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当前实践领域中的跨学科统整存在诸多问题，主要表现在以下三个方面。
第一，在规划实施上，课程统整整体规划有所缺位 。课程统整是一个长期且全面的过程，从学校开始规划课程统整到后来的实施，都需要一个整体的规划，而不是跟风随大流，为了整合而整合。如果学校没有整体规划，那么教师就很难深入理解课程统整，难以深入研究课程标准与结构，难以厘清跨学科统整与学生能力发展的关系，容易简单认为跨学科统整就是把与本学科稍微相关的知识引入到自己的课堂中，或者将几门不同的学科知识简单地拼凑在一起，缺少了对课程结构整体一贯的设计。这样的跨学科整合不仅不能达到预期效果，还可能增加教师的工作压力和学生的学习负担。而由于学校的规划缺位，教师的学科背景、教学理念等存在差异，教师只关注自己任教学科的知识，相互之间很难达到良好的沟通与合作，从而会出现在统整过程中拒绝合作或是虚假合作的倾向。
第二，在课程目标上，跨学科统整游离于课程标准 。这是当下学校在进行课程统整时存在的最大问题之一。由于学校对课程标准的重视不够，教师对课程标准的理解把握不够，学校和教师在宏观的课程统整规划和具体的课堂教学实施中更多依靠的是原有的知识和教学经验，而不是国家的课程标准，只是简单将几门学科拼凑在一起并美其名曰“跨学科课程”，课堂看似热闹，形式或许新颖，但并不持久，也很难达到真正的育人目标和价值。如何按照国家课程标准的要求、基于课程标准设计跨学科统整课程从而促进学生学习，是一个亟待解决的问题。
第三，在课程评价上，缺乏有效评价 。无论是学科教学，还是跨学科教学，课堂中都或多或少存在着虚假学习的现象，这种虚假学习不仅表现在学习结果上，更表现在学习过程中。在跨学科统整中，教师倾向于设计丰富热闹的学习活动，象征性地开展小组合作、学生展示等环节，但对评价的重视程度不高，没有采取有效的评价来考察学生是否达到了预期的教学目标，判断学生是否发生了真正的学习。