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1.脑的解剖位置
中医学认为脑位于颅内，由髓汇合而成，并以抽象而朴素的认识观点对脑的内部结构做了形象的描述。《灵枢·海论》云：“脑为髓之海，其输上在于其盖，下在风府。”盖，指位于头顶中央督脉之百会，说明脑位于头颅中。《素问·五脏生成》曰：“诸髓者，皆属于脑。”表明脑为髓汇聚之处。现代解剖学认为颅内有两个半球，左右对称，包括延脑、脑桥、中脑、小脑、间脑、脑室、大脑皮层等内部结构。与之相应，古代中医学认为脑内有九宫。五代时内丹家（气功家）烟萝子在《内镜》头面脏腑形色观中著图说明其内部结构，即“眉间入三分为双丹田，入骨际三分为台阙，左青房，右紫户，眉间却入一寸为明堂，却入二寸为洞房，却入三寸为丹田，亦名泥丸宫。却入四寸曰流珠宫，却入五寸为玉帝宫，明堂上一寸曰天庭宫，洞房直上一寸曰极真宫，丹田直上一寸曰丹玄宫，流珠上一寸曰太皇宫。九宫各有神居之”。
2.脑的解剖生理
古代医家已认识到脑组织的柔软特性，形象地称之为“泥丸”，同时初步认识到脑的主要生理功能是主神，主宰人体生命活动。宋代《颅囟经》云：“元神在头，曰泥丸，总众神也。”宋·白玉蟾曰：“唯人头有九宫，中一宫名曰谷神。”这里的谷神即元神。《黄庭内景经·至道章》曰：“泥丸百节皆有神。”“脑神精根字泥丸。”“一面之神宗泥丸。”梁丘子曰：“脑中丹田，百神之主。”这里的丹田即指泥丸宫，说明九宫之中泥丸最为重要。“头有九宫，脑有九瓣”，实际上已勾画出脑的沟回状态。《修真十书》在解释天脑为泥丸时曰：“天脑者，一身之宗，百神之会，道合太玄，故曰泥丸。”泥丸为脑之中心，掌管全身精神意识活动，故《指玄篇·修仙辨惑论》曰：“是以头有九宫，上应九天，中间一宫谓之泥丸，又曰黄庭，又名昆仑，又名天谷。其名颇多，乃元神所住之宫，其空如谷，而神居之，故谓之谷神，神存则生，神去则死。日则接于物，夜则接于梦，神不能安其居也。”
中医认为脑由阴津物质所构成，它形成于诸器官形成之先，肾精为脑髓形成的原始物质，故中医有“肾精脑髓统一”之说。《灵枢·经脉》曰：“人始生，先成精，精成而脑髓生。”全元起注解《素问》第四十七篇时曰：“人先生于脑，缘有脑则有骨髓。”彭用光《体仁汇编》曰：“肾受精气故神生焉，传曰：聚精会神此也。”唐容川《内经精义》曰：“益肾生精，化为髓，而藏之于脑中。”蔡陆仙《中国医药汇海》曰：“脑髓生于肾精。”“精足则髓足，髓足则脑充。”朱沛文更详其说：“夫居元首之内，贯腰脊之中，统领官骸，联络关节，为魂魄之穴宅，性命之枢机者，脑髓是也。……又谓肾为藏精之府，其曰精成而脑髓生者，谓肾精成而脑髓生也。”金正希云：“人之灵机记性皆在于脑。小儿精少脑未满，老人精虚脑渐空，故记性皆少。脑原于肾，非明证乎！”这些都形象生动地勾画出肾精-髓-脑的关系。肾精所化生的脑髓，其生长发育及功能发挥有赖于五脏六腑之精，特别是脾胃生化的水谷精微的充养。《灵枢·五癃津液别》云：“五谷之津液和合而为膏者，内渗入于骨空，补益脑髓。”《灵枢·决气》曰：“谷入气满，淖泽注于骨，骨属屈伸，泄泽补益脑髓，皮肤润泽。”《灵枢·平人绝谷》云：“神者，水谷之精气也。”《素问·六节藏象论》曰：“津液相成，神乃自生。”表明脑髓赖水谷精微之所充，脑髓之功能“神”也赖水谷精微之所化。
脑与髓相连合称脑髓，脑髓以脑为主，髓为次。髓不仅连脑养神，还与五脏六腑、四肢百骸相通，为脑与全身各部联结的要约。《灵枢·海论》曰：“脑为髓之海。”明·李梃《医部全录》曰：“脑者，髓之海，诸髓皆属于脑，故上至脑，下至骨骶，皆精髓升降之道也。”清·王清任《医林改错》曰：“精质之清者，化而为髓，由脊骨上行入脑，名曰脑髓，盛脑髓者，名曰髓海。”
脑系是指脑生理功能发挥的物质结构基础及联络系统，其组成包括三个方面。
第一，诸髓皆属于脑，脑-髓-脊髓为脑系的解剖生理基础。关于“髓”的本义，《说文解字》中指脑髓，即“颅骨中脂”。这与《黄帝内经》中“五谷之津液和合而为膏者，内渗入于骨空，补益脑髓”之说相符。其不同之处在于，《黄帝内经》时代对髓的理解比较混乱和笼统，而《说文解字》时代对髓的认识渐趋统一，即脑髓是髓的本义，而脊髓、骨髓均是髓的引申义。中医认为“髓”依其所藏部位不同而有三种：一为脊髓，髓藏于脊则为脊髓。脊髓（包括脊椎管）乃奇恒之腑中所说之“髓”，因为奇恒之腑中将脑、髓、骨并列，其中脑即包含脑髓，骨即包含骨髓，髓当然只能是脊髓。此外《素问·刺禁论》曰：“刺脊间，中髓为伛。”王冰注解：“脊间，谓脊骨节间也。伛，身蜷屈也。”脊髓在脊椎管内，而且与运动有关。二为脑髓，髓藏于脑者为脑髓。诸髓皆属于脑，指髓隶属于脑，脑髓为诸髓的总指挥。这是因为“脑为髓海”，脊髓通于脑。《难经·二十八难》云：“督脉者，起于下极之俞，并于脊里，上至风府，入属于脑。”风府以下是为脊椎管，骨内之髓，是为骨髓，骨髓与脑髓相通。宋·邵壅（1011—1077）在《观物外篇》中云：“今视藏象，其脊骨中髓，上至于脑，下至于尾骶，其两旁附肋骨，每节两向，皆有细络，一道内连腹中，与心肺缘及五脏相通。”这进一步说明了脑、髓、脊髓之间的纵向联系，同时可见一千年前我国医家已经能细致观察并比较正确地认识中枢及周围神经系统的结构与联系，这与西方对神经系统的认识非常接近。三为骨髓，藏于脑、脊之外而居于骨腔中的髓为骨髓。“骨者，髓之府”，“髓者，骨之充”。骨髓与脑髓同由肾精化生，故有一定的生理联系。
第二，经络是脑-髓-脊髓系统气血津液运行及功能联系的通道。中医认为肾精为脑髓形成的原始物质，而其生长发育及功能发挥有赖五脏六腑之精特别是脾胃生化的水谷精微。足太阳膀胱经作为十二经中唯一直接入络脑的经脉，在联系脑与肾、脾胃方面发挥着至关重要的作用。其一，足太阳膀胱经直接连络脑与肾，是“肾生髓”“脑为髓海”的生理基础。如《灵枢·经脉》曰：“膀胱足太阳之脉……其直者，从巅入络脑，还出别下项……挟脊抵腰中，入循膂，络肾……”其二，足太阳膀胱经还在眼部与胃经相交会，是脾胃生化的水谷精微经过目而入脑的通道之一，如《灵枢·经脉》曰：“胃足阳明之脉，起于鼻，交
中，旁约太阳之脉……膀胱足太阳经之脉，起于目内眦，上额交巅……从巅入络脑。”其三，在功能联系上，膀胱经背部第一侧线的穴位就是脑髓、脊髓功能联系的具体体现，这与现代神经解剖学的中枢神经、脊神经的关系不谋而合。
此外，督脉在脑系组织中具有特殊的地位。其一，督脉直接连通脑髓与脊髓，为精髓出入于脑的通路。《难经·三十八难》曰：“督脉者，起于下极之俞并脊里，上至风府，入属于脑。”下极之俞指脊柱的下端，风府为脊髓和脑髓的分界，脊里指脊椎管中的脊髓，表明督脉纵贯整条脊髓，并连通脑髓，直接输送精髓充实于脑。张锡纯也在《医学衷中参西录》中说：“肝肾充足则自脊上达之督脉必然流通，督脉者又脑髓神经之所也。”其二，督脉总督诸阳气上于脑，为全身功能活动与脑联系的要道。“头为诸阳之会”“督脉统领一身之阳”，“阳”在此除了指通常所说的阳经外，还指“功能活动”，表明督脉是脑指挥人体各种功能活动（感知上传、指令下传）的重要路径。
第三，高位经脉交叉。《灵枢·经筋》曰：“足少阳之筋……维筋急，从左之右，右目不开，上过右角，并跷脉而行，左络于右，故伤左角，右足不用，命曰维筋相交。”“手阳明之筋……上左角，络头，下右颔。”《灵枢·经脉》曰：“大肠手阳明之脉……从缺盆上颈，贯颊，入下齿中，还出挟口，交人中……左之右，右之左，上挟鼻孔。”《医林改错》也说：“人左半身经络上头面而右行，右半身经络上头面而左行，有左右交叉之义。”这里的“维筋相交”“左右交叉”，中医称为高位经脉交叉，表明两千多年前中医已经发现了中枢神经系统交叉支配的现象。