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通过针刺、艾灸等方法刺激穴位，可以疏通经络、调节气血、平衡阴阳，从而达到扶正祛邪的目的。在治疗上，穴位的作用主要有以下3个方面。
这是一切穴位（包括十四经穴、奇穴、阿是穴）主治作用的共同特点。这些穴位均能治疗该穴所在部位及邻近部位及邻近组织、器官的病证。如眼区的睛明、承泣、四白、球后各穴，均能治眼病；耳区的听宫、听会、翳风、耳门诸穴，均能治疗耳病；胃部的中脘、建里、梁门诸穴，均能治疗胃病等。
这是十四经穴位主治作用的基本规律。在十四经穴位中，尤其是十二经脉在四肢肘、膝关节以下的穴位，不仅能治局部病证，而且能治本经循行所涉及的远隔部位的组织、器官、脏腑的病证，有的甚至具有影响全身的作用。如合谷穴，不仅能治上肢病证，而且能治颈部和头面部病证，同时能治外感病的发热；足三里穴不但能治疗下肢病证，而且对调整消化系统的功能，甚至对人体免疫功能、神经系统和内分泌系统等各方面都具有调节作用。
穴位的治疗作用还表现在对机体的双向良性调整作用。如泄泻时，针刺天枢能止泻；便秘时，针刺天枢又能通便。心动过速时，针刺内关能减慢心率；心动过缓时，针刺内关又可使之恢复正常。针刺足三里可使高血压患者降低血压，又可使休克患者血压升高。此外，穴位治疗作用还具有相对的特异性，如大椎退热，至阴矫正胎位等，均是其特殊的治疗作用。