为“道”。“道学”学者们习惯把人放到与外部世界同等的地位，思考人生的意义与价值，探索人如何与天道自然统一协调。这种“天人合一”的学术思想，逐渐成为“道学”的核心，并对中医学的形成与发展产生了深远的影响。古代医者从自然之天与人的关系角度，研究天人关系及人的生命活动，提出“人与天地相参”这一命题，系统阐述了人与自然同源、同构、同道的关系，提出精气、阴阳、五行等概念，并由此奠定了中医学的理论概念基础。
中医学借鉴精气、阴阳、五行等中国古代哲学思想，实现了由经验体系向理论体系的飞跃。这些思想从《内经》开始就成为中医学的最基本概念，在中医学理论和临床上得到了广泛的运用。随着中医学的发展，“精气—阴阳—五行”最终成为中医学基本的思维模式。
著名历史学家范文澜指出：“古书凡记载大发明，都称为圣人。”我国古代传说中关于燧人氏、伏羲氏、神农氏及黄帝等圣人创造中医学的故事，实际上就是中医学源于“圣人”观点的具体体现。如《续医说》言：“医之为道，由来尚矣。原百病之起愈，本乎黄帝；辨百药之味性，本乎神农；汤液则本乎伊尹。此三圣人者，拯黎元之疾苦，赞天地之生育，其有功于万世大矣。万世之下，深于此道者，是亦圣人之徒也。贾谊曰：古之至人，不居朝廷，必隐于医卜，孰谓方技之士岂无豪杰者哉？”但纵观历史，中医学源于圣人是一种夸大，把经过长期实践经验积累形成的中医学知识，归结为少数几个无所不知的全能圣人的创造，甚至夸大为源于神，这是不符合历史事实的。
如果剥去这些传说神话的外衣，探求其合理的内核，可为我们了解中医学起源提供某些有益的根据。这一学说反映出上古不同氏族在与疾病斗争的实践中对医药经验的积累和贡献，神农、黄帝等不过是这些氏族群体的代名词，表示着医学发展有不同阶段。
中医学源于圣人，肯定了中医药领域中一些杰出人物在医学发展中起着较大的作用。在中医药经验积累过程中，不仅各个氏族集团是不平衡的，一个氏族集团内部不同的人所起的作用也各有不同。一些比较留心中医药而又具有创造才能的人，善于总结经验，更能探寻出更有效的药物和更好的治疗措施，因而在推动中医药发展中起着更突出的作用，这是符合历史实际的。
原始社会，人们在为求生存与大自然斗争的过程中，对风雨、雷电等自然现象及疾病、死亡等现象，产生了恐怖、疑惑和不解，于是产生了对自然、对祖先、对鬼神的崇拜，进而产生了以能与鬼神相沟通为身份的职业——巫。殷周时期，巫的地位很高，他们不但参与政治、军事之决策，而且为统治者占卜疾病和吉凶祸福。他们认为疾病的产生是鬼神不满而降下的惩罚，想要疾病痊愈，就必须向鬼神祈祷，设法获得他们谅解，并贡献牺牲，检讨过失，如此鬼神才会满意而去。
巫术逐步巩固下来，有了一定的组织形式和仪式，就出现了专职人员——巫师。在当时，巫师是具有知识和思维能力的阶层。巫的产生是在原始社会晚期，晚于医药卫生经验积累。巫师出现后，又往往承担着治病的职能。他们在治疗疾病时，有时施行巫术，有时也用医药技术，其中有的巫师更偏重医。《山海经·大荒西经》记载：“有灵山……十巫从此升降，百药爰在。”《山海经·海内西经》记载：“巫彭……皆操不死之药以拒之。”但如果因巫医之间存在着联系，就断定医学起源于巫，是不真实的。
巫主要是充当人与鬼神交通的媒介，是原始的宗教，是神学，在本质上与作为科学的医学有着尖锐的冲突。医学越发展，与巫的斗争就越激烈，巫术则更成为中医学发展的桎梏。《素问·五脏别论》中所言的“拘于鬼神者，不可与言至德”则是医学摆脱巫术，确立自身价值的标志。
中医学源于动物本能，是说中药和治疗技术都是起源于人类生来就具有的某种本能。西方一些著名医史学家大都持这一看法，中国学者在千年之前也有这样的论述。如唐代《朝野佥载》说：“医书言虎中药箭，食清泥；野猪中药箭，逐荠苨而食；稚被鹰伤，以地黄叶帖之……鸟兽虫物，犹知解毒，何况人乎？”
动物在其生活中，具有克服痛苦、保护生命的本能，从而产生某些自疗行为。如犬病吃草催吐、猫食瓦松以解蜂蜇、水牛入水以解热避蚊、非洲熊以食菖蒲治病、南美的一些野兽还会用一种树蜡涂治外伤。本能论认为，人类是从动物进化而来，有求生和保护生命的本能。他们遇到疾病和意外创伤，会自觉或不自觉地去探求解除痛苦、恢复健康的方法，因此这种原始医疗是以动物本能为基础的。
本能是有机体在内外各种刺激之下，为了适应环境、求得生存所做出的某种反应。就动物而言，它只能停留在感性认识的阶段，只能是一种反射，不会进步，更不会发展或创造出医学。动物停留在本能阶段，恰恰反证了本能不是医学的真正起源。原始人类和动物有着本质的区别，他们与动物同样有保护生命的本能，但这一本能却是在原始思维指导下进行的，他们可以观察、思索，把原始的经验积累起来，从偶然的事物中发现事物的某些联系。因此，这种本能的救助行为，是通过人类自身的行为和思维，过渡到有意识的、自觉的原始治疗经验的积累。这才是医学起源的真谛之所在。
中医与中国古代养生术息息相关，如导引养生术、按摩养生术、气功养生术等养生技术对中医学的成熟和完善发挥着重要作用，而这些养生术皆源自古人对运动的探索总结。据《吕氏春秋·古乐》记载：“昔陶唐之始，阴多滞伏而湛积，水道壅塞，不行其源，民气郁阏而滞着，筋骨瑟缩不达，故作舞以宣导之。”所谓“舞”，即手舞足蹈，是肢体活动的代称，其目的是宣导肢体气血郁滞。可见，古人创编“舞”用以疏通经络，理气导滞，以防治郁滞不通之疾。此处“宣导”一词，实为“导引”的同义词。再如《路史·前记》载：“阴康氏之时，水渎不疏，江不行其源，阴凝而易閟；人既郁于内，凑里滞着而多重膇，得所以利其关节者，乃制为之舞，教人引舞以利导之，是谓大舞。”《帝王统录》引《教坊记》亦有类似记载：“昔阴康氏，次葛天氏，元气肇分，灾诊未洱，民多重膇之疾，思所以通利关节，是始制舞。”这里所说的“舞”，就是导引术的雏形。其具有舒筋通脉的作用，是古人防治疾病的常用手段。
另有学者认为，导引术的产生与古人的狩猎活动有关。当时，人们在捕获猎物以后，披上兽皮，插上羽毛，模仿某些动物跳跃、飞翔的动作欢舞，以示庆祝。久而久之，他们发现这些动作有舒壮筋骨的作用，从而将其作为一种健身方法。长沙马王堆3号汉墓出土的大批帛书就存在导引图等内容。其以工笔彩绘44个人物全身像，按上下分4行排列，老少均有，男女各半。图中人物以坐式、站式、徒手、执械等不同姿势，模仿螳螂、鹤、龙、猿、熊等飞禽走兽的动作运动，说明当时的导引术已发展到相当高的水平。
20世纪50年代，医史学界提出的“劳动创造医学”成为当时被普遍认同的观点。劳动在人类起源和发展过程中具有巨大作用。正是由于劳动，人们才逐步获得了可用于治疗的砭石、骨针等，认识到植物、动物和矿物的性能，获得更多的医疗经验。
远古时期，古人生存环境恶劣。人们在劳动活动中，往往容易出现意外伤害，产生身体上的疼痛。出于本能，人们偶尔用手或者较为坚硬的石头，来按压疼痛的部位，疼痛有时会得到缓解。通过长期的劳动实践，古人将这一经验进行总结，并开始使用一些简单的手法及研磨的石器对疼痛点进行按摩，逐渐形成了按摩术和砭石疗法。针灸术的发现，也源自对石器的运用。当人们对石器的研磨有了一定的技巧后，便不再满足于体表的按摩揉压，开始制造各种各样更为尖锐的石器，研究侵入人体的治疗手段，取得了更好的治疗效果。这种疗法经过上千年的延续和发展，逐渐形成了现在的针刺疗法。另外，中医学灸法的形成，也与古人在劳动生活中对火的运用有关。中草药的运用，更与劳动生活息息相关，“神农尝百草”“伊尹创汤药”等神话传说向我们展示了中药汤剂的起源与劳动的关系。从某种意义上可以这样说：劳动创造了中医学。但这一观点不应绝对化，更不应忽视其他因素在中医学起源和发展过程中的作用。
总之，中医学的起源是一个漫长而又曲折复杂的过程，疾病的危害及人类固有的保护自己、消除病痛的本能给予医学的发生以最初的动力。人一开始就是在思维支配下活动的。他们能够把同疾病作斗争的经验积累起来，传递给后代，与动物单纯求生的本能有着质的差别。生产劳动及广泛的生活实践，深化着人们的认识，也深化着人们与疾病作斗争的经验，使人们不但更深入地认识疾病，而且拥有了医用器具及丰富的药物知识，使医学经验得以更好地积累。人类同疾病作斗争的需求及有意识地积累和传播医学知识，是中医学起源的真正缘由。在这一过程中，一些留心医学、善于总结医学经验、具有创造才能的优秀人物发挥着更大的作用。在这些优秀人物的努力下，医药卫生日益摆脱了巫术的制约而趋于独立发展。由于医疗技术水平不断提高，药物知识不断丰富，人们对疾病的认识也逐渐由鬼神观念走向客观探索，我国的医学理论也不断产生并逐渐发展。