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成祖以边藩篡逆得位，深恐其他藩王也学他的办法，再来一次靖难，即位之后，也采用建文帝的削藩政策，依次收诸藩王兵权，非唯不使干预政事，且设立种种苛禁以约束之。建文四年（1402年）徙谷王于长沙，永乐元年（1403年）徙宁王于南昌，以大宁地畀从靖难有功之朵颜、福余、泰宁三卫，以偿前劳。
削代王、岷王护卫。永乐四年（1406年）削齐王护卫，废为庶人。永乐十年（1412年）削辽王护卫（辽王已于建文元年徙荆州）。永乐十五年（1417年）谷王以谋反废。永乐十八年（1420年）周王献三护卫。尽削诸王之权，于护卫削之又削，必使其力不足与一镇抗。
到宣宗时汉王高煦（成祖次子，宣宗叔父，学他父亲的办法要诛奸臣，入清君侧），武宗时安化王寘
、宁王宸濠果然援靖难之例，起兵造反。由此政府更设为厉禁，诸王行动不得自由，甚至出城省墓，亦须奏请。二王不得相见。
受封后即不得入朝。
甚至在国家危急时，出兵勤王亦所不许。
只能衣租食税，凭着王的位号，在地方上作威福，肆害官民。
王以下的宗人，生则请名，长则请婚于朝，国家养之终身，丧葬予费。
仰食于官，不使之出仕，又不许其别营生计，怕亵渎了皇家的尊严，“不农不仕，吸民膏髓”
。到后来生齿日繁，皇族的口数到了七八万，国家也养不起了。世宗（在位时间：1521—1566）时御史林润上疏说：
天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留百五十二万石，而宗禄三百十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄百九十二万。
不得已大加减削，宗藩日困。枣阳王祐楒请“除宗人禄，使以四民业自为生。贤者用射策应科第”。政府要顾面子，还是不许。
万历二十二年（1594年）郑世子载堉再请求特许“宗室皆得儒服就试，毋论中外职，中式者视才品器使”
。从此宗室方得出仕。国家竭天下之力来养活十几万游荡无业的贵族游民，不但国力为之疲敝不支，实际上宗室又因不许就业而陷于困穷，衣食无着，势不能不作奸犯法，扰害平民。国家费钱，宗室挨饿，平民受罪，这也是当时创立祖制的人所意想不到的。
成祖削藩的结果，宁、谷二王内徙，尽释诸王兵权，北边空虚。按照当时的形势，“四裔北边为急，倏来倏去，边备须严。若畿甸去远而委守将，则非居重取轻之道”
。于是有迁都北京之计，以北京为行在，屯驻重兵，皇帝亲自统率，抵御蒙古人之入侵：
太宗靖难之勋既集，切切焉为北顾之虑，建行都于燕，因而整戈秣马，四征弗庭，亦势所不得已也。銮舆巡幸，劳费实繁，易世之后，不复南幸，此建都所以在燕也。
合政治与军事中心为一，以国都当敌。朱健曾为成祖迁都下一历史的地理的解释。他说：
自古建立都邑，率在北土，不止我朝，而我朝近敌为甚。且如汉袭秦旧都关中，匈奴入寇，烽火辄至甘泉。唐袭隋旧亦都关中，吐蕃入寇，辄到渭桥。宋袭周旧都汴，西无灵夏，北无燕云，其去契丹界，直浃旬耳。景德之后，亦辄至澶渊。三治朝幅员善广矣，而定都若此者何？制敌便也。我朝定鼎燕京，东北去辽阳尚可数日，去渔阳百里耳。西北去云中尚可数日，去上谷亦仅倍渔阳耳。近敌便则常时封殖者尤勤，常时封殖则一日规画措置者尤亟。是故去敌之近，制敌之便，莫有如今日者也。
建都北京的最大缺点是北边粮食不能自给，必须仰给东南。海运有风波之险，由内河漕运则或有时水涸，或被寇盗所阻，稍有意外，便成问题，朱健说：
今国家燕都可谓百二山河，天府之国。但其间有少不便者，漕粟仰给东南耳。运河自江而淮，自淮而黄，自黄而汶，自汶而卫，盈盈衣带，不绝如线，河流一涸，则西北之腹尽枵矣。元时亦输粟以供上都，其后兼之海运。然当群雄奸命之时，烽烟四起，运道梗绝，唯有束手就困耳。此京师之第一当虑者也。
要解决这两个困难，则第一必须大治河道，第二必须仍驻重兵于南京，镇压东南。成祖初年转漕东南，水陆兼挽，仍元人之旧，参用海运。而海运多险，陆运亦劳费不赀。永乐九年（1411年）命宋礼开会通河。永乐十三年（1415年）陈瑄凿清江浦，通北京漕运，由运河直达通州，而海陆运俱废。
运粮官军十二万人，有漕运总兵及总督统之。
十九年（1421年）迁都北京后，以南京为留都，仍设五府六部官，并设南京守备，掌一切留守防护之事，节制南京诸卫所。
永乐元年（1403年）以北平为北京。永乐四年（1406年）诏以明年五月建北京宫殿。永乐十八年（1420年）北京郊庙宫殿成，诏以北京为京师，不称行在。
在实际上，自永乐七年（1409年）以后，成祖多驻北京，以皇太子在南京监国。自丘福征本雅失里汗败死后，成祖五入漠北亲征。
自永乐十五年（1417年）北巡以后，即不再南返。南京在事实上，从永乐七年（1409年）成祖北巡以后，即已失去政治上的地位，永乐十九年（1421年）始正式改为陪都。
迁都之举，当时有一部分人不了解成祖的用心，力持反对论调。《明史》记：
三殿灾，诏求直言。群臣多言都北京非便。帝怒，杀主事萧仪，曰：“方迁都时，与大臣密议，久而后定，非轻举也。”
仁宗即位（1425年）后，胡濙从经济的立场，“力言建都北京非便，请还南都，省南北转运供亿之烦”
。胡濙是武进人，为南京士大夫的领袖，他的意见可说是代表南方人民的舆论，政府于是又定计还都南京，洪熙元年（1425年）三月诏北京诸司悉称行在。五月仁宗崩，迁都之计遂又搁置不行。
一直到英宗正统六年（1441年）北京三殿两宫都已告成，才决定定都北京，诏文武诸司不称行在，仍以南京为陪都。
成祖北迁以后，北京三面临敌，边防大重。东起鸭绿，西抵嘉峪，绵亘万里，分地守御。初设辽东、宣府、大同、延绥四镇，继设宁夏、甘肃、蓟州三镇，又加上太原、固原，是为九边。
每边各设重兵，统以大将，副以褊裨，监以宪臣，镇以开府，联以总督，无事则画地防守，有事则掎角为援。
失策的是即位后，即徙封宁王于江西，把大宁一带地
送给从征有功的朵颜三卫，三卫的占地，大致上从古北口到山海关隶朵颜卫，自广宁前屯卫西至广宁镇白云山隶泰宁卫，自白云山以北到开原隶福余卫。从此幽燕东北之险，中国与蒙鞑共之，胡马疾驰半日可到阙下。辽东、广宁、锦、义等城从此和宣府、怀来隔断悬绝，声不相联。
又以东胜
孤远难守，调左卫于永平，右卫于遵化，而墟其地。
兴和
为阿鲁台所攻，徙治宣府卫城而所地又虚。
开平
为元故都，地处极边，西接兴和而达东胜，东西千里，最为要塞。从弃大宁后，宣府和辽东隔绝，开平失援，胡虏出没，饷道艰难，宣德五年（1430年）从薛禄议，弃开平，徙卫于独石。
后来“三岔河弃而辽东悚，河套弃而陕右警，西河弃而甘州危”
。国防遂不可问。初期国力尚强，对付外敌的方法，是以攻为守，太祖、成祖、宣宗三朝并大举北征，以兵力逼蒙古人远遁，使之不敢近塞。英宗以后，国力渐衰，于是只以守险为上策，坐待敌来，长城以北诸要塞尽弃不守，只靠长城来挡住胡骑，而边警由之日亟。英宗正统十四年（1449年）瓦剌也先入寇围北京。世宗嘉靖二十九年（1550年）鞑靼俺答入寇薄都城。这两次的外寇，都因都城兵力厚，不能得志，焚掠近畿而去。思宗崇祯十七年（1644年）流寇李自成北犯，宣府和居庸的守臣都开门揖敌，遂长驱进围北京，太监曹化淳又开门迎入，北都遂亡。由此看来，假如明成祖当时不迁都北京，自以身当敌冲，也许在前两次蒙古人入犯时，黄河以北已不可守，宋人南渡之祸，又要重演一次了。