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水资源保护需要根据经济、社会发展的要求，在考虑客观条件下，分析并提出水质、水量、水资源利用等水环境方面的问题，同时还要明确问题的根源，进而确定水环境目标，做出水环境功能分区，最后提出保障措施和实施方案。
以《珠江水资源保护规划（2016—2030 年）》为例。
珠江流域水质、水生态现状与水资源保护管理及监测状况现存问题如图2-2 所示。
图 2-2 水资源保护现状
围绕“维护河流健康，建设绿色珠江，着力打造流域水生态文明建设典范”的总目标拟定近期、远期目标。
到2020 年，珠江主要江河湖库水功能区水质明显改善，水功能区水质主要控制指标达标率提高到 90%，城镇集中式饮用水水源地水质达标率提高到93%以上，地下水超采得到有效遏制，集中式地下水饮用水水源地水质安全达标，规模以上入河排污口得到有效监控，水源涵养区、江河源头区等重要生态功能区得到有效保护或修复，受损的重要地表水和地下水生态系统得到初步修复，主要江河湖泊水生态系统得到基本保护。
到2030 年，珠江江河湖库水功能区水质达标率提高到 95%以上，城镇集中式饮用水水源地水质基本达标，规模以上入河排污口布局合理、得到有效整治和监控，受损的重要地表水生态系统得到基本修复，地下水超采得到有效治理，地下水水质得到有效保护，江河湖泊水生态系统得到有效改善。
规划从水资源开发、利用、保护整体利益出发，从流域上、中、下游发展状况考虑，提出三个类型的保护要求和布局，分别为预防保护带（六带）、控制保护片（六片）与治理保护区（三区）。
每一类型侧重点不同，视具体情况制订养源、清廊、净网的保护要求，科学设计生态保护红线，开展生态文明建设，着力构建珠江水资源保护与河湖健康保障体系，推动流域社会经济与水资源、水环境可持续协调发展。
养源——涵养流域的水源，保护源头水，打造青山绿水流域后花园。
清廊——修复河流通畅的清水廊道，保护河流水生生境多样性，打造流域中下游生态山水画廊。
净网——净化流域污染河段河网，通过限制纳污和综合整治，打造流域人水和谐生态文明的城市群和网河区。
水功能区水质保护的主要任务是落实最严格水资源管理制度和《水污染防治行动计划》，加强水功能区限制纳污红线管理，从严核定纳污能力，提出分区域、分阶段的水功能区限制排污总量控制方案，严格控制入河湖排污总量，指导陆域污染物科学减排。
2020 年，规划范围内珠江江河湖泊水功能区COD、氨氮限排总量分别控制在 109.69 万吨/年、7.26 万吨/年以下，COD、氨氮限排总量较现状入河量分别减少 28.77 万吨、5.43 万吨，降幅分别为 20.78%、42.79%，水功能区水质达标率达 90.3%，满足水功能区限制纳污红线主要控制指标（不低于90%）的要求。
2030 年，规划范围内水功能区COD、氨氮限排总量分别为 105.13 万吨/年、5.98 万吨/年，COD、氨氮限排总量较现状入河量分别减少 33.33 万吨、6.71 万吨，降幅分别为 24.1%、52.9%，水功能区水质达标率达 95.5%，满足水功能区限制纳污红线主要控制指标（不低于 95%）的要求。珠江尤其是珠江三角洲和南北盘江的氨氮削减任务仍然较重。
首先，分析现有饮用水源保护区合理性，有必要则重新进行饮用水源保护区划分；其次，对饮用水源保护区建设隔离防护与宣传警示工程、污染综合整治工程、水源地生态保护与修复，以及应急备用水源保障工程。
以水功能区划及纳污限排总量要求为依据，合理规划入河排污口的空间布局，全面整治已有入河排污口，着力加强排污口的监督管理，力争用 5~10年的时间，逐步实现科学合理的入河排污口布局，实现与江河湖泊水功能区纳污能力相适应的污染物排放格局。明确不同行业、不同规模排污口的整治要求，严禁直接向江河湖库排放超标工业和生活废污水，取缔饮用水源保护区内的排污口。对入河排污口布局问题突出、威胁饮水安全或水质严重超标区域的排污口，实施截污导流、湿地生态处理等入河排污口的综合整治。
（1）全面控制地下水污染源。持续削减影响地下水水质的城镇生活污染负荷，控制城镇生活污水、污泥及生活垃圾对地下水的影响。强化重点工业污染防治，加强重点工业行业地下水环境监管，防范石油化工行业、地下工程设施或活动污染地下水。开展控制工业尾矿库等地下水污染防治示范工作。分类控制农业面源污染，严格控制污水灌溉对地下水造成污染。
（2）积极开展地下水污染处置。开展典型地下水污染场地处置，包括工业危险废物堆存、垃圾填埋、矿山开采、石油化工行业生产等区域。严格控制海水入侵易发区地下水开采。切断废弃钻井、矿井、取水井等地下水污染途径。研究相应的污染土壤治理措施。
珠江地下水开采以供给生活和工业用水为主，地下水超采治理措施以生活和工业节水替代地下水开采为主，结合流域水资源调配方案，通过降低供水管网漏损率、提高工业和城镇生活用水效率、加大非常规水源利用和实施水源置换等措施实现地下水超采治理。
坚持山水林田湖草系统治理的理念，按照自然恢复为主、人工修复相结合的原则，以流域为单元，开展河湖水系系统保护。规划至 2030 年，重点实施生态流量保障、水源涵养、重要生境保护与水生生物养护、河岸带与湖滨带保护与修复、江河湖库水系连通、湿地生态保护与修复、河湖综合治理七大类型保护工程 163 处。
按照全面实施河长制、湖长制的要求，合理规划监测站网布局，完善监测站网体系，构建人工与自动监测相结合、流域和区域相结合的水资源质量监测体系，有计划、有重点、分步骤统筹规划水资源保护监测站网建设。重点建设任务包括水功能区监测、饮用水水源地监测、入河排污口监测、地下水监测、水生态监测，以及监测机构达标建设等。
加快制定《珠江水资源保护条例》《珠江水量调度条例》，修订《珠江河口管理办法》，构建珠江水资源保护法律法规体系等。开展水功能区限制排污总量及水质达标、饮用水水源地达标建设、入河排污口布局与整治、地下水压采量等工作考核，将考核结果作为地方政府领导综合考核评估的重要依据，并建立奖惩制度，切实提高水资源保护的社会管理水平。完善水功能区监督管理制度，建立水资源保护评价体系，加强数据库的动态监管。加强水资源保护项目基本建设程序管理。
严格实行水资源保护责任制，强化地方责任。各级职能部门加强流域规划实施的指导、协调和监督。地方人民政府及有关部门按照责任分工要求，密切配合，完善体制机制，落实最严格水资源管理制度，严守三条红线，强化地方各级政府责任，严格考核评估和监督。
广辟资金来源、提高投资效益、完善保障机制、加大科技研发力度、加强人力资源建设等。