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根据《第一次全国水利普查公报》，2011 年全国流域面积 50 千米 2 以上河流共 45 203 条，总长度达 150.85 万千米；流域面积 100 千米 2 以上河流共22 909 条，总长度达 111.46 万千米；流域面积 1 000 千米 2 以上河流共 2 221条，总长度达 38.65 万千米；流域面积 10 000 千米 2 以上河流共 228 条，总长度达 13.25 万千米。常年水面面积 1 千米 2 及以上的天然湖泊共 2 865 个，湖泊水面总面积 7.8 万千米 2 （不含跨国界湖泊境外面积）。其中淡水湖 1 594 个、咸水湖 945 个、盐湖 166 个，其他湖泊 160 个。
根据《2017 年中国水资源公报》，对全国 24.5 万千米的河流水质进行评价，Ⅰ ~ Ⅲ类水质河长占 78.5%，劣Ⅴ类水质河长占 8.3%，主要污染项目是氨氮、总磷和化学需氧量（ COD）。对全国 123 个湖泊共 3.3 万千米 2 水面进行了水质评价，全年总体水质Ⅰ ~ Ⅲ类的湖泊 32 个，占 26%，劣Ⅴ类湖泊24 个，占 19.5%，主要污染项目是总磷、化学需氧量和五日生化需氧量。
江河湖泊具有重要的资源功能、生态功能和经济功能。河湖管理保护是一项复杂的系统工程，涉及上下游、左右岸、不同行政区域和行业。近年来，各地积极采取措施，加强河湖治理、管理和保护，在防洪、供水、发电、航运、养殖等方面取得了显著的综合效益。但是在经济社会快速发展的同时，没有充分考虑水资源、水生态、水环境承载能力，导致水资源短缺、水生态损害、水环境污染的问题不断累积、日益突出，已经成为常态问题。
浙江湖州长兴县位于太湖流域，境内河网密布，水系发达，有 547 条河流、35 座水库、386 座山塘。得天独厚的水资源，造就了长兴县因水而生、因水而美、因水而兴的文化特质。但在 20 世纪末，这个山水城市在经济快速发展的同时，也给生态环境带来了“不可承受之重”，污水横流、黑河遍布成为长兴人的“心病”。
2003 年 10 月，长兴县委办公室下发文件，在全国率先对城区河流试行河长制，由时任水利局、环卫处负责人担任河长，对水系开展清淤、保洁等整治行动，水污染治理效果非常明显。2004 年，河长制经验向农村延伸，由行政村干部担任河长。此时的河长还只是一个负责人的概念，不是现在意义上的河长，没有真正形成一种制度。
2007 年 5 月，太湖暴发的严重蓝藻污染，造成无锡全城自来水污染。生活用水和饮用水严重短缺，超市、商店里的桶装水被抢购一空。8 月，无锡市针对太湖污染严重的问题，改革水生态管理体制，创造性地推出河长制度。2008 年，江苏省政府办公厅印发了《关于在太湖主要入湖河流实行双河长制的通知》，确定了 15 位省厅级领导与地方官员共同担任两级河长，负责 15 条河流的水污染防治，开始在太湖流域推广河长制，以加强推进水污染治理工作。9 月，无锡市印发了《中共无锡市委、无锡市人民政府关于全面建立“河（湖、库、荡、氿）长制” 全面加强河（湖、库、荡、氿）综合整治和管理的决定》，明确规定了“河长”的管理工作职责。2012 年 9 月，江苏省政府办公厅下发《全省河道管理河长制工作意见》，河长制开始在江苏全省范围内得到推广。2013 年 11 月，浙江省委、省政府印发了《关于全面实施“河长制”，进一步加强水环境治理工作的意见》，要求到 2013 年底，实现“河长制”省、市、县、镇（乡）四级全覆盖。浙江成为继江苏之后第二个全面推广河长制的省份。
中共中央、国务院高度重视水安全和河湖管理保护工作，中国共产党第十八次全国代表大会首次将生态文明建设作为“五位一体”总体布局的一个重要部分，而后提出了一系列生态文明建设特别是制度建设的新理念、新思路、新举措。在浙江“河长制”成功经验的基础上，2016 年 11 月 28 日，中共中央办公厅、国务院办公厅以厅字〔2016〕42 号文印发了《关于全面推行河长制的意见》；12 月 10 日，水利部、环境保护部以水建管函〔2016〕449 号文印发了《贯彻落实﹤关于全面推行河长制的意见﹥实施方案》；12 月 13 日，水利部、环境保护部、发展改革委员会、财政部、国土资源部、住房城乡建设部、交通运输部、农业部、卫生计生委员会、林业局联合召开视频会议，学习中共中央办公厅、国务院办公厅《关于全面推行河长制的意见》要求，总结交流各地河长制成功经验，动员部署全面推行河长制各项工作。
2017 年 12 月 26 日，中共中央办公厅、国务院办公厅以厅字〔2017〕51号文印发了《关于在湖泊实施湖长制的指导意见》，在河长制的基础上提出湖长制，水资源管理与保护工作全面覆盖河流湖泊水域。
在中共中央国务院一系列文件的指引下，各省各地也纷纷出台了相关文件，进一步落实河长制、湖长制。如 2017 年 5 月 9 日，中共广东省委办公厅、广东省人民政府办公厅以粤委办〔2016〕42 号文印发了《广东省全面推行河长制工作方案》；2017 年 6 月 19 日，广东省水利厅、环境保护厅以粤水办函〔2017〕1171 号文印发了《贯彻落实﹤广东省全面推行河长制工作方案﹥实施意见》，指导省内各部门、各地市落实河长制相关工作。
截至 2018 年 6 月，全国 31 个省（区、市）所有江河明确了省、市、县、乡四级河长，共30多万名，其中省级领导担任河长的有402人，包括59位省、区、市党政工作的主要负责人。另外，29 个省（区、市）把河长体系延伸到了村一级，设立了 77 万多名村级河长，实现了五级河长体系全覆盖。全国各级河长人数加在一起叫作“百万河长”，这也打通了河长制的“最后一公里”。
2018 年 6 月，全国 2 865 个 1 千米 2 以上的湖泊，除了少数在高原和无人区的湖泊外，已经有 2 608 个设立了湖长，覆盖率约 90%。1 千米 2 以下的，有 2 748 座湖泊设立了湖长。截至 2018 年底，全国一共设立了省、市、县、乡四级湖长 2.4 万名。