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“脑为元神之府”，在人体生命活动中占主导地位。
1.脑主思维
思维是人体精神活动的一部分，包括认识并分析事物，做出判断，对不同的外界因素起喜、怒、悲、恐、忧、思、惊的反应，并通过机体本身进行调节，这些功能都由脑所主宰。《说文解字》云：“思，容也。从心，囟声。凡思之属皆从思。息兹切。”《说文解字注》云：“思，睿也……从心，从囟。”说明东汉时代已经认识到“思维”主要与囟（脑）有关。《素问·调经论》云：“志意通，内连骨髓，而成身形五脏。”这就是说，肾藏志，志连骨髓，进而入脑，根据前文所论脑之真气下降，激发于肾才能志意通，可知志意由脑所主。《灵枢·本脏》说：“志意者，所以御精神、收魂魄、适寒温、和喜怒者也。”这里“御（统管）、收（收聚）、适（调适）、和（调和）”都是思维的作用，表明人的精神、动作、适应外界寒温变化的能力、情志等都由志意所统，也即是说人体对客观世界的认识、记忆、觉察、分析、判断等都由志意所统，也即是由脑所统。故《素问·气交变大论》曰：“善言天者，必应于人；善言古者，必验于今；善言气者，必彰于物。”表明认识过程即从感性到理性、从低级到高级的认识运动是脑“因虑处物”的结果，即思维的结果。
2.脑主感觉
对客观事物的感觉认知，属于人类认识客观世界的初级阶段，即感性认识阶段。认识过程中的感知活动，包括感觉和知觉两部分。感觉是认识的开端，而知觉则是感觉的深化，即对事物整体关系的认识。人体最敏感的感知器官是耳、目、口、鼻等，关于脑与耳、目、口、鼻诸窍的关系需要强调的是：其一，窍窍通于脑，而每一窍都有赖于脑神的作用；《脾胃论》引张洁古语云：“视听明而清凉，香臭辨而温暖，此内受脑之气而外利九窍者也。”其二，各窍所得信息都必然反映于脑，《医林改错》云：“两耳通于脑，所听之声归于脑……；两目系如线长于脑，所见之物归于脑……；鼻通于脑，所闻香臭归于脑。”说明人在清醒状态下，以视、听、嗅等感官接受客观条件刺激，反映于脑，并产生相应的感觉和运动。其三，《医学原始》云：“耳、目、口、鼻聚于首，最显最高，便于接物，耳、目、口、鼻之所以导入，最近于脑，必先以脑受其象而觉之，而寄之，而存之也。”这里“觉之”“寄之”“存之”，就反映了类似现代生物学所说的神经反射机制。
3.脑主记忆
《春秋纬元命苞》云：“脑之为言在也，人精在脑。”《尔雅·释诂》云：“在，存也，察也。”在，就是存在，意为客观事物反映到五官，通过五官而进一步反映到脑，得以存储记忆，故事物虽已过去而犹若存在。人之精明在脑，因而存记忆功能。这表明两千多年前国人已明确提出脑有记忆功能。《本草备要》云：“人之记忆，皆在脑中。小儿善忘者，脑未满也；老人健忘者，脑渐空也。凡人外见一物，必有一形影留于脑中。”故《医林改错》曰“灵机记性在脑”。
4.脑主运动
运动是生命存在的形式，举凡目视、足步、掌握、指摄以及肢体各种运动，都与肝功能有关，亦与脑有关，而且由脑所统帅。这是因为：其一，感知的过程由脑所主，已在前述。其二，“罢极之本”，虽然与肝主筋及筋膜有关，但“罢极”之源必是脑元神作用的结果。其三，髓海有余、不足均会对运动产生影响。如《灵枢·海论》云：“髓海有余，则轻劲多力，自过其度。髓海不足……胫疫眩冒，……懈怠安卧。”肢体轻劲多力与懈怠安卧是运动的一种形式。《存存斋医话稿》用“脑散动觉之气”来说明脑通过“筋”与肢体各部联络而主导其运动：“脑散动觉之气，厥用在筋，第脑距身远，不及引筋以达百肢。复得颈节脊髓，连脑为一，因遍及焉。脑之皮分内外层，内柔外坚，既以保身气，又以肇始诸筋，筋自脑中者六偶，独一偶腧颈至胸……又从膂髓出筋十二偶，各有细路旁分，无肤不及。其与皮肤接处，稍变似肤，始缘以导气入肤，充满周身，无弗达矣。筋之体，瓤其里，皮其表，类于脑，以脑与周身之要约。”王清任联系到病理而加以阐述：“人左半身经络上头面而从右行，右半身经络上头面从左行，有左右交叉之义。”又说脑病时“气亏则半身不遂”（《医林改错》）。这就说明脑病则易见肢体或生命运动失调诸症。
5.脑主五志
人类的情志活动是机体对外界精神刺激或既往刺激做出的相应的反应和调节。“五志”是指喜、怒、思、忧、恐五种情志而言。为什么说五志由脑所主呢？其一，从位置上看，脑位象天而御五位。《素问·天元纪大论》云：“天有五行御五位，以生寒暑燥湿风；人有五脏化五气，以生喜怒思忧恐。”由于脑位于头而象天，主五脏之神而统五志，所以《内观经》指出：“（神）在头，曰泥元君。总众神也，照生识神，人之魂也。司命处心，纳心源也，元英居左，制三魂也；白元居右，拘七魄也；桃核住脐，保精根也。昭诸百节生百神也。所以周身神不空也。元气入鼻，灌泥丸也，所以神明、形固安也。运动住止，关其心也。所以谓生有油然也。子内观之，历历分也。”只有脑主七情（五志）正常，五脏才能顺应安和而有正常生理气化。反之，七情太过或不及都可导致脑病和五脏六腑不和的病变。其二，从功能上看，五志由元神所主。情志（五志）与元神密不可分，情动于外而神舍于内，情志的变化依赖于元神的运帷。二者在生理上互为寄托。五志由元神所主，神气有余，内舍职守，则能驾驭情志，使其反应适中，无太过也无不及。二者在病理上常可互为因果，五志伤常是病变的因素，元神伤是病变的结果。由此可见，强调脑主五志是有实际意义的。
1.髓养骨
《素问·五脏生成论》云：“肾之合骨也，其荣发也。”髓藏于骨腔之中滋养骨骼，骨骼得髓之滋养而坚固有力。
2.髓养脑
“脑为髓之海”，脑之泥丸、沟回，皆赖髓养。故人之意识思维、精神活动皆与髓有密切关系。
3.髓养督、脊
督脉，贯脊属肾。督脉是“精气升降之道路”（《杂病源流犀烛》），由髓、精所养，“脑为髓海，乃聚髓之处，非生髓之处，究其本源，实由肾中真阴真阳之气，酝酿化合而成，缘督脉上升而贯注于脑。”（《医学衷中参西录》）这就是说，髓不但养脑，而且养骨、养督、养脊。