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人体是一个统一的整体，其生命活动必须时刻处在动态的对立统一平衡之中。脑作为人体的生命中枢“元神之府”，“总众神”，在这个过程中发挥着主导作用。
在中医领域，脑与脏腑的关系是争议最大的问题。由于受历史的局限，包括古代哲学、历史学、文学及朴素的认识论等因素的影响，传统中医过分强调五脏系统，用五脏系统来统括全身功能（包括脑功能），而忽视了脑的作用。这也成为一直以来外界认为“中医不科学”的最大理由。我们认为这其中包含有古人认识上的偏差及后人理解上的偏差。
1.脑为“元神之府”，“总众神”，统领五脏
中医学中的“神”，就广义而言，是泛指统帅一切功能活动的能力和生命活动的外在象征，当然也包括精神意识思维及情志活动。中医认为凡具有“藏精气而不泻”功能的脏都具有藏神的作用。也就是说，五脏具有藏神作用，故有“五神脏”之称，而脑亦不例外。神、魂、魄、意、志是中医学对人的精神意识思维活动的高度概括，也是五脏所藏之神的类别。其分类的依据实际上是它们之间的体用关系。《灵枢·本神》曰：“心藏脉，脉舍神。”“肝藏血，血舍魂。”“肺藏气，气舍魄。”“脾藏营，营舍意。”“肾藏精，精舍志。”血、营、脉、气、精是载体，神、魂、魄、意、志是作用体现。也就是说，神、魂、魄、意、志必须依赖五脏所化生的各种营养物质的滋养，才能正常发挥作用。如心藏神与心主血脉是体用关系，脑发挥正常作用必须有心提供的足够血液，缺血会影响脑的意识思维，严重时甚至可造成神志丧失而危及生命。故《灵枢·营卫生会》云：“血者，神气也。”因为心主血脉，所以才有心藏神之用；因为心主全身之血脉，所以才有心为五脏六腑之大主而主神明之谓。正如《医学衷中参西录》所说；“人之神明有体用，神明之体藏于脑，神明之用出于心。”关于人的情志活动也是如此，《素问·天元纪大论》云：“天有五行御五位，以生寒暑燥湿风；人有五脏化五气，以生喜怒思忧恐。”此外，古人还根据对临床病症的观察来推测脑与脏腑的关系，他们发现情志太过致病可伤及五脏并出现相应临床症状，故有“怒伤肝、喜伤心、悲伤肺、思伤脾、恐伤肾”之说。
古人根据五脏系统与脑功能之间的体用关系及长期临床观察，同时为了对应五脏配五行的古代哲学观，机械地将人的精神意识思维活动及情志活动分为五种以对应五脏，这在当时的历史条件下是难能可贵的，具有三方面的重要意义：第一，发现了人脑与脏腑在功能上是密切联系的，精神思维与情志活动依赖五脏所化生的各种营养物质的滋养，同时又影响脏腑的功能。第二，鉴于精神情志活动对脏腑功能的影响，调节情志就成为中医养生康复的重要内容。第三，强调了五脏对脑的作用，从脏腑来治脑病，这在当今仍然有很强的现实意义，如疏肝解郁治疗抑郁型精神病、清胆泻火治疗失眠多梦、补益心脾之血治疗失眠健忘等；此外，西医的肝性脑病、肺性脑病从肝肺来治均为例证。
后来有些医家将古人的话作为圣典，片面地、错误地理解成人的精神意识思维活动及情志活动由五脏产生、五脏所主导。此观点长期在中医经典理论中占主导地位，导致中医长期忽略对脑的研究。现在我们撇开这种片面的认知，正本清源，可以看出中医从古至今对脑与脏腑的关系是有很多正确认识的。
一是从“神”的角度来看：前面我们说过中医根据体用关系、按照五脏的配属，认为神、魂、魄、意、志分属于五脏，将它们列入“五神脏”之“神”的范畴。但《春秋元命苞》曰：“头者，神所居。”《黄帝内经太素·厥头痛》曰：“头为心神所居。”《三因极一病证方论·头痛证治》曰：“头者，诸阳之会，上丹产于泥丸宫，百神所聚。”《颅囟经》《内观经》均指出脑“总众神也”。可以看出古人早已认识到脑才是各种精神意识活动产生的场所，“总众神”表明脑是全身所有“神”的统帅，脑神统帅着包括心神在内的五脏神，从而协调控制诸脏器，保证机体高度有序性。正如《医学衷中参西录》所云：“人之神明有体用，神明之体藏于脑，神明之用出于心。”“然其所注重在脑中元神，不在心中识神。”
二是从脑和脏腑的功能来看：中医认为“神即气也”，气即是阳气（气属阳），代表功能。《素问集注》认为“神气，五脏之阳气”，而“头为诸阳之会”，“督脉统领一身之阳”，表明五脏之阳根于肾而通于脑。换句话说，五脏神气就是五脏阳气，代表着五脏功能的外在表现，五脏的一切功能活动都由脑来统帅指挥，脑才是全身各脏腑功能活动及精神活动的最高中枢。
综上所述，脑有着远比其他五脏更为重要的地位。针对“心主神明”论者所依据的两条原文，《素问·灵兰秘典》“心为君主之官，……主不明则十二官危”和《灵枢·邪客》“心为五脏六腑之大主”，明·赵献可早已提出质疑：“玩内经注文，即以心为主，愚谓人身别有一主，非心也，谓之君主之官，当与十二官平等，不等独尊心之官为主，若以心之官为主，则下文云主不明则十二官危，当云十一官矣。”（《医贯》）尔后，冉雪峰又补充说：“是十二官皆秉无上玉清的脑，十二官不得相失，十二官与脑更不得相失。”《灵枢·邪客》是在解答“少阴独无输”道理时，从心主血脉功能来说明心不受邪、邪不能客的特殊性，从而证明心在五脏中确有特殊地位，但不能作为主神明的依据。所以理解“心主神明”只能从五神脏角度，从脏腑与脑的体用关系去理解，而决不能本末倒置，忽视脑的主导作用。
2.脑与脏腑的联系途径是经络
《灵枢·海论》说：“夫十二经脉者，内属于腑脏，外络于肢节。”《灵枢·邪气脏腑病形》说：“十二经脉，三百六十五络，其经气皆上于面而走空窍。”这里的空窍包括颅腔脑髓及面部五官。《针灸大成》记载：“首为诸阳之会，百脉之窍，……百脉皆归于头。”《备急千金要方·灸法门》曰：“头者，人神所注，气血精明，三百六十五络上归头。”表明内属脏腑的十二条经脉，其经气均通过头面而联系脑。以上文献说明早在两千多年前古人已正确认识到了脏腑与脑的经络联系。关于脑与脏腑的关系，经络理论远比脏腑理论接近现代对神经系统的认识。