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回顾人类历史的发展变迁轨迹，可以发现，人类对世界的认识是一个从整体到分化再到整体的过程，并在这样的方式中不断螺旋上升。早在古代，认知的发展就使课程出现了从整合走向分化的趋势，如西方古罗马和欧洲中世纪的“七艺”（文法、修辞、逻辑学、算术、几何、天文、音乐），我国的“六艺”（礼、乐、射、御、书、数）、“四书五经”等
。在工业化时代，分工思想深化到生产过程，并逐渐渗透到社会生活实践的各个领域。学科的产生是因为这些内容对人类生活十分重要，因此，需要专门加以研究和讨论，但后面因为各种原因，学科慢慢远离了生活，学科与学科之间的界限也越来越分明。社会建构主义者肯尼斯·J·杰根（Gergen, K.J.）从语言的情境性这一角度出发，指出当前学校教育的症结恰在于不同学科语言间存在隔阂，且学科语言与解决真实世界中问题的语言有着一条巨型鸿沟。因此他称面向“真实世界”的学习才是一种“负责任的学习实践”, “书本、数学和实验将不再是惩罚威胁之下必须跨越的栅栏，也不是他们为模糊的将来才开始的好生活铺垫基石”
。因此，每个学科现有的知识只是学生解决问题时可获取的资源和工具之一，而不再是系统学习的目的本身。这也意味着学习要打破学科的壁垒。
课程统整的历史最早可以追溯到19世纪时期德国心理学家赫尔巴特提出的“统觉类化”学说，即认为经验与知识的储存建立于类化的基础上，“统觉过程是把许多感觉散片结成整体”
，并依据这一原理提出了课程设计的“相关”（correlation）和“集中”（concentration）两个原则，这被视为课程统整的开端。而后英国教育家赫伯特·斯宾塞（Herbert Spencer）在1855年出版的《心理学原理》一书中提出了“合理机能整合论”，表明伴随着有机体神经系统和心理的复杂化而来的是越来越高级的机能整合
。其后齐勒尔（Ziller, T.）和威廉·赖因（William Rein）创造性地提出了以历史、文学和宗教为中心的“学科整合法”
，尝试将学校教育中割裂、分化的学科内容联结起来。他们的理论被归纳为知识本位（或以知识为中心）的课程统整理论。
20世纪早期，对课程统整影响最大的人物之一是约翰·杜威（John Dewey），他站在民主性应与儿童成长相平衡的立场上，否定了从科目出发，以历史、文学和宗教为中心的统整取向
，反对学科的人为区分而形成教育与生活的分立，提出“所有的学习都应来自一个大的共同世界中的关系。当儿童的生活与共同世界建立起不同、具体而主动的关系时，其学习自然趋于整合”
。杜威强调儿童的经验，认为学习与生活是相关联的，儿童和课程是相关联的，并创办了著名的实验学校——杜威学校（The Dewey School），在其中践行“学校即社会”、“做中学”的理念，将“主动作业”（active occupation）作为课程的组织中心，将科目视为儿童解决问题的资源，把活动作为连接儿童与科目内容之间的桥梁
。与杜威的观点相似，帕克·弗朗西斯·韦兰（Parker Francis Wanyland）主张儿童是学校和一切课程的主体，学校应该从儿童的自我活动出发，将课程设计整合为儿童自我活动的延伸，追求教学内容与儿童活动的相关、统一和整合
。他们的理论都是儿童本位（或以儿童为中心）的课程统整理论的代表。
20世纪30年代，进步主义教育运动进一步分化为两大阵营：一是关注学习者个体，重视以个人生活经验为核心的自我整合；另一个则将重心放在社会上，注重社会功能性知识，着眼于使学习者掌握社会活动所必需的知识技能。其中又分为“社会适应型”和“社会改造型”这两派
，前者主张由社会现状去寻找课程设计的目标，后者则认为学习的学术性目的是将其中的观念应用到真实的世界中，课程应该与社会广泛联系，应围绕当代重大社会问题来组织课程，创造民主的、参与的学习环境以培养学生的公民意识和民主意识，代表人物有迈克尔·阿普尔（Michael W.Apple）和约翰·史蒂文·曼恩（John Steven Mann）等，他们的理论被归纳为社会本位（或以社会为中心）的课程统整理论。
到20世纪50年代，课程领域已经出现了上述三种不同的课程统整取向：以约翰·弗里德里希·赫尔巴特（Johann Friedrich Herbart）、齐勒尔为代表的学科课程统整，以杜威为代表的儿童中心课程统整和以阿普尔为代表的社会中心课程统整，这些取向相互联系，都有一定的合理之处和借鉴价值。美国课程设计专家詹姆斯·比恩（James A.Beane）认为，真正意义上的统整课程即是以人为中心的、建构主义的、以主题呈现的超越学科的整体性的课程
，在此基础上更加全面系统地总结了课程统整的四个经典取向，即经验统整、社会统整、知识统整和课程设计统整，这标志着课程统整的研究走向成熟，在其之后的课程统整理论从本质上讲都没有超越他所提出的这四个取向。
20世纪80年代，联合国教科文组织（UNESCO）委托专家形成的一份专题报告《从现在到2000年教育内容发展的全球展望》（
The Contents of Education: A Worldwide View of their Development from the Present to the Year
2000）中，以“课程设计和学习过场组织中的平衡”为主题就课程统整问题进行了专门研究，概括性地阐述了“跨学科性”课程统整命题，并设计出了“课程计划的方法论框架”以实现课程统整。
至此，从分科课程走向综合课程的转变已经变成了一种趋势。随着知识经济的到来，教育的价值日益凸显，各国纷纷进行了统整课程的理论研究和实际改革，课程统整的方案呈现繁荣的现象，如英国公布“整体课程”方案，澳大利亚提出八个学习领域的报告，要求教师设计跨学科课程，培养学生的语言表达、研究、问题解决、个人和社会等能力，并都以大概念为统领，指向高度的可迁移性。
我国课程整合的发展历程最早可以追溯到1922年的学制改革。为了进一步培养学生的综合素养，改变原有僵硬、死板的课程，新学制将公民课、历史课和社会课整合为社会科，将国语课和外语课整合为言文科，将图画课、手工课和音乐课整合为社会科，将生理卫生课和体育课整合为体育科。然而由于当时社会经济发展水平的有限，教材资源和师资匮乏，这一制度实施的时间并不长。
新中国成立后，我国曾多次进行“综合课程”的尝试。1955年将已有的小学阅读课、作文课和写字课综合成语文课；1958年在中学也进行了类似的综合，将中国历史、世界历史和中国近代史综合为历史，将世界地理、中国地理和自然地理等学科综合为地理，将植物学、动物学和人体解剖学等学科综合为生物。这些整合虽然达到了减少课程类别的目的，但并未重新统筹和规划课程内容，并非真正意义上的课程整合。
20世纪70年代，香港地区开始了关于课程统整的理论和实践探索，在当地政府的鼓励下，学校进行了学科综合的创新措施，如1973年在中学阶段开设综合科学科目，1975年开设社会科。1992年，香港课程发展处提出一套“课程统整计划”，提出了平行学科设计、多学科设计和跨学科探究设计这三种课程统整的模式，旨在加强学校课程综合化的发展，消除学科之间被硬性划分的界限，增强学生学习的实用性和趣味性
。2001年，香港课程发展议会公布的《学会学习：终身学习，全人发展》中将课程划分为八个学习领域，课程组织由单篇到单元，教材处理由指定篇章到开放学习材料，上课模式从课堂教学到全方位学习、跨科学习。
与香港地区的改革类似但开始时间较晚，台湾地区在1996年完成教育改革总咨询报告后，确立了“开放”、“一贯”、“统整”的课程改革方向，提出积极统整课程，包括将中学阶段的历史、地理、公民学科统整为社会科领域，以及增加活动课程，将生活中的重要议题整合到教学活动中。1997年，台湾地区将科目本位的分科课程综合规划为“语文”、“健康与体育”、“数学”、“社会”、“艺术与人文”、“自然与生活科技”以及“综合活动”七大学习领域，并建议把当代社会有关信息、环境、两性、人权、生涯规划、家政和政治等新兴议题整合融入七大领域之中。之后于1998年公布的《基本教育九年一贯课程总纲要》正式将“课程统整”作为当前改革的重点与今后教育发展的方向。
20世纪80年代，跟随世界综合课程的脚步，以及意识到分科课程的不足，我国大陆也开始了综合课程的探索。一方面，学者将香港和台湾地区的课程整合实验，以及国外理论以学术论文和学术报告的形式引入大陆，小学阶段开始了类似的探索。另一方面，综合课程的实验研究如火如荼，形成热潮。1988年，为了改革义务教育阶段教学内容过多、过难的状况，促使学校教学与义务教育培养目标相适应，浙江省开始了综合课程教材改革的研究和实验。1991年，上海市在部分中小学试行新的课程方案，在部分学校开展社会学科的课程试验任务。1995年，广东省教育厅承担了国家教委的“高中综合课程研究和实践”的课题，开始启动普通高中综合课程研究与实验。
2001年，我国教育部颁布了《基础教育课程改革纲要（试行）》实施新一轮基础教育课程改革。其中在课程整合上提出了要实现学科课程目标上的整合，设置综合课程以及强调跨学科的学习方式，如探究学习、体验学习、合作学习等。